@media screen{.mw-parser-output .fix-domain{border-bottom:dashed 1px}}1932年（昭和7年）、京都帝国大学助教授であった上治寅治郎により丸山断層が発見されるまでは、六甲山の成り立ちは、地塁説（六甲山地塁説）で説明されてきており定説となっていた[要出典]。これは、六甲山の高い中央部を除いた南北の両側が、陥没して低くなり、北側に落ちて谷状の凹地になったのが、現在の箕谷から花山、大池、有馬、さらに生瀬、宝塚にいたる低地帯であり、南側に落ちてできたのが現在の神戸の市街地であり、ずり落ちずに残った高地が現在の六甲山であるという考えである[要出典]。ところが、丸山衝上断層の発見により、地塁説とは全く逆の、地殻にかかる側方からの圧力により、基盤が上向きに隆起し六甲山を形成したという説が現在では主流となった[要出典]。

最高峰のすぐ南から神戸市内に向かって南西に一直線に流れる住吉川の谷が、五助橋断層（ごすけばしだんそう）・大月断層に相当する。芦屋ロックガーデンなどの断崖の麓にあるのが芦屋断層、その東側で甲山の乗っている北山高原を持ち上げたのが甲陽断層と呼ばれている。（断層でできた崖は長い年月の間に侵食されているので、今見える崖と断層の位置はずれている場合がある）これらの断層によって、南東の西宮市側からは幅広い階段状にわかれて隆起してみえる[要出典]。なお、六甲山を東西に横断するように貫かれた山陽新幹線の六甲トンネル工事では多くの断層破砕帯を貫通させることとなり大変な難工事であった[要出典]。

山頂部は比較的平坦な地形が広がっておりゴルフ場やホテル・保養所、各種観光施設が点在している[2]。この平坦な地形は「隆起準平原」と呼ばれるもので、侵食が進んでいない若い山によく見られる地形である。

北斜面は比較的緩やかであるが、東西に走る有馬-高槻断層帯の一部である六甲断層[4] によってできた断層谷である、蓬?峡や白水峡などの谷で区切られている。
河川と湖沼.mw-parser-output .ambox{border:1px solid #a2a9b1;border-left:10px solid #36c;background-color:#fbfbfb;box-sizing:border-box}.mw-parser-output .ambox+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+link+style+.ambox,.mw-parser-output .ambox+link+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+style+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+link+.ambox{margin-top:-1px}html body.mediawiki .mw-parser-output .ambox.mbox-small-left{margin:4px 1em 4px 0;overflow:hidden;width:238px;border-collapse:collapse;font-size:88%;line-height:1.25em}.mw-parser-output .ambox-speedy{border-left:10px solid #b32424;background-color:#fee7e6}.mw-parser-output .ambox-delete{border-left:10px solid #b32424}.mw-parser-output .ambox-content{border-left:10px solid #f28500}.mw-parser-output .ambox-style{border-left:10px solid #fc3}.mw-parser-output .ambox-move{border-left:10px solid #9932cc}.mw-parser-output .ambox-protection{border-left:10px solid #a2a9b1}.mw-parser-output .ambox .mbox-text{border:none;padding:0.25em 0.5em;width:100%;font-size:90%}.mw-parser-output .ambox .mbox-image{border:none;padding:2px 0 2px 0.5em;text-align:center}.mw-parser-output .ambox .mbox-imageright{border:none;padding:2px 0.5em 2px 0;text-align:center}.mw-parser-output .ambox .mbox-empty-cell{border:none;padding:0;width:1px}.mw-parser-output .ambox .mbox-image-div{width:52px}html.client-js body.skin-minerva .mw-parser-output .mbox-text-span{margin-left:23px!important}@media(min-width:720px){.mw-parser-output .ambox{margin:0 10%}}

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「Category:六甲山地」および「兵庫県の二級水系一覧」も参照穂高湖大池地獄谷の地獄大滝

南部には20程度の水系があり、南流して大阪湾に達する。北部は三つの水系に大別され、東端と北東部への降水は武庫川水系によって大阪湾へ、北中部へは加古川水系、北西部へは明石川水系によって播磨灘へ流入する。

南部の河川は河口までの距離が短く、急勾配な天井川が多いため伏流していることも多い。灘五郷の日本酒造りに使われる有名な宮水はそうした伏流水の一つである[5]。南西部には六甲山の隆起以前から存在し、主稜線を分断している先行河川がいくつか見られる[6]。また、いくつかの川沿いには両岸に幅 50 m ほどの公園が山麓から河口まで整備されている。これ等南斜面の河川は下流の神戸に度々大水害をもたらし、その予防・減災の為数多くの砂防堰堤が設けられ続けている。

山中には布引の滝をはじめ高座の滝、鼓ヶ滝、地獄大滝、有馬四十八滝など数多くの滝と、穂高湖や三国池などの湖沼が点在している。湖沼では人造湖である金仙寺湖（丸山貯水池）や烏原貯水池が比較的大規模である。

「六甲山北面沢地群」が日本の重要湿地500に選定されている。