2009年から10年にかけての新型インフルエンザの世界的流行に際し、WHOのマーガレット・チャン事務局長は「今、すべての人類が脅威にさらされている」として、新型インフルエンザをすべての人類の脅威とする広報を行った。その後、新型インフルエンザが弱毒性である事が発覚するも、顕著な感染や死亡の被害が著しい事態を想定した警告であるフェーズレベル6/6と警告し、パンデミック（世界的大流行）を宣言した。しかし初の「国際的に懸念される公衆衛生上の緊急事態」（PHEIC）の対象にまでになった新型インフルエンザは前例のない保健当局と科学者と製薬会社が強力に連携する体制をもたらしたが[52]、実際は他の季節性インフルエンザと大差ないレベルのインフルエンザで被害も小さなものであった[53]。

一連のWHOの誤報への批判が高まり[54]、これを重く見た欧州議会は、パンデミック宣言に至った経緯の調査に踏み出す事態となった。欧州議会のボーダルク（英語版）前保健衛生委員長は、WHOの宣言は偽のパンデミックであったとして問題提起をしている。WHOの意思決定には製薬会社の意向が大きく影響した可能性が高いとしている。製薬会社は研究所などで働く科学者へ大きな影響力を持っており、この事と今回WHOが広く科学者の意見を求めた事がその影響力を強める原因になったと語っている。一方、新型インフルエンザワクチン製造なども行い、世界最大規模の製薬会社であるグラクソ・スミスクライン社（英国）は、製薬会社がWHOのパンデミック宣言に影響を与えているなどの認識は誤りであるとインタビューに応えている[55]。

2010年1月になるとワクチンが世界的に余剰状態となり、キャンセルや転売が相次ぐ事態となっている。
IAEAに従属

1959年に結んだIAEAとの規定では、「IAEA（原発推進を掲げている）の許可なしに、放射線の影響における科学論文を公表してはならない」となっている[56]。WHO事務局長であった中嶋宏は、この事について「放射線の影響の研究に関しては、WHOはIAEAに従属している。原子力が健康を従えているのだ」と発言している[57]。
COVID-19 をめぐる対応の遅れと政治性の指摘「新型コロナウイルス感染症の世界的流行 (2019年-)#WHOの対応策」、「台湾における2019年コロナウイルス感染症の流行状況#WHOと台湾政府の攻防」、「ドナルド・トランプ#COVID-19関連」、および「米中関係#COVID-19の感染拡大以降」も参照

2019新型コロナウイルスによる急性呼吸器疾患の対応をめぐり、流行が始まった2019年12月の時点でヒトからヒトへの感染が起きた可能性があるという報告を台湾から受けていたにもかかわらず、台湾によるWHO総会への参加が認められていないことや情報を国際社会に示さなかったことへの批判がある[58]。

2020年4月、アメリカのドナルド・トランプ大統領はCOVID-19をめぐるWHOの一連の対応について「失敗」と評価。また、アメリカから大規模な出資を受けながら「中国中心主義」で、世界に不適切な提言を行っていると批判し、WHOへの拠出金を停止する考えを示した[59]。 同国国務省は「公衆衛生より政治を優先した」と批判した上で「アメリカを含む加盟国はWHOの一連の対応について問題点を検証するべきだ」とした[58]。

WHOは台湾からの通知について、AFP通信の取材に対して「ヒトからヒトへの感染について言及はなかった」と否定した[60]。それを受けて台湾当局は「中国の武漢で非定型の肺炎が少なくとも7例出ていると報道されている。現地当局はSARSとはみられないとしているが、患者は隔離治療を受けている」といった内容が含まれるWHO宛の通知の全文を公開し、「隔離治療がどのような状況で必要となるかは公共衛生の専門家や医師であれば誰でもわかる。これを警告と呼ばず、何を警告と呼ぶのか」と述べ、WHOが台湾の情報を生かしていれば、感染拡大へ早く対処できたと主張した[60][61]。

トランプ大統領は5月29日のホワイトハウスでの記者会見でWHOが「中国寄り」であることを改めて批判。年間4億5千万ドル規模とされるWHOに対する米国の拠出金を他の保健衛生関連の国際組織に振り向け、WHOとの関係を断絶すると発表し[62]、7月6日には2021年7月6日付でWHOを脱退することを国連に正式通告した[63]。

2021年1月20日にジョー・バイデンが後継の大統領に就任し、その日のうちにWHOからの脱退を撤回する大統領令に署名[64]、また翌21日にはCOVID-19ワクチンを共同購入するための国際的な枠組み(COVAX)への参加を表明するなど、政権交代によってアメリカの姿勢は大きく転換された[65]。
世界保健機関の制定した国際デー

世界保健機関はいくつかの国際デーを制定しているが、なかでも国際公衆保健デーとして、3月24日の世界結核デー、4月7日の世界保健デー、4月14日の世界シャーガス病デー（英語版）、4月25日の世界マラリアデー、4月の最終週に行われる[66]世界予防接種週間（英語版）、5月31日の世界禁煙デー、6月14日の世界献血者デー、7月28日の世界肝炎デー、9月17日の世界患者安全デー、毎年11月18日を含む週に行われる[67]世界抗生物質意識週間（英語版）、12月1日の世界エイズデーを特に重視している[68]。この国際デーは新たに定められることも多く、2019年には世界患者安全デーが[69]、2020年には世界シャーガス病デーが新たに制定された[70]。
世界保健機関に対する顕彰

メアリー・ウッダード・ラスカー公益事業賞（1976年）

アストゥリアス皇太子賞（2009年）

不祥事

2018年から2020年にかけ、職員がコンゴ民主共和国で性的虐待を行っていた問題が浮上。2021年9月28日、事務局長が事実を認めて謝罪した。