2000年代以降は近隣局の連携や、関東・中京・近畿の独立局の一部が共同制作機構を結成したり、加盟局同士の連携を深める動きもある。過去には13局共同のウェブサイト「you13.tv」を設置したこともあったが、こちらは数年で閉鎖された[注釈 11][18]。

2001年（平成13年）1月、TOKYO MX、京都放送（以下KBS京都）、サンテレビジョン（以下サンテレビ）、共同制作番組『がんばれ三都市』の同時ネットを開始（2001年（平成13年）3月まで）。

2001年（平成13年）8月、テレビ神奈川、KBS京都が共同ドラマ制作を開始（第一作は『十三夜?霊界からの招待状』）[19]。2003年から、サンテレビもこの仕組みに参加[20]。

2001年（平成13年）9月、サンテレビとKBS京都が業務提携協定を締結した[21]。

2001年（平成13年）10月、TOKYO MX、KBS京都へ『白沢みきのモーニングTOKYO』の同時ネットを開始（2003年（平成15年）3月まで）。

2002年（平成14年）、サンテレビとKBS京都、民放初制作業務提携「三都ネット」締結。『らぶかん』放送開始[22]。

2003年（平成14年）1月、テレビ埼玉・千葉テレビ放送（以下千葉テレビ）・テレビ神奈川・TOKYO MX、首都圏ネット4テスト放送開始[23]。

2003年（平成15年）、テレビ埼玉・千葉テレビ・テレビ神奈川・TOKYO MX、首都圏ネット4結成[24]。2006年（平成18年）4月にTOKYO MXが離脱後、「首都圏トライアングル」へ移行[25]。

2007年（平成19年）3月、テレビ埼玉・千葉テレビ・テレビ神奈川・三重テレビ放送（以下三重テレビ）・KBS京都・サンテレビ、「東名阪ネット6」結成。同4月、共同制作番組『カルチャーSHOwQ?21世紀テレビ検定?』放送開始[26]。(2009年3月まで)

2009年（平成21年）4月、TOKYO MX、群馬テレビへ『5時に夢中!』の同時ネットを開始。

2011年（平成23年）4月より、とちぎテレビ・群馬テレビ・テレビ埼玉・千葉テレビ・テレビ神奈川の平日23時から30分間の番組が統一された。これらの5局は地デジのチャンネルが3であることが共通しており、2011年（平成23年）6月よりこの5局で「5いっしょ3ちゃんねる」結成。

2013年（平成25年）4月、TOKYO MX、サンテレビとKBS京都へ『5時に夢中!』の同時ネットを開始（KBS京都は2020年9月まで、サンテレビは2021年3月まで）[27][注釈 12]。

2017年（平成28年）4月、TOKYO MX、とちぎテレビへ『5時に夢中!』の同時ネットを開始。

全国独立放送協議会は加盟各社の代表のよる「代表者会議」、「在京責任者会議」、各現業部門責任者による「6委員会」を設けている。代表者会議は毎年度に2回実施され、独立協の活動方針や事業内容を決定する。在京責任者会議は一木会とも呼ばれ、加盟各社の東京支社長等で構成し、年一回の総会と月一回の定例会を開催する。代表者会議の下部組織として、総務・営業・編成・技術・報道・クロスメディア部門の責任者で構成する委員会を設け、連携している。まだ、毎年に加盟各社社員参加の合同セミナーを開催している[28]。

緊急地震速報を運用しているのは11局で、2007年（平成19年）10月1日開始当初に、テレビ神奈川・三重テレビ・サンテレビが運用を開始し、2008年（平成20年）3月1日に岐阜放送、4月1日にテレ玉、7月1日にとちぎテレビ、7月7日にTOKYO MXがそれぞれ運用を開始した。また時期は不明だが2011年（平成23年）には千葉テレビも運用を開始している。またテレビ和歌山でも時期は不明であるが導入されており、2011年（平成23年）7月5日に和歌山県北部で震度5強を観測した地震において実際に放送されている。またびわ湖放送・KBS京都でも時期は不明であるが導入されている[29]。他局実施時期は未定である。
加盟局

2021年3月現在で13局が独立協に加盟しており[3][30]、幹事社はテレビ埼玉[31] である。加盟各局のリモコンキーID

記号について

※ - 局ロゴ表示局及び文字多重放送実施局 - 全局

◆ - 第三セクター局 - 京都以外

○ - 5いっしょ3ちゃんねる参加局 - 栃木・群馬・埼玉・千葉・神奈川

◇ - TXNとのネット関係がある加盟局 - 岐阜・三重・滋賀・京都・奈良・和歌山

△ - 緊急地震速報実施局 - 群馬・奈良以外

● - 中波ラジオ局を兼営する局 - 岐阜・京都

□ - 東名阪ネット6参加局 - 埼玉・千葉・神奈川・三重・京都・兵庫

■ - 自社サイト（放送局が運営する外部サイトも含む）でのニュースの動画配信実施局 - 埼玉・岐阜・三重・京都・和歌山以外

★ - Yahoo!ニュース[32]・YouTubeでのニュースの動画配信実施局 - 岐阜・京都以外

放送対象地域略称/ID社名開局日およびテレビ放送開始日備考本社記号
栃木県GYT 3とちぎテレビ1999年4月1日宇都宮市※◆○△■★
群馬県GTV 3群馬テレビ1971年4月16日前橋市※◆○■★
埼玉県TVS 3テレビ埼玉1979年4月1日さいたま市※◆○△□★
千葉県CTC 3千葉テレビ放送1971年5月1日千葉市※◆○△□■★
東京都MX 9東京メトロポリタンテレビジョン1995年11月1日千代田区※◆△■★
神奈川県tvk 3テレビ神奈川1972年4月1日横浜市※◆○△□■★
岐阜県GBS 8岐阜放送1968年8月12日緊急地震速報はテレビ・ラジオともに運用。岐阜市※◆◇△●
三重県MTV 7三重テレビ放送1969年12月1日津市※◆◇△□★
滋賀県BBC 3びわ湖放送1972年4月1日緊急地震速報は地デジ遅延対策の文字スーパーのみで実施。大津市※◆◇△■★