江戸時代末期の藩主直弼は老中阿部正弘の死後に大老となり、将軍後継問題では南紀派を後援し、一橋派への弾圧である安政の大獄を行うが、桜田門外の変で暗殺された。その後、幕政の混乱の責任を直弼に押し付けられる形で10万石を削減されたことから、大政奉還後、最後の藩主直憲は譜代筆頭でありながらも藩論を転向し、鳥羽・伏見の戦い以降戊辰戦争では徳川討滅の急先鋒として新政府側に属して戦った。その功績により維新後の明治2年（1869年）には2万石の賞典禄が下賜された[12]。
同年に華族制度が成立すると華族に列するとともに版籍奉還で彦根藩知藩事に転じ、1871年（明治4年）の廃藩置県まで務めた[12]。華族令施行後で華族が五爵制になると、明治17年（1884年）7月7日に旧中藩知事[注釈 4]として伯爵に列した[1]。井伊伯爵家の邸宅は東京市淀橋区角筈にあった[14]。
井伊直憲伯爵の死後、その次男の井伊直忠が爵位を継承した[15]。井伊直忠伯爵の子井伊直愛は、井伊家の旧領である彦根市の市長を1953年から9期にわたって務めた。現当主（18代）井伊岳夫は彦根市役所勤務、彦根城博物館長。17代直豪の長女裕子と結婚して直豪の養子となり井伊家を継承した。 井伊直政の長男直勝は表向きは病弱だったとされ、幕命により本家を弟に明け渡す形となった。直勝は亡父直政の官名「兵部少輔」を襲ったが、この系統の家臣はまた小野氏等の戦国期以来の井伊氏譜代が多かったと伝わる。安中藩から西尾藩、掛川藩と転封されたが、直勝の曾孫である掛川藩主直朝の時に発狂を理由に改易となった。 しかし、宗家（掃部頭家）から直興（直該）の四男直矩（直朝の妻の兄弟）を迎えて家名再興存続が許され、無城主格2万石の越後与板藩主となった。その後、10代直朗が若年寄となって城主格に昇格した。 14代直安は明治17年（1884年）7月8日、華族令施行で華族が五爵制になったことにより旧小藩知事[注釈 5]として子爵位を与えられた[17]。明治29年（1896年）1月には貴族院議員に選出され、大正9年（1920年）12月まで在任した。15代直方も貴族院議員を務める。17代井伊脩
分家（与板藩主家・子爵家）
現当主（18代）井伊達夫（旧姓：中村）は、甲冑・刀剣史学研究家として知られる。平成19年（2007年）に17代脩と養子縁組して名跡を継ぎ、2018年現在、京都府京都市東山区花見小路にある京都井伊博物館の館長となっている。NHK大河ドラマ『おんな城主 直虎』の放送開始を受け、甲冑「紺糸威本小札胴丸」、脇差「直江志津兼友作の脇差」などを展示している[19]。 井伊家は直政の頃に領地・家臣を与えられて家臣団が成立し、三度に渡る加増を受けた近江や上野の出身家臣が特に多い。また、武田氏滅亡後の武田遺領を巡る天正壬午の乱における働きで知行安堵が行われた武田遺臣や駿河の今川氏、相模の後北条氏など旧戦国大名家の遺臣も召し抱えており、「井伊年譜」によれば武田遺臣らを附属された初期の家臣団は「?衆」といった組により編成されている[20]。 藤原良門
家臣団
史料
『井伊家譜』
『井伊年譜』
「井伊家系譜」（『新修彦根市史 第六巻 史料編 近世1』）
系図 井伊氏系図 凡例1) 実線は実子、点線は養子2) 数字は家督継承順。3) 太字は掃部頭家（宗家）当主。斜体は兵部少輔家当主。
利世
共良
良春
良宗
共資
井伊共保1
共宗2
宗綱3
共章4
共家5
共直6
惟直7
盛直8
良直9赤佐俊直貫名政直
彌直10
泰直11田中直家出手直時谷津直村
行直12上野直助
景直13
忠直14岡直藤
直氏15中野直房
直平16
直宗17直満直義直元
直盛18直親19
直虎直政20
［兵部少輔家］
直勝 1［掃部頭家］
直孝21
直好 2直滋直寛直縄直澄22
直武 3直興 23
（直該26）
直朝 4直堅直通24直恒直矩直惟27直定木俣守吉室