最初の改革として1998年（平成10年）に執行機関と企画・総務部門を分離する2局6部体制への移行と、係を廃止してグループを置く「グループ制」の導入を行った[5]。グループ制とは、各グループのメンバーが課長に直属するというシステムであり、グループリーダーは自分の仕事とグループの総括を並行することになる[5]。

更に2002年（平成14年）には職員の強い反発を受けながらも課の全廃を断行[4]、チーム制を導入した。チーム制は、従来の課のように固定的な組織ではなく、部局長の判断で年度中の組織変更が可能な組織であり、統括マネージャーがチームの下にあるグループをマネジメント（経営）する仕組みである[5]。また、一連の組織改革と並行して「事務事業評価システム」・「政策推進システム」も導入された[6]。

しかし、これらの矢継ぎ早とも言える改革は現場の職員から「仕事が増えただけ」など不評を買い[6]、三重県民からは「カタカナの組織が増えて分かりにくい」との声が上がったため北川の後に知事に就任した野呂昭彦は、「チーム」を「室」に、「統括マネージャー」を「室長」に改めた。
組織の変遷

課以下の組織については割愛した。
明治時代
1882年?1885年（明治5年?8年）[7]


参事

庶務課

聴訟課

租税課

出納課

学務課（1885年新設）


1886年（明治9年）[8]


県令

知事官房、地方課、土木課、会計課、労務課、社寺兵事課、農商課、蚕糸課、林務課、耕地整理課、警務課、保安課、衛生課


1911年（明治44年）[8]


知事

内務部

地方課、土木課、会計課、学務課、社寺兵事課、農商課、蚕糸課、林務課、耕地整理課


警察部

警務課、保安課、衛生課、各警察署


各郡長


大正時代
1926年（大正15年）[9]


知事

知事官房

秘書課、文書課、統計課


内務部

庶務課、会計課、地方課、商工水産課、農務課、土木課、林務課、蚕糸課、耕地整理課

南牟婁支庁



学務部

教育課、社寺兵事課、社会課


警察部

警務課、保安課、衛生課、高等警察課、刑事課、工場課


出先機関

津測候所など計14機関



昭和時代
1945年（昭和20年）12月[10]


知事

知事官房

秘書課、文書課


内政部

総務課、議事課、地方課、会計課、教学課、厚生課、衛生課、進駐軍受入事務局連絡室


経済第一部

食糧第一課、食糧第二課、水産課、蚕糸課、耕地課


経済第二部

商工課、復興課、林務課、終戦管財事務局


土木部

監理課、道路課、河港課、都市計画課


警察部

警務課、防犯課、輸送課、刑事課、労政課、保安課、警察部長書記官、勤労課、保険課


各地方事務所（11ヶ所）

※以下、[表示]をクリックすると一覧表示されます。1950年（昭和25年）7月[11]

知事

副知事

総務部

文書課、人事課、庶務課、税務課、統計課、地方課、会計課、渉外課


民生部

厚生課、児童福祉課、保険課、世話課


経済部

水産課、商工課、資材課


農林部

食糧課、農務課、農業改良課、畜産課、蚕糸課、林務課


労働部

労政課、職業安定課、失業保険徴収課


土木部

監理課、道路課、河港課、砂防課、建築課、計画課


衛生部

医政課、環境衛生課、予防課、薬務課、獣医課


農政部

農地課、開拓課、耕地課、農業協同組合課


（副知事直属）

秘書課、弘報課


各地方事務所（11ヶ所）

出納長

副出納長




行政委員会

教育委員会、監査委員会、公安委員会


三重県議会
1964年（昭和39年）[12]

