2009年度の予定では、構築費は約1120億円（1020億円の国費と100億円の民間資金持出額）[154]、また運用費は年額80億円（電力代22-29億円、計算機等保守費23-32億円、運営費12.6億円、その他保守費14-17億円）であった[155]。

2012年9月の本格稼働後の報道では、京の開発費は総額1120億円で、うち665億円が富士通による演算装置の開発に投入され、富士通は演算装置の核となる半導体チップ開発用に三重工場に製造設備を新設した[156][157]。しかし京稼働後の富士通のスーパーコンピュータ新製品ではチップ生産は台湾メーカーに委託し、三重工場は売却予定で、今後は製造ではなく設計に専念する[156]。また開発過程の損失では、理研は撤退したNECに支払った70億円の返還を求めたが、民事調停による返還は2億円であった[156]。