京都駅と名古屋駅を結ぶ名神ハイウェイバスや、首都圏などと京都を含む京阪神地区を結ぶ多くの高速路線バス、ツアー形式の貸切バス（ツアーバス）が運行されている。京都市内を発着地とする高速バス路線の多くは京都駅をターミナルとしている。詳しくは京都駅の高速バス欄を参照。

また大阪市内を発着地として名神高速道路を経由するバス路線のうち、京都駅に発着しない路線では、伏見区の深草バスストップ（京都深草）を京都の玄関口と位置づけているものがある。詳しくは当該項目を参照。
道路第二京阪道路（旧京都高速道路･阪神高速京都線）先斗町通御池通

駐輪スペースを確保できれば、自転車や原付含む自動二輪の方が柔軟な移動ができる。

近年、地球温暖化防止の観点から見直されたこともあってレンタサイクルが急増しており、宿泊客に対してこれらの便宜をはかる宿泊施設も増加している。また、ベロタクシーの日本発祥の地でもある。
高速道路

.mw-parser-output .jaexpsign{text-align:center;background-color:#00702C;color:white}.mw-parser-output .jaroadsign{text-align:center;background-color:blue;color:white}.mw-parser-output .roadname{width:250px;border-radius:10px;padding:1em;margin:0.2em auto}.mw-parser-output .roadname p{margin:5px auto}.mw-parser-output .routenumber{display:inline-block;min-width:2em;border-radius:4px;padding-left:0.25em;padding-right:0.25em;font-weight:bold}E1 名神高速道路（京都東インターチェンジ - 京都南インターチェンジ）

その他の有料道路


E89 第二京阪道路（国道1号バイパス）

E9 京都縦貫自動車道（国道478号）

嵐山高雄パークウェイ（民営）

比叡山ドライブウェイ（民営）※一部区間で当市に近接・越境している。

かつて有料だった道路


東山ドライブウェイ ※日本道路公団が運営していたが、のちに市に移管され無料化。

稲荷山トンネル ※(阪神高速8号京都線) 阪神高速道路株式会社が運営していたが、延伸反対運動により市に移管され無料化。

国道

国道1号

第二京阪道路（有料道路の側道）


国道8号（国道1号と重複）

国道9号

国道24号

国道162号

国道171号

国道367号

国道477号

国道478号（大部分は京都縦貫自動車道）

府道

主要地方道の越境路線のみ記載。

大阪府道・京都府道6号枚方亀岡線

京都府道7号京都宇治線

京都府道10号大山崎大枝線

京都府道・大阪府道13号京都守口線

京都府道15号宇治淀線

京都府道・滋賀県道30号下鴨大津線

滋賀県道・京都府道35号大津淀線

滋賀県道・京都府道36号大津宇治線

京都府道38号京都広河原美山線

京都府道50号京都日吉美山線

京都府道・大阪府道67号西京高槻線

京都府道78号佐々江下中線

京都府道・大阪府道79号伏見柳谷高槻線

京都府道81号八幡宇治線

市内の街路
市内の街路名

旧市街地では、平安京造成時の都市計画の名残で、東西・南北に通じる街路をもってあたかも碁盤の目状に区切られており、街路はすべて固有の名称がある[* 19]。なお、街路名に付される「通り」の送り仮名「り」は付けないのが通例である。

市内の中心部など旧市街地では、街路（通り）の名称が場所を表すために用いられる。また、多くの交差点名が交差する通り名を合成したものとなっており場所を示す地名として通用している。「京都市内の通り」も参照
街路名を基準とした位置の表記

主に碁盤の目状に区切られた街路を持つ地域では、街路名の交差とその地点からの東西南北を指すことによって位置を示す方法が一般的に用いられる。

先ず当該地が面している街路名を示し、次にその街路と直近で交差する街路名を示したうえ、その交差点から見た当該地の位置を東西南北で示す。北に向かう場合は上ル／上る（あがる）、南へは下ル／下る（さがる）[* 20]、東西に向かう場合はそれぞれ東入（ひがしいる）、西入（にしいる）と表記する。交差点と交差点のちょうど中間地点では、どちらの交差点を基準とするかによって二通りの表記が可能である。また、原則では近い方の交差点を基準とするものの、大通りなどの大きな交差点がある場合はそれを優先することもある。

この表記は、公的な住所（所在地）にも含まれる。一例をあげると、京都市役所の所在地は「京都市中京区寺町通御池上ル（公的には「上る」） 上本能寺前町488番地」となり、寺町通に面し御池通から北に向かった地点を「寺町通御池上ル」で表し、その後ろに町名の「上本能寺前町」と番地を示す。なお、この表記方法は1889年（明治22年）の市制施行時から市域であった場所の大部分[* 21] において、住民基本台帳や不動産登記などにおける公的な表記として用いられるものである。

一方、公的な表記ではない場合、町名や番地は省略し、街路名と方向のみにより表記することが通例であるが、近年、街路名と方向による伝統的な表記では、インターネットの地図サイトやカーナビゲーションで検索できないという理由で、街路名を含まない町名と番地だけで住所を表記する事例も増えている[114]。しかし町域が狭く、膨大な数の町名がある京都では、町名と番地だけの表記では直感的な場所の把握が困難である。例えば、「四条河原町」交差点周辺は繁華街として知られているが、町名の「下京区真町」では理解しづらい。

また、同一区内に多数組の同一町名が存在し、町名のみで場所を特定できないことも多い。例えば中京区内に「亀屋町」は5箇所あり、さらには下京区にも2箇所、上京区にも4箇所ある。このような同一町名は中京区内だけでも32組もある。これらは一つの町の飛び地ではなく、関係のないまったく別の町である。ただし、同じ町名でもそれぞれ郵便番号が異なるため、7桁の郵便番号を記載すれば、街路名がなくとも郵便物は配達される。
交差点名の表記

交差点の名称は、交差する2つの街路名を合成したものが用いられることが多い。どちらの通りを先に呼称しても意味は通じるが、多くの場合どちらかの通りを先に呼ぶものが固有名詞化している。たとえば「四条河原町」と「河原町四条」は同一地点を指すが「四条河原町」と呼ばれ、交差点やバス停の名称も「四条河原町」である。ただし、どちらの通りを先に呼称するかについて定説は無く、道路上の交差点名の表記では「五条大宮」である一方、バス停の名称は「大宮五条」であるなど不一致がみられる例もある。

一方で、街路名を由来としない交差点名も少なくない。一例として、四条通と東大路通の交差点は「祇園」、西大路通と丸太町通の交差点は「円町」、今出川通と東大路通の交差点は「百万遍」と呼称しているが、これは都市計画による新たな街路が敷設された場合に、交差点名として伝統的な地名を採用したものが多い。
港湾
地方港湾


伏見港 - かつて存在した、宇治川の河川港である。