なお、前身のひとつである東京三菱銀行は公的資金の返還を早期に完了させるなど、旧4大メガバンクの中では財務の健全性が強い銀行であった。不良債権処理の遅れたUFJ銀行を統合した事により、公的資金注入行に再転落したが、2006年6月9日にはその返済も完了させている。これを受け、1998年から自粛していた政治献金も、銀行業界の先陣を切って再開する方向で調整に入っていたが、不良債権処理を完了させてその間法人税を免除されたのにもかかわらず[8]、政治献金を再開することは国民感情を逆撫でするという批判を受けて見送りとなる。

2007年1月、カブドットコム証券が同行を所属業者とする銀行代理店業務を行うこととなり、「三菱東京UFJ銀行カブドットコム支店」（旧東京三菱店扱い）が開設された[広報 3]。2008年には同行が設立関与したインターネット専業銀行であるじぶん銀行（現：auじぶん銀行）を所属業者とする銀行代理店業務を締結し、当行窓口や店舗設置のメールオーダーで同行の普通預金新規口座開設の媒介を行っている。

2005年12月31日までの「三菱東京」は三菱東京フィナンシャル・グループ（MTFG）を指し、2006年1月1日以降の「三菱東京」は三菱UFJフィナンシャル・グループ（MUFG）傘下の三菱東京UFJ銀行を指すため誤表記を招く要因となっている。合併後の金融機関名称が長く、愛称で呼ばれることも多くなっている。合併前の地盤を引き継ぎ、関東周辺や銀行業界では「三菱」と呼ばれることが多いが、もともとUFJ銀行の前身である三和銀行・東海銀行の地盤だった関西地方や東海地方では「UFJ」と呼ばれることが多い。

旧三菱銀行の流れを汲むことから、三菱金曜会[9] および三菱広報委員会[10] に所属している[11][12]。また、三菱商事、三菱重工業とともに三菱グループ（旧三菱財閥）の「御三家」と呼ばれる[13]。また、前身行の一つである旧三和銀行の流れから三和グループの企業で構成される三水会やみどり会にも加盟している[広報 4]。
沿革統合前の沿革については、三菱銀行、東京銀行、東京三菱銀行、三和銀行、東海銀行、UFJ銀行を参照三菱UFJ銀行の沿革

2005年（平成17年）10月 - 三菱東京フィナンシャル・グループ（MTFG）がUFJホールディングス（UFJHD）を事実上の救済合併。株式会社三菱UFJフィナンシャル・グループ（MUFG）が誕生。東京三菱銀行とUFJ銀行はその傘下会社となる。
三菱東京UFJ銀行 明石支店に設置されている看板（2006年から2015年に設置されたもの）

2006年（平成18年）

1月 - 三菱UFJフィナンシャルグループ（MUFG）傘下の東京三菱銀行がUFJ銀行を合併し、株式会社三菱東京UFJ銀行に商号変更。

4月 - スーパーICカードからクレジットカード機能を独立させた「ICクレジットカード」の発行を開始。

5月22日 - 個人預金者が自動化手段で行う同行および三菱UFJ信託銀行本支店宛振込（先述）の手数料を無料化。

5月25日 - KDDIと折半出資でネットバンク設立準備会社のモバイルネットバンク設立調査株式会社（現：auじぶん銀行）を設立。


2007年（平成19年）

3月19日 - 同行キャッシュカードにおけるコンビニATM（イーネット、セブン銀行、ローソンATM）利用手数料の引き下げを実施し、平日8時45分から17時59分までは利用手数料無料となる。

11月5日 - アコムに信用保証業務を委託した個人向けカードローン「バンクイック」取扱開始。