ERPの実装は、分散型組織ではプロセス、ビジネスルール、データセマンティクス、承認階層、意思決定センターが異なることが多いため、かなり困難である（そして政治的に負担がかかる）[40]。 これには、一部のビジネスユニットを他のビジネスユニットよりも先に移行する、各ユニットに必要な変更を処理するための実装を遅らせる、統合を減らす（マスターデータ管理を介したリンクなど）、または特定のニーズに合わせてシステムをカスタマイズする必要がある[41]。

潜在的な欠点は、「標準」プロセスを採用すると、競争優位が失われる可能性があることである。これが起こっている間、ある領域での損失は他の領域での利益によって相殺されることが多く、全体的な競争上の優位性を高める[42][43]。
構成

ERPシステムの構成は、主に、組織がシステムを機能させる方法と、システムが機能するように設計された方法とのバランスを取ることである。 ERPシステムには通常、システム操作を変更する多くの設定が含まれている。たとえば、組織は使用する在庫会計のタイプ（ FIFOまたはLIFO）を選択できる。地理的単位、製品ライン、または流通チャネルごとに収益を認識するかどうか。顧客の返品時に送料を支払うかどうか[41]。
2層ERP

2層のERPソフトウェアとハードウェアにより、企業は2つのERPシステムに相当するものを一度に実行できる。1つは企業レベルで、もう1つは部門または子会社レベルである。たとえば、製造会社はERPシステムを使用して、独立したグローバルまたは地域の流通、生産または販売センター、およびサービスプロバイダーを使用して組織全体を管理し、主要な会社の顧客をサポートできる。各独立したセンター（または）子会社は、独自のビジネスモデル、ワークフロー、およびビジネスプロセスを持っている場合がある。

グローバリゼーションの現実を踏まえ、企業は、地域、部門、製品または製造戦略を最適化して、戦略的目標をサポートし、市場投入までの時間を短縮すると同時に、収益性を高め、価値を提供する方法を継続的に評価する[44]。 2層ERPにより、地域の流通、生産、または販売センターとサービスプロバイダーは、独自のERPシステムを使用して、主要企業とは別の独自のビジネスモデルで運営を続ける。これらの中小企業のプロセスとワークフローは、主要企業のプロセスとワークフローに関連付けられていないため、複数の場所でローカルビジネス要件に対応できる[45]。

企業による2層ERPシステムの採用に影響を与える要因は次のとおりである。

製造業のグローバリゼーション、新興経済国における調達の経済学。

中小企業により適したソフトウェアの選択に基づいて、子会社でのより迅速で低コストのERP実装の可能性。

2つのERPシステム間でデータをやり取りする必要がある場合（多くの場合、エンタープライズアプリケーション統合の使用を伴う）、余分な労力が必要になる[46]。2層ERP戦略により、企業は市場の需要に対応し、ITシステムを企業レベルで調整する際に俊敏性を確保できる。その結果、組織全体で使用されている1つのERPシステムと比較してより多くのシステムが得られる[47]。

カスタマイズ

ERPシステムは、理論的には業界のベストプラクティスに基づいており、そのメーカーは、組織がそれらを「現状のまま」展開することを意図している[48][49]。 ERPベンダーは、組織が独自のビジネスルールを組み込むことができる構成オプションを顧客に提供しているが、構成が完了した後でも機能のギャップが残ることがよくある。

ERPのお客様には、機能のギャップを調整するためのいくつかのオプションがあり、それぞれに長所と短所がある。技術的な解決策には、提供されたソフトウェアの一部を書き直すこと、ERPシステム内で機能するように自家製のモジュールを書くこと、または外部システムとのインターフェースが含まれる。これらの3つのオプションは、さまざまな程度のシステムカスタマイズを構成する。最初のオプションは、保守が最も侵襲的でコストがかかる[50]。 あるいは、提供されたERP機能セットによりよく一致するようにビジネス慣行や組織のポリシーを変更するなどの非技術的なオプションがある。カスタマイズと構成の主な違いは次のとおりである。

カスタマイズは常にオプションであるが、ソフトウェアは使用前に常に構成する必要がある（たとえば、コスト/利益センタ構造、組織ツリー、購入承認ルールの設定など）。

このソフトウェアは、さまざまな構成を処理するように設計されており、許可された構成で予測どおりに動作する。

システムの動作とパフォーマンスに対する構成変更の影響は予測可能であり、ERPベンダーの責任である。カスタマイズの効果はあまり予測できません。それは顧客の責任であり、テスト活動を増やす。

構成の変更は、新しいソフトウェアバージョンへのアップグレード後も存続する。一部のカスタマイズ（たとえば、データ画面の表示の前後に呼び出される事前定義された「フック」を使用するコード）は、再テストが必要であるが、アップグレード後も存続する。その他のカスタマイズ（基本的なデータ構造の変更など）は、アップグレード中に上書きされるため、再実装する必要がある[51]。

カスタマイズの利点は次のとおりである。

ユーザーの受け入れを改善する[52]

標準機能のみを使用して、企業に対して競争上の優位性を獲得する可能性を提供する

カスタマイズの欠点には、次のようなものがある。

実装と保守に必要な時間とリソースを増やす[50] [53]

システム間の違いにより、サプライヤーと顧客間のシームレスなインターフェース/統合を妨げる

将来的にERPソフトウェアをアップグレードする会社の能力を制限する

カスタマイズへの過度の依存を生み出し、標準化ソフトウェアプラットフォームとしてのERPの原則を損なう

拡張機能

ERPシステムは、多くの場合ベンダー提供のインターフェイスを介して、サードパーティのソフトウェアで拡張できる[54][55]。 拡張機能は、次のような機能を提供する。

製品データ管理

製品ライフサイクル管理

顧客関係管理

データマイニング

電子調達

データ移行