圓朝による新作落語には名作佳作とされる作品も多く、多数が現代まで継承されている。特に『死神』は尺が短いこともあって、多くの演者が演じている。圓朝は江戸時代以来の落語を大成したとされ、彼の作による落語は「古典落語」の代表とされる（現在では大正以降の作品が「新作落語」に分類される）。

人情噺では、『粟田口霑笛竹』や『敵討札所の霊験』、『芝浜（異説あり）』、怪談では、『牡丹燈籠』『真景累ヶ淵』『怪談乳房榎』などを創作した。また海外文学作品の翻案には『死神』『名人長二（発表：1887年。原作：モーパッサン「親殺し」）』『錦の舞衣(発表：1891年。原作：ヴィクトリアン・サルドゥ「トスカ」。後にプッチーニにより1900年にオペラ化される『トスカ』の原作）』がある。奇談としては『鰍沢』(三題話)などもあり、非常にレパートリーが広い。
刊行著作

『圓朝全集』全13巻 （鈴木行三校訂、春陽堂刊、復刻版世界文庫、1963年）

『三遊亭円朝全集』全7巻・別巻1 （角川書店、1975年-1976年）

『円朝全集』全13巻・別巻2 （岩波書店、2012年-2016年）

『三遊亭圓朝集』 興津要編 <明治文学全集10>（筑摩書房、1965年、新装復刊2013年）
怪談牡丹燈籠、圓朝叢談鹽原多助一代記、英國孝子之傳、眞景累ヶ淵、名人長二を収む。

『三遊亭円朝』<明治の文学 第3巻>（坪内祐三・森まゆみ編、筑摩書房、2001年）
業平文治漂流奇談（抄）、闇夜の梅、真景累ヶ淵（抄）、梅若七兵衛、文七元結、指物師名人長二、落語及一席物、小咄、和洋小噺、三題噺 を収む。

『円朝怪談集 怪談牡丹灯籠　怪談乳房榎』（筑摩叢書、1967年、復刊1985年／ちくま文庫、1998年） 安藤鶴夫解説

『怪談牡丹灯籠』（岩波文庫、1955年、改版2002年、奥野信太郎解説、横山泰子・新版校注）

『真景累ヶ淵』（岩波文庫、1956年、改版2007年、久保田万太郎解説）

『塩原多助一代記』（岩波文庫、1957年、復刊2015年ほか、正岡容解説）

『真景累ヶ淵』 中公クラシックス、2007年。小池章太郎・藤井宗哲校注

『真景累ヶ淵』 角川ソフィア文庫、2018年。小松和彦解説

『怪談牡丹燈籠・怪談乳房榎』 角川ソフィア文庫、2018年。堤邦彦解説

『三遊亭円朝探偵小説選』 <論創ミステリ叢書> 論創社、2009年

圓朝落語の歌舞伎化

外題不詳：明治12年（1879年）4月。東京・春木座。内容は「業平文治もの」。円朝ものの劇化作品の嚆矢とされる。評判は不詳。

『粟田口霑一節裁』：明治22年（1889念）11月。東京・春木座。

『塩原多助一代記』：明治25年（1892年）1月。東京・歌舞伎座。五代目 尾上菊五郎の主演で、宣伝の効果もあり大評判となり、『塩原多助』が修身国定教科書に登場するきっかけとなった。実在の人物は「塩原太助」であるが、修身教科書で「塩原多助」となっているのは円朝作品の影響の証左とされる。

『怪異談牡丹燈籠』：明治25年（1892年）7月。東京・歌舞伎座。同じく五代目 菊五郎の主演で、これも奇抜な宣伝が奏功し大当たりとなり、「夏は怪談物」ということのきっかけとなった。
昭和20年（1945年）以降で見ると、『文七元結』と『芝浜』を別にすれば（この2作品は円朝の代表的作品とは言えないようだから）、演じられるのは『真景累ヶ淵』『牡丹燈籠』『怪談乳房榎』のみと言ってよい。しかも前2作品は特定の場面のみである[7]。
弟子
四天王

初代三遊亭圓馬

三代目三遊亭圓生 - 四代目桂文治一門から移籍

四代目三遊亭圓生

二代目三遊亭圓橘 - 初代三遊亭圓馬一門から移籍

弟子

五代目司馬龍生

初代橘家圓之助

五代目朝寝坊むらく - 二代目三遊亭圓生一門から移籍

二代目立花屋圓蔵

初代三遊亭新朝

二代目五明楼玉輔

三遊亭ぽん太

三代目橘家圓太郎（二代目桂文楽一門より移籍）