天正10年(1582年）には越後国の上杉家に逃げ込んでいた能登の温井景隆らが石動山衆徒と組んで石動山から峰続きの荒山砦に籠城したが、織田信長の家臣である前田利家と佐久間盛政により陥落し再び焼き討ちに遭った（二度目の石動山合戦、荒山合戦）[1]。

現存する本殿は、承応2年(1653年)に加賀藩主前田利常により建てられたものであり、建立当時は「大宮」と呼ばれていた。

明治5年(1872年)、神仏分離令が公布され、寺号を廃し郷社に列する。その際、廃仏毀釈が行われ、石動山全山に渡って多くの伽藍・院坊が破却された。その後、わずかに残された大宮を御輿堂の場所に移設して、それぞれ本殿・拝殿とした。

大半の坊は里に下りたが、数軒の坊舎は残り、明治8年(1875年)に白山麓から入植した人々とともに農耕が行われるようになった[1]。

富山県射水市の放生津八幡宮では江戸時代より、高岡市の二上射水神社では明治期に休止となり、昭和31年（1956年）より復活し現在も行われている、全国的にも珍しい古代信仰の形態である築山行事が行われているが、ここ伊須流岐比古神社でも明治期まで行われていた。なお3ケ所の主神の見た目から、放生津の「足なし」、二上山の「手なし」、石動山の「口なし」といわれてきた。

地元自治体の手によって発掘調査が継続的に行われており、当時の全貌の解明が進められている。さらに、大宮坊が復元されるなど、史跡公園としての整備を行っている。
境内

本殿（旧大御前本社、1653年）[2] - 石川県指定文化財

拝殿（旧御輿堂、1701年）[2] - 石川県指定文化財

旧観坊[2]

鳥居

その他、明治期に破壊された天平寺伽藍の礎石や、石仏・石碑などが点在して残っている。現存する建造物は、本殿（大宮）・拝殿（御輿堂）のほかに、行者堂・宝蔵。

なお、石川県内の各地に移築された堂宇が存在する。旧仁王門（長楽寺仁王門) や旧開山堂（氷見市道神社拝殿）などである[2]。
脚注[脚注の使い方]^ a b c d e f g h i 小林忠雄「都市空間の原初形態 : 山岳寺院の構造と広場性」『国立歴史民俗博物館研究報告』第67巻、国立歴史民俗博物館、1996年3月、95-136頁、doi:10.15024/00000767、.mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:#d33}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:#d33}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:#3a3;margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}ISSN 0286-7400、NAID 120005748043。 
^ a b c d 細見啓三「027 史跡石動山行者堂の移築復原」『奈良国立文化財研究所年報』第1990巻、奈良国立文化財研究所、1991年3月、69-69頁、doi:10.24484/sitereports.14857-9512、hdl:11177/5162、NAID 120007095268。 

参考文献

『新湊の曳山』（新湊市教育委員会）昭和56年（1981年）10月発行

関連項目

石動山

石動権現

石動神社

石動町

今石動城