1983年度（昭和58年度）の第62回大会以降、47都道府県から48代表（東京都のみ2校、それ以外の46道府県は1校[注釈 18]）が出場する形態が定着している[注釈 19]。出場校を決定する都道府県大会はおおむね9月から11月にかけて実施される。

三重県大会では、まず1次トーナメントを行い2次予選に進む8校を選出。2次予選では4校のグループに分けてのリーグ戦を行い、上位2校が準決勝に進むというシステムが採用されていた。

都道府県予選では、実力が他校よりも突出している、あるいはプレミアリーグ、プリンスリーグに参加しているなど試合数が多くスケジュール調整が難しい高校の場合、大会終盤から登場するいわゆる「スーパーシード」が組まれることがある。例えば、第92回大会の青森県予選では、県予選16連覇中の青森山田は準決勝からのシードだった。また第102回大会（2023年）の鹿児島県予選では、U-17ワールドカップ日本代表に2名が選出され、また前回選手権でも4強となった神村学園が準決勝からの登場となった。

第69回大会（1990年度）では、都道府県代表と別に、都道府県大会と並行して開催されていたAFCユース選手権に日本代表として出場した武南、習志野、清水市商、国見の4校を推薦出場（予選免除）としたため、全52校で争われた。

第79回大会（2000年度）では、前年度優勝の市立船橋が推薦出場で予選免除されたため、全49校で争われた（前年優勝の推薦出場枠は当年限り）。

全国大会は1回戦制のノックアウトトーナメントで行われる。全国大会の場合、退場処分又は累積警告2回で次の試合出場停止。

試合時間については次の通り行う。

準々決勝までは前後半40分ハーフの計80分で行い、前後半終了時に同点の場合は即PK戦で決着をつける。

準決勝は前後半45分ハーフの計90分で行い、前後半終了時に同点の場合は即PK戦で決着をつける。

決勝は前後半45分ハーフの計90分で行い、同点の場合は前後半10分ずつ計20分の延長戦を行う。延長戦終了後、同点の場合はPK戦で決着をつける。

第78回大会（1999年度）まで、決勝で延長戦でも決着が付かない場合、両校優勝としていた。

第81回大会（2002年度）まで、決勝も前後半40分ハーフの計80分で行われていた。

第86回大会（2007年度）まで、準決勝も準々決勝までと同様の試合形式で行われていた。


試合終了後、PK戦でない限りは勝利校の校歌斉唱（あらかじめテープ収録したもの）が行われる。PK戦に縺れた場合は勝利校であっても校歌斉唱は次の試合の進行の都合上省略される。校歌斉唱（またはPK戦）終了後、勝利校の監督・敢闘選手に対するヒーローインタビュー（原則として各試合のテレビ中継における勝利校のベンチレポーターの進行による。決勝は別途主催者が用意した代表アナウンサーが担当）を行う。決勝戦の校歌斉唱は試合開始前に行い（試合終了後は試合の勝敗の有無にかかわらず斉唱は行わない）、試合終了後ただちにヒーローインタビュー→表彰・閉会式を行う。

使用会場

前述の通り首都圏（1都3県）の複数会場（おおむね9会場前後）が使用される。多くの会場が、施設改修や芝の張り替えなどの理由で、毎年のように会場が変更される（通常使用されない会場が使用される）のが特徴である。
第101回大会（2022年度）の会場

出典：[143]

国立競技場（改築後。東京都新宿区、2021年度より使用）

駒沢オリンピック公園総合運動場陸上競技場（東京都世田谷区、2010年度は改修工事中のため使用せず、2014年度 - 2020年度は国立の代替として開会式・開幕戦の会場となる）

味の素フィールド西が丘（東京都北区、1976年度の関東移転後に途切れることなく使用されたが、2012年度は使用せず）

NACK5スタジアム大宮（さいたま市大宮区、2002年度以後使用されなかったが2010-2011年度は駒場スタジアム、2014年度は埼玉スタジアム2002の例年開催分の代替会場として使用）

浦和駒場スタジアム（さいたま市浦和区 1992年度 - 1994年度と2010年度 - 2011年度は改修工事中のため使用せず）

柏の葉公園総合競技場（千葉県柏市、2009年度・2012年度は使用せず、2014年度・2016年度・2018年度・2021年度に使用）

ゼットエーオリプリスタジアム（千葉県市原市、2010年度・2014年度は使用せず、2015年度・2017年度・2019年度・2020年度に使用）

ニッパツ三ツ沢球技場（横浜市神奈川区、2009年度は使用せず）

等々力陸上競技場（川崎市中原区、2012年度・2014年度は使用せず）

過去に使用されていた会場

関東へ移転後も、Jリーグ基準を満たすスタジアムが増加したことから、2000年代から使用されなくなった会場もある。また、通常は使われないが本会場の施設改修に伴い代替会場として使用されるケースもある。
関西開催時代[144]


豊中グラウンド（1917年度 - 1921年度） （野球兼用）

宝塚球場（1922年度 - 1923年度） （野球兼用）

阪神甲子園球場（1924年度 - 1927年度） （野球兼用、当時は甲子園大運動場）

甲陽中学（1924年度）

南甲子園運動場（1928年度 - 1940年度） （甲子園球場の南側にあった総合競技場）

西宮球技場（1946年度 - 1962年度、1966年度 - 1971年度）

靱蹴球場（1963年度 - 1964年度、1972 - 1975年度）

金岡公園陸上競技場（1963年度 - 1964年度）

長居陸上競技場（1964年度 - 1970年度、1971年度 - 1975年度）

京都市西京極総合運動公園陸上競技場兼球技場（1965年度）

神戸市王子陸上競技場（1965年度）

神戸市立中央球技場（1971年度）

関東移転後


国立霞ヶ丘競技場陸上競技場（東京都新宿区。開幕戦、準決勝、決勝戦のみ 2014年度 - 2020年度は建て替えのため使用せず）

大井ふ頭中央海浜公園陸上競技場（東京都品川区、1981年度・1983年度のみ使用）

江戸川区陸上競技場（東京都江戸川区、2010年度は駒沢・2012年度は西が丘の代替会場として使用）

フクダ電子アリーナ（千葉市中央区、2009年度以降使用、2011年度・2022年度は使用せず）

千葉県総合スポーツセンター陸上競技場（千葉市稲毛区、2003年度以降使用せず）

習志野市秋津サッカー場（千葉県習志野市、1999年度以後使用していないが、2003年度は千葉市非開催に伴う代替会場となる）

レモンガススタジアム平塚（神奈川県平塚市、等々力・三ツ沢球の代替会場として1992年度・1994年度・2001年度・2002年度・2009年度に使用）

三ツ沢公園陸上競技場（横浜市神奈川区、三ツ沢球・等々力の代替会場として1990年度 - 1993年度に使用）