接種費用は、全額自己負担となる。予防接種により健康被害が発生した場合は、医薬品副作用被害救済制度が適用される。

流行性耳下腺炎（おたふくかぜ）、A型肝炎、成人用肺炎球菌、狂犬病、ワイル病秋やみ等の他、定期接種の対象年齢層以外に対するA類疾病/B類疾病も任意接種となる。
海外渡航のための予防接種

海外渡航者の予防接種には、主に二つの側面がある[19]。トラベルワクチン[20]、トラベラーズワクチン[21]、などとも呼ばれる。 厚生労働省検疫所（FORTH）に寄ると、破傷風、A型肝炎、B型肝炎、狂犬病、日本脳炎、ポリオ（急性灰白髄炎）、黄熱、ジフテリア、麻しん、風しん、髄膜炎菌感染症、新型コロナウイルスが、予防接種で予防できる病気として挙げられている[19]。
予防接種証明書を要求される場合

入国する時、あるいは、海外の学校に入学、研修施設等に入る際などに、予防接種証明書の提示が求められる場合がある。
海外で感染症にかからないように

日本にはない病気が発生している地域で、感染症にかかるリスクを下げることができる。
予防接種の注意事項

予防接種実施規則によると、明らかな発熱を呈している者、重篤な急性疾患にかかっていることが明らかな者、当該疾病に係る予防接種の接種液の成分によるアレルギーまたはアナフィラキシーが検査で明らかになっている者は不適当と判断され接種ができない。妊娠している者に関しては、急性灰白髄炎、麻疹及び風疹にかかわる予防接種はできないことになっている。

また、心臓血管系疾患、腎臓疾患、肝臓疾患、血液疾患及び発育障害等の基礎疾患を有することが明らかな者、前回の予防接種で2日以内に発熱のみられた者、又は全身性発疹等のアレルギーを疑う症状を呈したことがある者、過去にけいれんの既往がある者、過去に免疫不全の診断がなされている者、接種しようとする接種液の成分に対してアレルギーを呈する恐れのある者等は医師の判断に基づき注意して接種することが義務付けられる。
予防接種健康被害救済制度

予防接種の副反応による健康被害は、極めて稀ではあるが、発生がみられる。予防接種と健康被害との因果関係が認定された場合、接種に係る過失の有無にかかわらず、速やかに救済するための制度[22]。

予防接種法に基づく予防接種（＝定期接種、臨時接種）を受けて健康被害が生じ、その健康被害が接種を受けたことによるものであると厚生労働大臣が認定した場合

市町村により給付が行われる。

厚生労働大臣の認定には、第三者により構成される疾病・障害認定審査会により、因果関係に係る審査が行われる。

医療機関での治療を受けた場合、医療費の自己負担分と、医療を受けるために要した諸費用を支給。

障害が残った場合、障害児童養育年金または障害年金を支給。

亡くなった場合、葬祭料および死亡一時金約4,300万円等（インフルエンザワクチンの場合遺族一時金約700万円、遺族年金約240万円(最長10年)）支給。

救済給付に係る費用負担は国1/2、都道府県1/4、市町村1/4。

なお、任意の予防接種による健康被害は、他の医薬品同様、医薬品副作用被害救済制度が適応される。予防接種法ではなく、独立行政法人医薬品医療機器総合機構法が根拠となる。詳細は「医薬品副作用被害救済制度」を参照

厚生労働省が設置し、外部有識者で構成される薬事・食品衛生審議会における審議を経て決定される。

独立行政法人医薬品医療機器総合機構（PMDA）により給付が行われる。

入院での治療を受けた場合、医療費の自己負担分と、医療手当を支給。障害が残った場合、亡くなった場合も支給。

給付額は種類ごとに定められており、請求期限もある。

救済給付に係る費用負担は許可医薬品製造販売業者等からの拠出金。PMDAの事務費の1/2相当額は、国からの補助金。


予防接種禍と法律（谷間の問題）

予防接種によって生命・身体に重大な損害が与えられた被害者を救済するための法律構成が憲法上問題となっている。17条説、29条3項類推解釈説、29条3項勿論解釈説、25条説、13条説等が主張されている。
推奨される接種順序

国立感染症研究所、VPDを知って、NPO法人子どもを守ろうの会、日本プライマリ・ケア連合学会、公益社団法人日本小児科学会から、予防接種スケジュールが発表されている。

⇒日本の小児における予防接種スケジュール 国立感染症研究所感染症情報センター編

⇒予防接種スケジュール NPO法人VPDを知って、子どもを守ろうの会編

こどもとおとなのワクチンサイト 日本プライマリ・ケア連合学会

日本小児科学会が推奨する予防接種スケジュール 公益社団法人日本小児科学会

また、NPO法人子どもを守ろうの会では、iPhone・Androidスマートフォン用の予防接種スケジューラアプリを無料提供している。