総開発費1,120億円を投じ、2012年6月に完成[3]、同年9月に共用稼働を開始[4]。

TOP500で、2011年6月および2011年11月に1位[5][6]になるが、完成直前の翌2012年6月には2位[7]に、同年11月には3位[8]に後退。この年1位の米タイタンは開発費が9,700万US$(約76.5億円)で17.59ペタフロップス[9]。2013年6月に4位[10]、2015年7月に4位[11]となった。また2011年、2012年、2013年、2014年にHPCチャレンジ賞クラス1[12][13]、2013年に日本初となるHPCチャレンジ賞クラス2を受賞[14][15]。2011年、2012年にゴードン・ベル賞[16][17]を受賞。2014年、2015年7月、11月、2016年7月、11月、2017年6月、11月、2018年6月、11月、2019年6月にGraph500で9期連続1位（通算10期）を獲得した[18][19][20][21][22][23][24]。

2019年8月16日に計算資源の共用を終了[25]し、そして8月30日にシャットダウンされた[26]。その後、性能が100倍程度に向上した新しい「次世代のスーパーコンピュータ」富岳（ふがく）に置き換えられ、2021年3月に運用が開始された[27]。
概要「京」が設置された理化学研究所計算科学研究機構（神戸市）

次世代スーパーコンピュータプロジェクトは、2005年に文部科学省と理化学研究所で開始され、2006年に国家プロジェクトとなった。プロジェクトの目的は、過去に世界最高性能を記録した数値風洞、CP-PACS、地球シミュレータに続くナショナル・リーダーシップ・スーパーコンピュータ(NLS)[28]の構築、およびプロジェクトを通じた計算科学・計算機科学分野の人材育成である。今後5-10年の計算需要に基づき、性能目標のひとつとしてLINPACKベンチマークでの10ペタフロップス達成を掲げた。

「京」は特定分野に特化した専用機ではなく、幅広い用途に応用できる汎用計算機として設計された。当初はベクトル機とスカラ機からなる「複合型」を計画・開発していたが、2009年5月にベクトル機を担当していたNECおよび日立が撤退したことにより、スカラ型のみの構成に設計変更された。この結果、CPUに富士通が設計・開発したSPARCベースのSPARC64TM VIIIfxを採用し[29]、Tofuと呼ばれる6次元メッシュ／トーラスのインターコネクトなど、富士通の技術を全面的に使用した計算機となった。その後、富士通は「京」のCPUをSPARC64TM IXfxに変更して性能を向上させた市販モデルのPRIMEHPC FX10を発表し、国内・海外に販売している。

なお、2009年11月の事業仕分けで事実上の凍結と判定されたことを機会として、各種の議論が行われたが、後に予算復活され、2012年6月に完成した。