甲賀流忍者である祈祷師・甲賀幻妖斎が率いる謎の宗教。霞谷（かすみだに）七人衆と呼ばれる甲賀忍者の一団を使って、金目像を中心とした本陣を建設し、京に攻め上らんと企む。@media screen{.mw-parser-output .fix-domain{border-bottom:dashed 1px}}霞谷七人衆は、歌舞伎をベースにしたキャラクター作りが行われている。[要出典]
甲賀 幻妖斎（こうが げんようさい） - 天津敏
当初は霞谷を本拠地として、霞谷七人衆に様々な指示を与えていた。配下を4人失った時、霞谷を離れ、京都で布教活動を行い、京都を占拠しようと企んだ。金目教の力を誇示するために、室町幕府の将軍・足利義昭を忍術で病気にし、快癒を祈る際、住人に金目教に帰依するよう説くが、赤影一行と闇姫の妨害により頓挫する。最後の賭けで金目像を動かして比叡山に迫るが、赤影に金目像を破壊された。
霞谷七人衆（かすみだにしちにんしゅう）

鬼念坊（きねんぼう） - 芦田鉄雄
「鉄より硬い」と豪語し、刀や手裏剣、銃も通じず、刀身も圧し折るほどの鍛えぬいた身体を持つ怪力忍者。ただ一つ鍛えようのない目が弱点で、赤影に左目を攻撃された後は、特製のヘルメットとゴーグルをつけて現れる。杖で丸鋸を操る他、杖を火炎放射器のように使うこともできる。金目像が赤影たちを抹殺しようとする際、彼らのいるお堂を破壊した時に巻き込まれ瓦礫に埋もれて死亡する。
蟇法師（がまほうし） - 近江雄二郎
敝衣蓬髪の法師スタイル。洞窟で蛙を育てており、成長したものを「千年蝦蟇」として操る。七人衆で唯一生き残り、仲間の墓前で仇討ちを誓う（10話）が、その後戦闘に参加することは無かった[注釈 2]。
傀儡 甚内（くぐつ じんない） - 波多野博
傀儡師の姿をした怪忍者。黒いストッキングのような薄布を被っていて、「忍法顔盗み」で他人に化けることができる。小さな傀儡人形を等身化して操る「忍法傀儡変化」という術を持つ。甲賀のからくり屋敷では相打ち覚悟で赤影を迎え撃つも敗れる。その素顔は、口以外は眼も鼻もない白いのっぺらぼうだった。

演じる波多野博は第四部「魔風編」でも顔のない忍者・闇の黒蔵を演じている。

悪童子（あくどうじ） - 大城泰
水玉模様の西洋風道化服を着け、奇声を発する小柄な忍者。黒い忍び凧に乗り、空中から火遁攻撃を行う。白影と凧合戦を繰り広げた末敗れた。
闇姫（やみひめ） - 岡田千代
甲賀のくの一。長い髪を歌舞伎の連獅子風に振り回し、暴風を呼ぶ「忍法髪あらし」の術で赤影を翻弄する。ただし髪を切られるとこの術は使えない。幻妖斎が自分を捨て駒に使ったため幻妖斎を裏切り、幻妖斎に追い詰められた末に屋敷の屋根から転落死した。いまわの際に金目像の秘密を教えた。
朧 一貫（おぼろ いっかん） - 阿波地大輔
身体を紙や紙吹雪に変えたり、平面化することができる巨漢忍者。光でバリアを作れる他、特大の刀も使う。登場時には歌舞伎の拍子木・柝（き）の効果音とともに現れる。劇場版『飛びだす冒険映画 赤影』では高空に飛び上がり、急降下して巨大な高下駄に仕込んだ刃物で岩をも真っ二つにする「忍法禿鷹」で白影を襲った。幻妖斎が京都に布教目的で入った際、赤影[注釈 3]に化け、京の都で狼藉の限りを尽くす。わざと役人に捕まって投獄された赤影の命を狙うが、この赤影は替え玉で、逆にアジトへ行くところをつけられた。紙に化けて逃げようとしたところを赤影たちに取り押さえられ、幻妖斎の居場所を問い詰められるが、口封じに槍で刺し殺された。
夢堂 一ツ目（むどう ひとつめ） - 汐路章
自らの隻眼（左目）を空中に放り、巨眼「一ツ目」として操る。この目で人をさらう他、移動することもできる。さらに鎌を武器として使い、左目同様自由自在に操ることもできる。第8話では南蛮大筒職人の娘をさらい、金目教のために大筒を作らせようとするが、赤影との戦いに敗れる。
甲賀下忍衆
黒い覆面に黒装束の忍者集団。
金目像
内部に操縦室を具えた巨大な自動人形。目から光を放って金目教を信じぬ者たちに「仏罰」を加える。この光線は洗脳能力も持っている。当初は普通の目だったが、8話以降は瞳のないライトのような目になる。8話では南蛮大筒で左腕を破壊されたが、9話で修理された。11話では赤影の入っている小屋を破壊するが、赤影は無事で、誤って一緒にいる鬼念坊を殺してしまう。13話では、京の民衆と比叡山の僧兵を洗脳して、比叡山を制圧しようとするが、赤影に阻まれて破壊された。
巨大独楽[注釈 4]
幻妖斎が搭乗する、大きな独楽型兵器。視界が悪く、潜望鏡で周囲を見なければならない。
大蜘蛛
甲賀のからくり屋敷で赤影と青影を襲った巨大な毒蜘蛛。最期は、赤影の仮面の秘石に感電し殺虫された。
黒蝙蝠（くろこうもり） - 舟橋元
甲賀の抜け忍。七人衆に匹敵する実力を持つため妻子を人質に取られ、幻妖斎に手を貸す。口笛で無数の吸血蝙蝠、また火を吐く巨大蝙蝠[注釈 5]を操り、赤影に勝負を挑む。青影が彼の妻子を助けたため、戦いを中断する。
まんじ党

「南蛮からやって来た妖術者」と称する一団。南蛮人ペドロが発明した巨大エネルギーの秘密が隠された「デウスの鐘」「サタンの鐘」「マリアの鐘」の三つの鐘を手中に収めんと暗躍する。その正体は第一部で死んだと思われた幻妖斎が、甲賀忍者の一派うつぼ忍群を中心に結成した忍者集団。「大まんじ」という、飛行・潜行自在な機械仕掛けの巨大な球状の要塞兵器を操る。
甲賀 幻妖斎
金目教が壊滅した後、「大まんじ」と甲賀のうつぼ忍群を指揮してまんじ党の統領となりペドロの発明を狙う。白色のユニフォーム、白いマントを羽織っている。まんじ党七人衆を使い、デウスの鐘、マリアの鐘、サタンの鐘を巡って争奪戦を繰り広げる。