いずれの場合も、廃されたコードは欠番とされ、新たなコードとして別の自治体に交付しないことが原則となっている。
一部事務組合、広域連合

一部事務組合、広域連合には 801 からの連番が与えられる。かつての地方開発事業団も同様であった。

一部事務組合が普通会計に属する事務および事業会計に属する事務のいずれをも処理する場合には、それぞれを別個の2つの一部事務組合とみなし、別個に付番する。

999 まで使い切った場合には、市区町村とは違い解散により生じた欠番を、欠番となった年月日が古い順に再利用する。
チェックディジット

コードの末尾にはチェックディジット（検査数字）が付加されている。検査数字が計算通りであるかを確認することにより、コードの書き間違いや入力ミスを発見することができる。

計算手順は、上5桁を「abcde」としたとき、まずa×6+b×5+c×4+d×3+e×2を計算する。この値を11で割った余りを求め、11から引く。答えの下一桁がチェックディジットとなる。つまり、チェックディジットは、次の計算式で求められる。 ( 11 − ( ( 6 a + 5 b + 4 c + 3 d + 2 e ) mod 11 ) ) mod 10 {\displaystyle (11-((6a+5b+4c+3d+2e)\mod 11))\mod 10} 以下に、東京都千代田区のコード「13101」を例とした計算手順を示す。

11 × 6 + 3 × 5 + 1 × 4 + 0 × 3 + 1 × 2
= 6 + 15 + 4 + 0 + 2
= 27
227 ≡ 5 (mod 11)
∵ 27 = 11 × 2 + 5
311 - 5 = 6
この6が検査数字となる

したがって、東京都千代田区の全国地方公共団体コードは、131016となる。
特筆すべき例
都道府県庁所在地が最初の市区町村でない

山口県の県庁所在地である山口市は下関市、宇部市に次いで3番目である。

福岡県の県庁所在地である福岡市は導入当時の1968年（昭和43年）12月1日時点では政令指定都市ではなかったため、北九州市に次いで2番目である。

東京都の現在の都庁所在地である新宿区は千代田区（かつての都庁所在地）、中央区、港区に次いで4番目である。ただし、コード体系上は「特別区の区域」が政令指定都市と同等なので、最初となる[注釈 6]。

埼玉県の県庁所在地であった浦和市は、川越市、熊谷市、川口市に次いで4番目であった。浦和市、大宮市、与野市が合併して発足したさいたま市は、発足当初は政令指定都市ではなく、新設市として最後の番号が割り振られていた[注釈 7]。政令指定都市への移行により最初になった。

類似コード
政府機関コードと政府統計コード

国勢調査などの政府統計を利用する政府機関には「政府機関コード（利用機関コード）」が導入されている。都道府県や市区町村については「全国地方公共団体コード（5桁）」と共通になっているが、都道府県コードにあたる最初の2桁に「00、50?80」が追加され、国の府省庁や関係機関に割り当てられている[4][5]。
政府機関コードで追加されているコード00000：内閣官房　00010：内閣法制局　00020：人事院
00100：内閣府　00110：宮内庁　00120：公正取引委員会　00130：国家公安委員会・警察庁　00150：金融庁　00160：消費者庁
00200：総務省　00201：公害等調整委員会　00202：消防庁
00250：法務省　00251：公安調査庁
00300：外務省
00350：財務省　00351：国税庁
00400：文部科学省　00401：文化庁　00402：スポーツ庁
00450：厚生労働省　00452：中央労働委員会
00500：農林水産省　00501：林野庁　00502：水産庁