なお、任意の予防接種による健康被害は、他の医薬品同様、医薬品副作用被害救済制度が適応される。予防接種法ではなく、独立行政法人医薬品医療機器総合機構法が根拠となる。詳細は「医薬品副作用被害救済制度」を参照

厚生労働省が設置し、外部有識者で構成される薬事・食品衛生審議会における審議を経て決定される。

独立行政法人医薬品医療機器総合機構（PMDA）により給付が行われる。

入院での治療を受けた場合、医療費の自己負担分と、医療手当を支給。障害が残った場合、亡くなった場合も支給。

給付額は種類ごとに定められており、請求期限もある。

救済給付に係る費用負担は許可医薬品製造販売業者等からの拠出金。PMDAの事務費の1/2相当額は、国からの補助金。


予防接種禍と法律（谷間の問題）

予防接種によって生命・身体に重大な損害が与えられた被害者を救済するための法律構成が憲法上問題となっている。17条説、29条3項類推解釈説、29条3項勿論解釈説、25条説、13条説等が主張されている。
推奨される接種順序

国立感染症研究所、VPDを知って、NPO法人子どもを守ろうの会、日本プライマリ・ケア連合学会、公益社団法人日本小児科学会から、予防接種スケジュールが発表されている。

⇒日本の小児における予防接種スケジュール 国立感染症研究所感染症情報センター編

⇒予防接種スケジュール NPO法人VPDを知って、子どもを守ろうの会編

こどもとおとなのワクチンサイト 日本プライマリ・ケア連合学会

日本小児科学会が推奨する予防接種スケジュール 公益社団法人日本小児科学会

また、NPO法人子どもを守ろうの会では、iPhone・Androidスマートフォン用の予防接種スケジューラアプリを無料提供している。

⇒予防接種スケジューラーアプリ NPO法人VPDを知って、子どもを守ろうの会提供

同時接種

2種類以上の予防接種を1度の通院で同時に、同一の接種対象者に対して行う「同時接種」は、日本ではかつて「良くないもの」と認識されていて、厚生労働省は2019年時点でも「医師が特に必要と認めた場合に行うことができること」[23][24]としているが、2011年、日本小児科学会は「ワクチンの同時接種は、日本の子どもたちをワクチンで予防できる病気から守るために、必要な医療行為であると考える」と提言を出していて[24]、近年では、同時接種を行う医師も増えてきた[25]。

組み合わせや本数に制限は無く、
定期接種のワクチンと任意接種のワクチン

不活化ワクチンと生ワクチン

生ワクチンと生ワクチン

注射と飲むタイプのワクチン

の全ての組み合わせで、安全に同時接種ができる[26]。一部の自治体や医師は、接種方法の異なるBCGに限って、他のワクチンとの同時接種は行わず単独接種で実施している[27][28]。

混合ワクチンは、数種類のワクチンがはじめから1本の注射液に含まれているものなので、広義の同時接種ともいえる[26]。
イタリアの予防接種

イタリアでは2017年より、義務教育を受ける前（6歳まで）にポリオ、ジフテリア、破傷風、B型肝炎、インフルエンザ、B型髄膜炎、C型髄膜炎、麻疹、風疹、流行性耳下腺炎、百日ぜき、水疱瘡の予防接種が義務付けられることとなった[29]。
動物に対する予防接種

この節の加筆が望まれています。

動物から人に伝染する動物由来感染症（ズーノーシス：人獣共通感染症にも含まれる）や人から動物に伝染する人獣共通感染症を予防する目的で行う予防接種がある。野生動物の保護や産業に有用な家畜、ペットの伝染病の蔓延を予防するための予防接種もある。

農林水産省動物医薬品検査所・動物用医薬品データベース[30]で「ワクチン」を検索すると、2014年12月時点で201件登録されている。しかし、家畜伝染病予防法は「家畜の伝染性疾病（伝染病）の発生の予防、及びまん延の防止について定めた法律」であり、伝染病が発生した場合患畜などのと殺処分や消毒についての規定はあるが、予防接種に関する規定は無い。