この説は湖南の没後、宮崎市定ら次世代の京都学派が発展させ、宋以後中世説を唱える歴研派との時代区分論争が展開された。
『支那論』『新支那論』「支那分割論#内藤湖南」も参照

戦後、湖南は「対中侵略主義者」として批判された[15][16][17]。これは、1914年刊『支那論』、その続編として書かれた1924年刊『新支那論』（没後1938年合本版、2013年復刊[17]）の内容が原因である。

『支那論』は、同時代の中国（中華民国初期）についての時事評論であり、とくに袁世凱の専制政治を、唐宋変革論により非難する内容だった。すなわち、中国は宋代以降現代まで「平民」の時代であり、袁世凱の専制政治は時代に逆行している、と説いた。[15][16][17]

『新支那論』は、袁世凱没後の軍閥内乱や、五四運動による排日運動・欧米化の過熱を踏まえて、『支那論』を更新する内容だった。湖南は、五四運動の担い手だった若者たち（通称ヤング・チャイナ）を、欧米かぶれで伝統文化を破壊する「新人」として非難した。その上で「文化や芸術は高尚なもの、政治は低俗なもの」という前提のもと、中国人は文化や芸術に専念して、中国統治は日本人や欧米人に委託するべき、と説いた。これは列強の中国侵略を肯定しているようだが、湖南としては、中国こそが文化的な先進国であり、日本や欧米は後進国である、という考えによるものだった。[15][16][17]
後世の受容

戦後日本では、『支那論』『新支那論』が侵略主義的だったとして、野原四郎や増淵龍夫に断罪された[18]。一方、唐宋変革論は、宮崎市定ら京都学派に継承され、歴研派との時代区分論争が展開された。しかしながら、湖南についての解説書は、ジョシュア・フォーゲル 『内藤湖南 ポリティックスとシノロジー』（原著1984年、日本語訳1989年）がある程度だった[17]。三田村泰助『内藤湖南』（1972年、中公新書）もあるが、前半生の伝記が中心で、学問の解説は乏しかった[17]。

しかし2000年前後から、著作の復刊、再評価、湖南研究が徐々に進んでいる[17]。中国でも同じころから研究対象として注目されている[19]。
エピソード

湖南を京都帝国大学教授にするという決断を下したのは当時の学長・狩野亨吉であるが、文部省からそれに対し難色が示された。（秋田県）伝習学校卒業という彼の学歴が問題になったのである。このとき、「お釈迦様でも孔子でも学歴（帝大卒）のない人間は（帝大教授として）認めない」とさえ文部省側は言ったといわれているが、狩野が遂に「内藤をとらぬならおれもやめる」と押し通してしまったという（この辺りの双方のやり取りは諸説あるところで発言内容には異同がある）。

講義するときの声が極めて美しく「金声玉振」とはこのことかと、弟子の貝塚茂樹が回想している。

1884年に主席訓導を勤めた綴子小学校は父・十湾ら南部藩の兵士が18年前の戊辰戦争の秋田戦争で戦闘を行い、民家を焼き討ちにして撤退していった綴子村（現・秋田県北秋田市）の中にある。戊辰戦争と受けた被害のことは生々しく民衆の間に残っていた。しかし、湖南は課外に英語を教え、教科書にもない理科の実験などを行うなど新教育を施して村民の信頼を受けたと言われている。湖南を抜擢した狩野は、この秋田戦争で父が勤めていた落城寸前の大館城から離れ、姉に背負われ命からがら弘前藩に逃げ落ちている。

綴子小学校は、秋田で最も古い塾である内館塾の後継の小学校である。内館塾には般若院英泉や宮野尹賢らの残した古文書が多数残されていた。内藤湖南はこれらの古文書を研究したと言われている。また、食費以外は俸給の全部を新刊の図書や雑誌の購入にあて新知識を吸収した。

記憶力がよく、友人知人の蔵書にも精通しており、必要があると電話をその友人にかけて「あなたのどの本棚の何段目のこれこれという本の何ページあたりに、こういうことが書かれていたかと思うが少し調べておいてほしい」という具合に頼むことがしばしばあったという[20]。

家族・親族

内藤家：戦国武将・内藤昌豊の子孫であるという家系伝承を持ち、湖南は父・十湾の命で長篠古戦場跡の昌豊の墓を訪ねたことがあるという[21]。

父：内藤調一は南部藩士。

長男：内藤乾吉（ないとう けんきち）（1899-1978）は、法学者（中国法制史）、京都府立図書館長ほか。

次男：内藤戊申（ないとう しげのぶ）（1908-1989）は、古代中国史学者、愛知大学教授ほか。