（備考）灰色欄で表示されている自治体は二級水系が存在しない自治体。換言すれば当該自治体にある河川は全て一級水系に所属する河川となり、堰止湖がある山梨県を除く内陸県が該当する。奈良県には例外的に県内も流域とする二級水系が3水系存在する（銚子川水系、日置川水系、日高川水系）が、県内部分はいずれも指定区間外であるためカウントしていない。
二級河川

二級水系に係わる河川は、都道府県によって指定される際は支流等も含め原則（後述）として二級河川であり、都道府県知事（都道府県）が指定管理する。日本には2014年4月30日現在二級水系の数が2,711あり、その河川数は7,078となる。管都市部や源流部の小河川などでは、河川法での未指定部分を市町村長が準用河川に指定して管理したり、どこも指定管理しない場合は河川法の適用を受けない普通河川として扱われたりすることもある。一方で国や都道府県が指定管理していた河川が、河川法の指定はそのままに管理権限のみ地元自治体へ移譲される事例もある[1]。

尚、二級水系であっても隣接する一級水系と不可分な河川整備が必要と特に認められた場合は、国土交通省による直轄管理も行われる場合もある。一例として島根県の神戸川水系が、1976年（昭和51年）より『斐伊川・神戸川水系河川整備計画』に基づき国土交通省による河川整備が進められていた。但し2006年8月1日付けで神戸川水系は斐伊川水系に編入されて二級水系としては消滅し、現在国土交通省が管理を行う二級水系は無い。

二級水系より重要な水系は一級水系とされ、原則として国の管理下におかれる。全国に109水系存在する（詳細は一級水系の項を参照）。また、一級水系、二級水系以外の水系は単独水系と呼ばれる。
沖縄県における特例

沖縄県の河川は、その全てが二級河川である。しかし沖縄県においては福地川など幾つかの河川において、二級河川でありながら国土交通大臣が施工・管理を行う特定多目的ダムが建設されているのをはじめ、国土交通省（実質的には内閣府沖縄総合事務局）が直轄事業として河川改修や河川管理を行っている。これは沖縄振興特別措置法における特例措置である。

すなわち、河川法第十条の規定により通常二級河川は都道府県知事の管理下におかれ、国が関与することはない。だが1972年（昭和47年）の沖縄返還以降、本土に比べインフラストラクチャー整備が遅れている沖縄県の発展を図るため、河川整備について沖縄県の振興を図るために特に必要があるものについては、沖縄県知事の要請があった場合に内閣総理大臣との協議によって国土交通大臣（従前は建設大臣）が、指定した河川区間について河川改良工事、修繕工事などを国直轄で行うことを特別措置法によって定めた。

こうした沖縄振興特別措置法の規定により、福地川・普久川・新川川・億首川など、沖縄県の十数河川が指定区間とされ、河川法第十条の例外規定として国土交通大臣が一級河川に準じた直轄管理を行っている。またこれに伴い、特定多目的ダム法についても沖縄県については特例が適用され、福地ダム（福地川）など特定多目的ダムが、二級河川であっても建設されている。
脚注[脚注の使い方]^ ⇒県管理河川の名古屋市への権限委譲について、愛知県建設部河川課、2006年11月20日