他方、薩摩藩は1863年に薩英戦争でイギリスの優れた技術力を身をもって経験し、また幕政改革に関する方針が幕府とは異なっていたことから、1866年（慶応2年）3月7日、密かに坂本龍馬の仲介のもと、長州藩と薩長同盟を結んだ。
そして長州藩は6月には幕府の第二次長州征伐の征討軍を撃退し、その権威を大幅に低下させることに成功した。
1867年（慶応3年）1月には孝明天皇が35歳で崩御し、14歳の明治天皇が皇位に就くこととなった。その後の5月から行われた四侯会議は不成功に終わり、朝廷は11月9日、薩摩藩と長州藩に討幕の密勅を下した。そこで薩摩藩は岩倉具視などと協力し、朝廷における幕府の影響力の排除や、長州藩の復権に務めることとなった。
15代将軍である徳川慶喜はこれら討幕派の動きに対し、討幕の密勅と同日の11月9日、大政奉還を行った。大久保利通ら討幕派は当初、ロンドン覚書の開市開国の期日に基づき、1868年（慶応4年）1月2日に王政復古を行う予定であったが、土佐藩の後藤象二郎の要請により延期して、1月3日に王政復古の大号令を発令した（明治政府）、江戸幕府が消滅したため、討幕運動は名目上は終わったかのように見えた。
しかし、幕府を支える勢力は残っており、1月26日に京都で発生した鳥羽・伏見の戦いを皮切りに、戊辰戦争が始まった。
新政権の議定であった前越前藩主・松平春嶽は、この戦いは薩摩藩と佐幕派との私闘であるとして政府の関与に反対したが、議定となったばかりの岩倉具視は佐幕派の征討に賛成し、征討軍に錦の御旗を与えたことで、佐幕派の勢力は朝敵と見なされることとなった。
5月3日には江戸幕府の本拠地であった江戸城が無血開城し、大阪城から江戸に戻った徳川慶喜は明治政府に恭順し、このことから江戸城は明治政府に接収され、徳川家による政治機構は消滅した。
ただし、佐幕派はその後も東北諸藩と共に甲州や東北地方、蝦夷地にも及ぶ地域で、朝敵とされながらも抗戦を続け、戊辰戦争はその後も続くこととなった。 この節には独自研究が含まれているおそれがあります。問題箇所を検証し出典を追加して、記事の改善にご協力ください。議論はノートを参照してください。（2010年11月） この節は検証可能な参考文献や出典が全く示されていないか、不十分です。出典を追加して記事の信頼性向上にご協力ください。（このテンプレートの使い方） この節は検証可能な参考文献や出典が全く示されていないか、不十分です。出典を追加して記事の信頼性向上にご協力ください。（このテンプレートの使い方）
倒幕への経過
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1600年（慶長5年）の関ヶ原の戦いは徳川家康による江戸幕府創設を決定付けると同時に、200年以上の時を超え各大名に多くの教訓を残した。そして、関ヶ原の戦いで生じた怨恨は倒幕運動の原動力となっていった（後述）。
帝国主義時代に入った欧米列強の進出・侵略の手は東アジアにも迫り、中国ではイギリスとの間にアヘン戦争が起こり香港島が奪われ、日本ではロシアのアダム・ラクスマンの来航（1792年）といった諸外国が通商を求める出来事や、フェートン号事件（1808年）やゴローニン事件（1811年）といった摩擦・紛争が起こり始めた。天下泰平の世の中（鎖国体制下の社会）を乱されたくない・邪魔されたくないといった心情は、攘夷運動になっていった。
やがて1841年（天保12年）に天保の改革が始まると、外様大名の中から藩政の改革に成功を収める藩が出てくるようになる。奇しくもその筆頭格は、倒幕の主役となった薩摩・長州・土佐・肥前の各藩であった。
政権を担当する者・勢力はいつの世でもそうすることが多いが、黒船に象徴される圧倒的な武力を見せ付けられた幕府は、現実的な解として、開国を選択する。
朝廷が攘夷の意志を示す。孝明天皇自身が賛同したか否かは意見が一致しない。
江戸後期ごろ、日本の古典を研究する学問国学のなかから、“外来宗教伝来以前の日本人固有の考え方”という発想が起こった。良寛が残した戒語のひとつ「好んで唐言葉を使う」によって表される社会の気分・雰囲気から生まれたものだと思われる。この発想で追求された“日本人固有”の行き着くところは天皇になり、外圧の高まりとともに尊皇思想も高ぶっていくことになった。政治の重心が、京都に移行する。
14代将軍・徳川家茂の上洛の折、京都の治安悪化が懸念され浪士組が結成される。その浪士組のうち、京に残った派が新選組を結成（のちに憲兵のような役割を果たす）。
朝廷からの攘夷願いを無視できず、幕府は形式的な攘夷命令を諸藩に下す。
長州藩は下関戦争を引き起こし、砲台を奪われ、領地に侵入され英・仏・蘭・米の四国連合に大敗する。
薩摩藩は薩英戦争で人的損失は少なかったが、鹿児島城下の10分の1が焼失するという甚大な被害が生じる事となった。
薩摩藩は、薩英戦争の経験から攘夷は不可能であると判断し、開国に論を変え、藩力の充実と先進技術の取得に努めることになった。長州藩は下関戦争の後、尊皇論を基盤に藩論は攘夷で維持していたが、1865年（慶応元年）、日米修好通商条約に孝明天皇が勅許を出したことにより尊皇と攘夷は結びつかなくなり、攘夷の力が失われた。土佐藩の坂本龍馬らの仲介があって、薩摩藩と長州藩は和解、薩長同盟を結ぶ。その後、西の諸藩が倒幕の元に結集する。
長州藩は、俗論党により途中「幕府恭順」姿勢を見せるも、その前後は反幕府という姿勢だった。
薩摩藩・土佐藩などは、当初は公武合体・徳川家を議長とする諸侯会議を目標としていたが、ある段階から幕府を見切り、それまでの敵の長州藩と手を結んだ。
1867年（慶応3年）11月9日に密かに薩長に討幕の密勅がだされた（偽勅説もある）。しかし、元土佐藩主・山内容堂らの進言・尽力により、同じ日に将軍・徳川慶喜は大政を奉還した。
関ヶ原の戦いと薩長土肥各藩における倒幕運動
薩摩藩
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島津家が関ヶ原の戦いにおいて西軍に付いたのは、当時の情報収集能力の欠如が原因と言われる。当時の島津家は上方の情勢に疎かったがために西軍に付かざるを得ない状況となり、この反省から、以後薩摩藩は独立王国の様相を呈し始め、各地に密偵を配置し、情報収集力の増強に努めた。また、敵側の密偵が越境してきた場合はたとえ幕府関係者であろうと厳しく断罪し、情報の漏洩防止に努めた。また黒砂糖事業や琉球王国を介した密貿易事業によって着実に内貨外貨を蓄積し続けたことが、幕末に至って西洋式軍備を急速かつ容易に導入できた大きな要因となった。 この節は検証可能な参考文献や出典が全く示されていないか、不十分です。出典を追加して記事の信頼性向上にご協力ください。（このテンプレートの使い方）
長州藩
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