3ヶ月ごとの交代制。就任前やレギュラー期間終了後もゲスト解答者や出題者ゲストとして出演する場合もある。
戸次重幸（TEAM NACS）（2023年1月31日 - 2023年3月14日）[4][注 12]
ジャニーズクイズ部（2023年4月4日 - 2023年6月27日)
勝地涼（2023年7月11日 - 2023年9月26日）[注 13]
井桁弘恵（2023年10月10日 - 2023年12月19日）
やす子（2024年1月16日 - 2024年3月26日）
木村昴（2024年4月2日 - ）
出題
松丸亮吾[注 14]
モーリー・ロバートソン（2018年9月18日放送分から2019年8月20日放送分まで）[注 15]
金谷俊一郎（2023年3月14日-）
ナレーター
真行寺君枝
津田寛治
青嶋達也
服部伴蔵門 - 『川柳スペシャル』担当。
永尾亜子（当時フジテレビアナウンサー）- 『川柳スペシャル』担当。
くりぃむしちゅー、タカアンドトシ、柳原は、エンドロールにも「出演者」としてクレジットされる[注 16]。
ルール
チーム戦
有田・タカ・柳原にゲスト・準レギュラー数人を加えた「レギュラーチーム」と、宇治原・トシ[注 17]とゲスト数人による「ゲストチーム」の対決が行われる。回によって5人対5人と6人対6人の場合がある。
個人戦
レギュラー解答者にゲスト数人を加えた8人による対決。
ペア戦
レギュラーとゲスト[注 18]が2人1組のペアで対決を行う。回によっては、ゲスト同士のペアもある。現在は本番直前にチームキャプテンとなるレギュラー解答者とシーズンレギュラー（2023年シーズンのみ）が抽選により、パートナーとなるゲスト解答者を決定する。
2018年8月21日放送分まで2時間スペシャルではチーム戦、通常放送では個人戦という形式で行われていたが、8月28日放送分よりいずれの場合もペア戦で行われている。
問題は書き問題と早押し問題の2種類で、正解すればその時点で提示された「ナゾトレIQ」が加算。ヒントが出されたり正解者が出るたびに獲得できるナゾトレIQは減少し、最終的に正解出来なかった場合はマイナスとなる。ペア戦の場合は、問題によっては両者が正解しないとIQが加算されないものやパーフェクト達成でボーナスとしてIQが加算されるものがある。現在は1人ずつ口頭で解答し、正解・不正解に関わらず解答後別の解答者に交代するシステムとなっており、正解すれば問題の難易度に応じたナゾトレIQが加算。不正解の場合は減点される場合がある。また解答席のリニューアル後は｢知の階段｣なるものになり、順位に応じた解答席にその都度移動。司会席に近い1位の席を目指すシステムとなった。
最終的に獲得したナゾトレIQ（ポイント）の合計が高い人・チームの勝利となる。2019年以降は、年間勝利数が最も多いレギュラー解答者には優勝ベルトと賞金が授与される。ただし、優勝数が同点になった場合は、該当のペアに東大ナゾトレをもう1問出題し、先に2人とも正解したペアのキャプテンが年間王者となる。また、シーズン中の個人成績が最下位だったレギュラー解答者は、ペナルティとして半年間キャプテンの資格が剥奪され、ゲスト解答者として毎週出演することとなる。ゲスト扱いになったレギュラー解答者は、シーズン中の個人成績で最下位にならなければキャプテンに復帰できる。
2017年6月13日放送分より連動データ放送を実施。2018年8月21日放送分までは、クイズによっては視聴者も参加できた。2018年8月28日放送分から番組内のどのペアが優勝するかを予想する「優勝ペア予想ゲーム」に挑戦することができる。
スタッフ
構成：桜井慎一、酒井健作、桝本壮志、大井達朗、山内正之、寺田智和、中尾拓彦、堤映月
日本語問題監修：町田健（名古屋大学名誉教授）
TP：斉藤伸介（フジテレビ）
TD：高瀬義美
SW：遠藤俊洋
CAM：小林光行
VE：青木拓哉
音声：髙宮哲郎
照明：根本進
美術プロデューサー：双川正文（フジテレビ）
デザイン：永井達也（フジテレビ）
アートコーディネーター：太田菜摘
大道具：宮路博貴
大道具操作：島田秀樹
装飾：高祖朋代
アクリル装飾：高橋瞳
電飾：倉持光洋
