単式ホーム1面1線と島式ホーム2面4線、合計3面5線のホームを持つ地上駅で橋上駅舎を有する。南北駅前広場のペデストリアンデッキ（立体横断施設）によって、駅と街や施設が道路を跨いで直接結ばれている[12]。駅ホームにエレベーターは設置されているが、エスカレーターは設置されていない。

山陽本線福山方面に出入りする列車は基本的に1・3番のりばを使用する。2番のりばは当駅止まりと回送・臨時列車、水島臨海鉄道へ乗り入れる下り貨物列車が使用する。水島臨海鉄道へは1番のりばからも発車可能。4・5番のりばは伯備線に出入りする列車が使用する（岡山方面に向かう列車は2・3・5番のりばからの発車がある）。

当駅と中庄駅の間に、伯備線の下り列車が山陽本線の上下線をオーバークロス（立体交差）するための別線が設置されているが、伯備線の上り列車が岡山方面に出発する際に使用する渡り線とは当駅構内岡山寄りでの平面交差になっている。

水島臨海鉄道から山陽本線に乗り入れる上り貨物列車は、3番のりばと4番のりばの間の側線を使用している。そのため、列車運転指令上ではこの側線が「4番線」となり、4・5番のりばは「5番線」「6番線」とされる。さらにその横にも伯備線方面からのみ入線可能な側線として「7番線」が存在する。この側線と4・5番のりばは岡山方面と伯備線方面の双方への発車に対応している。

現在の入線メロディは表記の通りだが、当初はすべての番線で「いい日旅立ち」のスローバージョンが流れていた。2012年3月頃に入線メロディが廃止されすべての番線でJR西日本標準メロディのみになったが、4月下旬に再度流れるようになり、入線メロディの後に続いてJR西日本標準メロディも流れるようになった。

ICOCA利用可能駅（相互利用可能ICカードはICOCAの項を参照）。自動改札機も普通の開閉式のものが用いられている。

駅スタンプは「倉敷美観地区」。
のりば

のりば路線方向行先備考入線メロディ
1 山陽本線下り新倉敷・福山方面[13] いい日旅立ち+JR西日本標準メロディ
2・3上り岡山方面[13]福山方面から線路は続くよどこまでも+JR西日本標準メロディ
4 伯備線下り新見・米子方面[13] 汽車+JR西日本標準メロディ
5上り岡山方面[注 1][13]新見方面から


岡山駅 - 当駅間の区間列車が設定されている。2021年10月1日までは岡山発0時に当駅止まりが設定されていた。


改札口（2023年6月）

みどりの窓口（2023年7月）

南北自由通路（2023年6月）

コンコース（2023年7月）

1番のりばホーム（2023年6月）

2・3番のりばホーム（2023年6月）

4・5番のりばホーム（2023年6月）

利用状況

「岡山県統計年報」によると、1日平均の乗車人員は14,507人（2021年度）[統計 1]。これは岡山県では岡山駅に次ぐ2位、中国地方では広島駅、岡山駅、福山駅に次ぐ4位である。同統計によると1994 - 2021年度の乗車人員は以下のようであった。

年度別1日平均乗車人員[統計 2]年度乗車人員出典
普通定期合計
1994年（平成06年）17,791
1995年（平成07年）17,980
1996年（平成08年）18,010
1997年（平成09年）9,9899,65219,641[統計 3]
1998年（平成10年）9,3919,50618,897[統計 4]
1999年（平成11年）8,7989,48018,278[統計 5]
2000年（平成12年）8,3029,37817,680[統計 6]
2001年（平成13年）7,8709,40417,274[統計 7]
2002年（平成14年）7,6079,18416,791[統計 8]
2003年（平成15年）7,5309,24516,775[統計 9]
2004年（平成16年）7,3679,04916,416[統計 10]
2005年（平成17年）7,2039,12116,324[統計 11]
2006年（平成18年）7,0329,22616,258[統計 12]
2007年（平成19年）7,0169,35316,370[統計 13]
2008年（平成20年）7,1509,53316,683[統計 14]
2009年（平成21年）6,4999,47915,978[統計 15]
2010年（平成22年）6,6049,59916,203[統計 16]
2011年（平成23年）7,5029,93117,432[統計 17]
2012年（平成24年）8,02110,45718,478[統計 18]
2013年（平成25年）8,02811,03719,065[統計 19]
2014年（平成26年）7,96810,84818,816[統計 20]
2015年（平成27年）8,08211,15319,236[統計 21]
2016年（平成28年）8,22711,01219,239[統計 22]
2017年（平成29年）8,23211,20119,433[統計 23]
2018年（平成30年）8,16211,20319,365[統計 24]
2019年（令和元年）8,21411,26319,477[統計 25]
2020年（令和02年）4,37510,10414,479[統計 26]
2021年（令和03年）4,6869,82114,507[統計 1]

駅周辺
南口南口ロータリーの花時計（2008年）

威容を誇っていた駅ビル「倉敷駅ビルショッピングセンター・ルブラン」「ホテル倉敷」は地上8階建てから2階建てに縮小する工事（減築）を行い、2015年3月に竣工し[14]、その後、同年4月27日に駅ビル内に新たな商業ゾーンとして「サンステーションテラス倉敷」（さんすて倉敷）が開業した[15]。