法定接種の記載対象外となっている任意接種のワクチンには、ロタウイルスワクチンや、流行性耳下腺炎（おたふくかぜ）を対象としたMMRワクチン（流行性耳下腺炎ワクチンを含む新三種混合ワクチン）などがある（2020年1月現在）[3]。これらは十分なデータが日本国内で蓄積していないことなどを理由に任意接種に分類されているものの[5]、ワクチンの接種自体は国が認めていることから、地方自治体によっては接種費用の一部または全額が補助される[3]。

2021年から接種の始まった新型コロナウイルスのワクチンについては、本法附則第7条第2項の規定により同法第6条第1項の臨時接種の形態で行われる[21]。
歴史

同法が制定された1948年（昭和23年）以前から、日本でも予防接種制度は運用されていた[12]。1849年には既に種痘接種を開始しており[12]、1909年（明治42年）には予防接種法の前身に該当する種痘法が制定されている[15]。また、予防接種とは別に伝染病予防法が1897年（明治30年）に制定され、1998年（平成10年）まで併存していたほか[16]、結核予防法が1951年（昭和26年）に制定され、2007年（平成19年）に廃止されるまで併存していた[17][12]。予防接種法が制定された1948年当時は、対象疾患は12であり[12]、接種を怠った者は罰則が科される「義務接種」の方式であった[8]。その後、1950年代から60年代にかけて大型の改正が複数回実施され[注 1]、接種ワクチンの種類も増加している[12]。この結果、1960年代以降は罹患者数と死亡者数が減少していった[8]。
副作用と国の責任

予防接種法に基づく予防接種の結果、副作用で健康被害が生じた者への給付を目的とした健康被害救済制度[7]が、1976年に制定されている[12]。