1968年に京都市の諮問機関である交通対策協議会が、その年の11月に出した答申が、京都における地下鉄建設計画の始まりである。その後、1972年10月24日に運輸大臣（当時）から地方鉄道事業（地下鉄烏丸線）の事業免許を取得[2]。工事が進められ、1981年5月29日に地下鉄烏丸線（北大路駅 - 京都駅間）の営業を開始した[2]。

開業当時の京都市営地下鉄の特色は、主要4駅にエレベーターを備えたことで、当時の日本の地下鉄では先進的であった。バリアフリーが広まる前の1972年頃から、車椅子常用者、障害者支援団体が運動を起こして京都市に請願し、京都市会と舩橋求己市長を動かした成果である。京都市は、相対式で設計されていた駅を急遽島式に変更し、将来的に全駅にエレベーターを設置することにした[5]。

1981年（昭和56年）5月29日：烏丸線北大路 - 京都間が開業[2]。

1988年（昭和63年）

6月11日：烏丸線京都 - 竹田間が開業[2]。

8月28日：烏丸線、近鉄京都線と新田辺駅まで相互直通運転開始[2]。


1990年（平成2年）10月24日：烏丸線北山 - 北大路間が開業[2]。

1993年（平成5年）7月1日：市バス・地下鉄共通の「トラフィカ京カード」を導入[2]。

1997年（平成9年）

5月22日：御池駅が烏丸御池駅に改称。

6月3日：烏丸線国際会館 - 北山間が開業[2]。

10月12日：東西線醍醐 - 二条間が開業[2]。京阪京津線が御陵から京都市役所前まで乗り入れ開始。


1998年（平成10年）12月31日：大晦日から元旦の終夜運転開始[2]。

2000年（平成12年）

3月1日：スルッとKANSAI対応カードが利用可能に[2]。

3月15日：烏丸線国際会館 - 近鉄奈良間直通の急行を運転開始[2]。


2004年（平成16年）11月26日：東西線六地蔵 - 醍醐間が開業[2]。京都市外の宇治市に初めて地下鉄駅が開業。駅ナンバリング導入[2]。

2007年（平成19年）4月1日：PiTaPa導入[2]（乗り入れしている近畿日本鉄道、京阪電気鉄道大津線も同時導入）。

2008年（平成20年）1月16日：東西線二条 - 太秦天神川間が開業[2]。京阪京津線の乗り入れ区間を太秦天神川まで延長[2]。

2010年（平成22年）3月19日：同日実施の近鉄全線でのダイヤ変更に伴い、烏丸線・東西線ともに21・22時台の増発や、烏丸御池駅での乗り継ぎ時間の均等化などのダイヤ改正を実施。東西線に直通運転する京阪京津線もダイヤが一部変更される。また、烏丸御池駅での烏丸線・東西線終電の全方向一斉発車作戦を交通局では公式に「シンデレラクロス」と名付けている。

2013年（平成25年）

3月23日：地下鉄全線で交通系ICカード全国相互利用サービスを開始[2]。当時のICカードチャージサービスは1000円単位。

9月16日：台風18号の豪雨により東西線御陵駅が冠水、営業を停止した[注釈 1]。


2014年（平成26年）12月20日：烏丸御池駅の烏丸線ホームで可動式ホーム柵の稼働を開始[2]（2015年度には四条駅、京都駅にも設置）。

2015年（平成27年）10月2日：烏丸線・東西線ともに、年末年始及びお盆期間を除いた毎週金曜日のみ終電を30分延長する「コトキン・ライナー」の運行を開始[2]（烏丸御池駅での「シンデレラクロス」も実施）。

2017年（平成29年）4月1日：地下鉄でICOCA、およびICOCA定期券の発売およびICカードでのバス・地下鉄での乗り継ぎ割引を開始[2]（市バスも同時に発売・バス同士の乗り継ぎ割引も開始）。同時に券売機・乗り越し精算機が更新されたことにより、交通系ICカードチャージサービスを東京メトロに次いで全国2番目となる10円単位でのチャージが可能となるように変更。

2021年（令和3年）3月26日：新型コロナウイルス感染症の拡大防止対策で「コトキン・ライナー」の運行を当面の間休止[6]。

2021年（令和3年）10月1日：各種割引乗車券等の抜本的見直しにより一日券類の価格適正化（値上げ）および廃止、地下鉄昼間回数券とトラフィカ京カードの発売終了[7]。

2023年（令和5年）4月1日：「京都 地下鉄・バス ICポイントサービス『もえポっ』」を導入[8]。これに伴い市バスおよび京都バスとの地下鉄連絡普通券の発売終了[9][注釈 2]、ICカードによる乗継割引およびPiTaPaでの利用額割引廃止[9]。

運賃

烏丸線・東西線を合わせた乗車距離に応じた区間制運賃を採用している[10]。2019年10月1日改定[11][12]。

区数距離普通運賃（円）特定割引運賃（円）
大人小児大人小児
1区3kmまで22011011060
2区3kmを超え7kmまで26013013070
3区7kmを超え11kmまで29015015080
4区11kmを超え15kmまで33017017090
5区15kmを超える区間36018018090

乗継割引


烏丸線京都駅 - くいな橋駅間と近鉄京都線 伏見駅 - 向島駅間の各駅を直通乗車もしくは乗り継いだ場合に市営地下鉄・近鉄の運賃合算額から10円または20円の割引がある[10]。