次の4類型のいずれかに該当する在日外国人は、個人番号の指定を受ける[18]。

中長期在留者（=在留カードの交付を受ける者[19]）

特別永住者

一時庇護許可者、仮滞在許可者

出生による経過滞在者、国籍喪失による経過滞在者

日本に住所を置く外国人のうち、「外交」の在留資格で在留する外国政府の駐日大使館・領事館に勤務する特命全権大使や特命全権公使や外交官とその家族、「公用」の在留資格で在留する在日米軍の軍人とその家族などは、個人番号の指定の対象外である[19]。
新生児

生まれたばかりの赤ちゃんにも個人番号が付番される。新生児の出生届によって住民票が作成されたあと、3週間から1か月後に、新生児の個人番号12桁が簡易書留で世帯主に通知される[20][21]。
番号の構成

個人番号の構成個人番号のn桁目（先頭が12桁目）
121110987654321
住民票コードから生成される11桁検査用数字

個人番号は数字12桁である。これに対して住民票コードは11桁、法人番号は13桁であるので、桁数によって個人番号、住民票コード、法人番号を区別することができる。

個人番号12桁の途中に、ハイフン（-）やコンマ（,）やスペース（ ）を置く決まりはない。個人番号カードでは「1234 5678 9012」のように4桁ごとにスペースを挟んで印刷されている[22]。また、申告書類の記入枠でも4桁ごとに区切られている[23]。

個人番号の12桁のうち、左側の11桁は、住民票に記録されている住民票コードの変換により得られる番号である[24]。住民票コードそのものを個人番号としない理由について、内閣官房は「『住民票コード』はもともと今回のような利用を想定しておらず、運用の大幅な改変が必要になることや、パブリックコメントの多数意見が『新しい番号の利用』だったことなど」[25]と説明している。11桁の住民票コードを個人番号中の11桁の数字に変換するための変換式は公開されていない。個人番号からその元になった住民票コードを復元することはできない[26]。

個人番号の末尾の1桁は、検査用数字であり[24]、左側の11桁に基づいて計算される。左側の11桁から検査用数字を計算する方法は公開されている[注 5][注 6]。

各人の個人番号は、ほかの誰の個人番号とも異なる[26]。結婚、転居などで個人番号が変わることはない。また司法での親子関係不存在確認などによる無戸籍状態化および就籍でも個人番号は変わらない。

個人番号が情報漏洩して、不正使用のおそれがある場合に限り、従前の番号を廃止し、新たな個人番号の指定を受けることができる[27]。住民票コードは不正使用のおそれがある場合に限らず、本人の請求により変更できるが[28]、住民票コードの変更と個人番号の変更は互いに影響しない。

個人番号と個人の属性（氏名・住所・本籍地・性別・生年月日など）との間に関係はない。よって、個人番号の解析により持ち主の属性が明らかになることはなく、住所・性別・生年月日などに基づいて個人番号が推測されることもない。この点、戸籍地・性別・生年月日などを基に構成される、中華人民共和国における公民身分番号、大韓民国における住民登録証の住民登録番号とは異なっている。
番号の指定方法

個人番号の指定を受けるために、本人による手続（申請など）は不要である。個人番号の指定と通知は市区町村長が住民基本台帳（住民票）の記録に基づいて職権で行う。

同じ個人番号を複数の人に対して重複指定することがあってはならない。そのため、各人に対して指定する番号の生成は、日本全国の都道府県・市区町村が共同で運営する地方公共団体情報システム機構（J-LIS）が一手に引き受けている。具体的には、市区町村の端末から住民の住民票コードをJ-LISのコンピュータシステムにオンラインで送信すると、J-LISのサーバがその住民票コードに対応する番号をコンピュータによって決定し、市区町村のコンピュータ端末に返信する[29][30][31]。市区町村は、J-LISのシステムから受信した番号を、住民の個人番号として指定し、その住民に通知する[15]。

よって、住民本人や市区町村の職員が、その住民の個人番号とする番号を、恣意的に選ぶことはできない。個人番号が情報漏洩して、不正に用いられるおそれがある場合は、住民本人からの請求または市区町村長の職権により、個人番号を変更することになっているが[27]、この場合も、新しい個人番号はJ-LISのサーバがランダムで決定し、J-LISの職員や住民本人や市区町村の担当者に、選択の余地はない。