日中戦争終盤になり、日本の敗戦が確実になると、中国国民党と中国共産党は将来の国家の指導者をどうするかという問題を考え始めた。中国民主同盟の一部は中国国民党、中国共産党との三方共同執政を望んでいたため、その決定前の中国国民党説得のため、1945年6月2日に中国国民党側の黄炎培、章伯鈞に傅斯年を加えた7名が毛沢東に延安訪問を打診する電話をかけた[2]。2週間後に毛沢東より訪問を歓迎するとの電話があり、蒋介石も反対しなかったため、1945年7月1日に6人(?輔成、黄炎培、左舜生、章伯鈞、傅斯年、冷?)が専用機で延安へ飛び、毛沢東と朱徳、周恩来らが飛行場で出迎えた。
日中戦争後

1945年、北京大学代理学長に任じられた[3]。汪兆銘政権時に大学へ留まった全教員の解雇を決定。同時に、その際の学生の学籍と学歴の全てを非承認とし、まずは補習を行って学歴を審査したのち北京大学入学を審議することにした。汪兆銘政権華北政務委員会下の北京大学図書資料と施設を元に大学での教学を開始し、西南聯合大学と合わせて拡充した。新たに朱光潜、金克木、季羨林らを教員として北京大学に迎え、6つの学院(文学院、法学院、理学院、医学院、工学院、農学院)[4]と文科研究院を擁する中華民国の北京大学を構築した。1946年9月6日、北京大学学長の職を胡適に譲った。

一方中央研究院歴史語言研究所については、1945年冬に四川省から元の南京に引っ越しを開始した。
台湾へ渡って以降
家族・親族

7代前の先祖：傅以漸は清朝の状元(科挙第1番)。

最初の妻：丁馥翠。傅斯年と同じ聊城の人。

二番目の妻：兪大綵。兪大維の妹。

息子：傅仁軌。

甥：傅楽成も歴史学者。傅斯年にともなって台湾に渡り、台湾大学歴史学部教授になった。『中国通史』の著者。

甥：傅楽煥はロンドン大学で博士号を取得。1951年にイギリスから中国に帰国したが、文化大革命中に自殺。

脚注^ 丁馥翠は再婚せず、子供もいなかった。
^ 中国共産党は長征の結果、延安にあった
^ 北大的功狗”??傅斯年(北京大学)
^ 医学院、工学院、農学院はこの時に増設された。