知事

副知事

総務部

総務課、人事課、財政課、税務課、管財課、地方課、統計課


民生部

厚生課、婦人児童課、保険課、国民年金課、同和対策室


衛生部

医政課、予防課、薬事環境衛生課、食品衛生課


商工労働部

商工振興課、経営指導課、労政課、職業安定課、失業保険課


農林水産部

農政課、農林計画課、農業改良課、蚕糸農産課、畜産課、開発拓植課、耕地課、林務課、水産課、試験研究機関整備調査室、林業技術普及センター開設準備室


土木部

監理課、道路課、河川課、港湾課、砂防課、建築課、計画課、四日市港湾事務所


参事


出納長

出納室



秘書課、県民室、考査室、消防防災室

企業庁

企画課、総務課、経理課、電気課、土木課、工業用水課、用地課


行政委員会

選挙管理委員会、人事管理委員会、公安委員会、地方労働委員会、収用委員会、海区漁業調整委員会、内水面漁場管理委員会、監査委員、教育委員会


三重県議会

平成時代

※[表示]をクリックすると一覧表示されます。2004年（平成16年）[13]

知事

副知事

総合企画局

企画総務室、首都機能移転・広域交流推進室、特定政策室、政策推進室、企画開発室、統計調査室、統計分析情報室、知事室、広聴広報室、e-デモクラシープロジェクト


総務局

総務室、組織経営室、法務・文書室、人材政策室、福利厚生室、予算調整室、税務政策室、税務調査プロジェクト、営繕室、工事検査担当


防災危機管理局

危機管理総務室、消防・保安室、防災対策室、地震対策室


生活部

生活総務室、情報公開室、人権・同和室、男女共同参画室、文庫振興室、芭蕉さん・秘蔵のくにプロジェクト、勤労福祉室、雇用・能力開発室、交通安全室、消費生活室、私学振興室、青少年育成室、国際室、NPO室


健康福祉部

健康福祉総務室、政策企画室、監査室、健康危機管理室、薬務食品室、地域福祉室、生活保障室、こども家庭室、健康づくり室、医療政策室、長寿社会室、障害福祉室


環境森林部

環境森林総務室、環境経営室、環境活動室、組織運営室、資源循環室、ごみゼロ推進室、廃棄物対策室、廃棄物監視・指導室、地球温暖化対策室、水質改善室、森林振興室、森林保全室、林業経営室、自然環境室


農水商工部

農水商工総務室、企画室、財務経理室、食の安全・安心室、団体検査室、団体支援室、金融室、産業支援室、企業立地室、産業集積室、担い手室、農地調整室、農業基盤室、水産基盤室、マーケティング室、農水産物安全室、農畜産室、水産室、観光・交流室、観光活性化プロジェクト、農山漁村室


地域振興部

地域振興総務室、東紀州活性化・地域特定プロジェクト、市町村行政室、市町村合併室、地方分権室、交通室、資源活用室、情報企画室、電子業務推進室、情報基盤室、志摩サイバーベースプロジェクト


県土整備部

県土整備総務室、財務調整室、公共事業運営室、公共事業情報化プロジェクト、建設業室、公共用地室、住民参画室、保全・災害室、高速道・道路企画室、道路整備室、河川室、砂防室、港湾・海岸室、都市基盤室、下水道室、建築開発室、住宅室



出納長

出納局

出納総務室、会計支援室




県議会

議会事務局、総務課、議事課、政務調査課


企業庁

企画総務室、経営管理室、都市用水室、電気事業室、特定事業室


病院事業庁

県立病院経営室


行政委員会

教育委員会

教育総務室、予算経理室、教育改革室、市町村合併教育プロジェクト、防災教育プロジェクト、人材政策室、福利・給与室、学校施設室、高校教育室、小中学校教育室、生徒指導・健康教育室、人権・同和教育室、人権・同和教育センター、生涯学習室、スポーツ振興室、文化財保護室、研修企画室、研修指導室、研修支援室


人事管理委員会

事務局


監査委員

事務局


監査委員

事務局


海区漁業調整委員会

事務局


内水面漁場管理委員会

事務局


公安委員会

警察本部


選挙管理委員会

地方労働委員会

収用委員会

2010年（平成22年）[14]

知事

副知事

政策部

政策総務室、知事室、広聴広報室、企画室、交通政策室、土地・資源室、市町行財政室、地域づくり支援室、情報政策室、電子業務推進室、統計室、「美し国おこし・三重」推進室

県民センター、東京事務所

東紀州対策室

東紀州対策室、東紀州振興プロジェクト



総務部

経営総務室、法務・文書室、人材政策室、福利厚生室、総務事務室、予算調整室、税務政策室、管財室