特殊装置：釜田慶一、富谷聡
生花装飾：荒川直史
マルチ：伊藤拓也、松田和久
メイク：大高理恵
スタイリスト：設楽宗秀、糸瀬由佳里、程嶋由美
編集：寺内太郎、吉川豪、高原淳
MA：山岸慎一郎、内山祐希
音響効果：松長芳樹
技術協力：ニユーテレス、fmt、factory、ジーリンクスタジオ、東京オフラインセンター、JUNE SEP
CG：木本禎子（フジテレビ）
広報：牧野洋平（フジテレビ）
デスク：安藤萌ヶ香
FD：服部怜奈、森田真由、真尾結羽、安田悠磨、原田紫音、葭矢雅美（VIVIA）
制作進行：林夏姫、塚田汐美（塚田→VIVIA、以前はFD）、岩渕里菜
オブザーバーD：中澤智有（マウントポジション）
TK：山口奈保美
ディレクター：井上光紀（TV BOX）、足立達哉、田吹康・山口哲郎・宮内聡仁・土屋翔（VIVIA）、黒田長憲、菊池駿、土生拓海（VIVIA、以前はFD）、青木亮磨（以前はFD）、風間達哉（VIVIA、以前はFD）、関谷陽一（VIVIA、以前はFD）
チーフディレクター：尾崎敦朗（VIVIA）
演出：渡辺修（VIVIA）、登内翼斗（フジテレビ、以前はディレクター）
プロデューサー：阿部聡・溝渕晶子（VIVIA、溝渕→2019年4月 - 、以前は制作プロデューサー）、田岸宏一（クロスエイト）
ゼネラルプロデューサー：赤池洋文（フジテレビ）
チーフプロデューサー：堀川香奈（フジテレビ、2020年9月29日 - 、以前はプロデューサー）
制作協力：VIVIA
制作：フジテレビ編成制作局バラエティ制作センター
制作著作：フジテレビ
過去のスタッフ
制作統括：浜野貴敏（フジテレビ、以前はチーフプロデューサー）
企画・演出：木月洋介（フジテレビ、2022年4月12日 - 2023年8月、以前は演出→企画・演出・プロデュース→2018年6月5日 - 2020年9月までは演出・チーフプロデューサー、2020年9月29日 - 2022年4月5日までは企画・演出・プロデューサー）
構成：矢野了平、田口拓矢、仲内力也、くらなり
クイズ構成：高橋秀一、坂野真希、塩見昌矢
美術プロデューサー?副島翔太郎（フジテレビ、以前は美術プロデュース）
デザイン監修：鈴木賢太（フジテレビ）
FD：中野瞭、當麻敦也、瀧内彩里、渡邉彩瑛（VIVIA）
制作進行?伊藤春菜
ディレクター：境太資、岡田純一（オイコーポレーション）、野中和哉、藤尾圭祐、忍穂井綾（フジテレビ、以前はFD）、井上陽史（TV BOX）、千葉悠矢（フジテレビ）、長江俊和（ネビュラ）、隅川恵美（TV BOX）、小林正彦（フジテレビ）、岡本晃尚（ViViA）、岡本舞（MTG）、大家璃子（フジテレビ）、野村昌彦（東映シーエム）、千田健輔（ViViA）、本吉拓也（TV BOX）、大林英史、林晶子（TV BOX）、早坂渉、前田愛美（TV BOX）
制作プロデューサー：今野恒（TV BOX）、志波佳代子（ViViA）、黒柳法子（フジテレビ）
プロデューサー：速水大介・若林美樹・西村宗範・情野誠人・寺田裕（フジテレビ）、菊岡郁枝（ザ・スピングラス）、星利也（TV BOX）、三宅瑠衣子・松浦あゆみ（TV BOX、松浦→2022年8月 - 、共に以前は制作プロデューサー）
制作協力：TV BOX
ネット局
全編ローカルセールス枠であるため、フジテレビ以外の通常時同時ネットとする局であっても編成の都合により臨時非ネットもしくは遅れネット（フジテレビと同時刻放送となったとしても）での放送に変更する場合がある[注 19]一方、通常時非ネットとする局が臨時に同時ネットまたは遅れネットで放送する場合がある。
2018年4月以降、スペシャル放送ではフジテレビを除く一部系列局ではフジテレビの放送終了の6分前に飛び降りとなるが、日によっては通常時6分前に飛び降りとする局が臨時にフルネットで放送する場合がある。
放送対象地域放送局系列放送日時ネット状況備考
関東広域圏フジテレビ（CX）フジテレビ系列火曜 19:00 - 20:00【制作局】
北海道北海道文化放送（uhb）同時ネット[注 20]
岩手県岩手めんこいテレビ（mit）[注 21]
宮城県仙台放送（OX）[注 22]