明治2年（1869年）の版籍奉還で藩主は知藩事に、旧幕府領・旗本領は安房上総知県事となり、安房上総知県事の管轄地には宮谷県が置かれて柴山典が権知事となり、管轄地は上総において約8万7,800石。安房を加えると計37万1,700石であった。明治4年（1872年）、廃藩置県が行われると、旧藩領と宮谷県は大きく木更津県に統合された。明治6年（1874年）には木更津県と下総を管轄していた印旛県が統合して千葉県が成立し、管轄が移行した。
明治以後の沿革

「旧高旧領取調帳」に記載されている明治初年時点での国内の支配は以下の通り（1,203村・42万5,616石余）。太字は当該郡内に藩庁が所在。国名のあるものは飛地領。

天羽郡（77村・2万4,432石余） - 幕府領、旗本領、佐貫藩、上野前橋藩

周淮郡（109村・2万7,171石余） - 幕府領、旗本領、与力給知、飯野藩、請西藩、上野前橋藩、三河西端藩

望陀郡（193村・6万314石余） - 幕府領、旗本領、与力給知、久留里藩、請西藩、飯野藩、鶴牧藩、佐貫藩、武蔵岩槻藩、上野前橋藩

市原郡（183村・5万6,041石余） - 幕府領、旗本領、与力給知、同心給知、鶴牧藩、久留里藩、請西藩、佐貫藩、下総高岡藩、安房館山藩、武蔵岩槻藩、上野前橋藩、三河西大平藩

夷隅郡（169村・6万9,096石余） - 幕府領、旗本領、与力給知、大多喜藩、久留里藩、鶴牧藩、武蔵岩槻藩、上野吉井藩、土佐高知新田藩

上埴生郡（48村・1万8,567石余） - 幕府領、旗本領、久留里藩、鶴牧藩、下総高岡藩

長柄郡（159村・6万1,395石余） - 幕府領、旗本領、与力給知、鶴牧藩、一宮藩、安房館山藩、下総生実藩、武蔵岩槻藩、上野吉井藩、出羽長瀞藩

山辺郡（136村・5万3,527石余） - 幕府領、旗本領、与力給知、鶴牧藩、下総結城藩、下総生実藩、下総高岡藩、武蔵岩槻藩、陸奥福島藩、出羽長瀞藩

武射郡（129村・5万5,068石余） - 幕府領、旗本領、飯野藩、下総結城藩、下総生実藩、下総高岡藩、三河西端藩、出羽長瀞藩、土佐高知新田藩


慶応4年

請西藩が廃藩。

7月2日（1868年8月19日） - 幕府領と、廃藩や転封により領主不在となった区域に安房上総知県事を設置。

7月13日（1868年8月30日）

駿河小島藩が市原郡・望陀郡・周淮郡に転封し、金ヶ崎藩となる。

天羽郡に安房長尾藩が入封。


9月5日（1868年10月20日） - 遠江浜松藩が市原郡・長柄郡・上埴生郡に転封し、鶴舞藩となる。


明治元年

9月12日（1868年10月27日） - 駿河沼津藩が市原郡に転封し、菊間藩となる。

9月21日（1868年11月5日）

遠江掛川藩が山辺郡・武射郡に転封し、柴山藩となる。

遠江相良藩が周淮郡・天羽郡に転封し、小久保藩となる。

望陀郡・周淮郡・天羽郡に安房花房藩が入封。


望陀郡に三河吉田藩、近江三上藩が入封。

周淮郡に伊勢長島藩が入封。

以上の変更にともない、鶴牧藩、久留里藩、飯野藩、佐貫藩、大多喜藩および前橋藩、岩槻藩、高岡藩、館山藩、西大平藩の飛地領で領地替えが行われる。高岡藩を除く飛地領が消滅。

12月18日（1869年1月30日） - 岩代福島藩が三河重原藩に転封。飛地領が消滅。


明治2年

2月9日（1869年3月21日） - 安房上総知県事が宮谷県となる。

6月19日（1869年7月27日） - 三河吉田藩が三河豊橋藩に改称。飛地領は存続。

11月11日（1869年12月13日） - 羽前長瀞藩が藩庁を移転し、大網藩となる。

12月25日（1870年1月26日） - 上野吉井藩が廃藩。