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日本の人口・企業活動・大学などの教育機関は三大都市圏に集中している。三大都市圏の中でも、1970年以降、東京圏への集中が最も著しい。国内の銀行貸出残高の50%は東京圏に集中し、国内の外国法人数の91.1%が東京圏に集中、資本金10億円以上の企業の本社数は56.5%が東京圏といった統計が出ている。かつては経済の中心として東京を凌駕していた大阪圏は、昭和初期の戦時集中統制以降大手企業の相次ぐ東京移転が続き、さらに戦後はいわゆる工場三法による悪影響[注 1]や、中部圏開発整備法による製造業の中部圏への流出、さらには1980年代後半以降の外国為替相場における円高に伴う工場の海外移転などによって東京圏との格差が広がりつつある。ただし、近年工場三法は工場立地法を除いて廃止され、さらには外国為替相場も円安傾向になってきたことから、大阪圏では相次いで大規模工場の建設が始まるなど復調の兆しを見せている。

こうした、人口や企業の三大都市圏への過度の集中（過密化）によって、さまざまな都市問題が起こっている。通勤ラッシュ、交通渋滞、政治的統制の飽和、ヒートアイランド現象などである。一方、地方では過疎化が進み、人口（特に生産年齢人口）は減少して労働者不足が深刻化し、高齢者の割合が増加、経済も縮小している。

大都市への人口・経済活動の集中は、問題を多く抱える一方で、経済活動の効率化につながるメリットもある。企業が狭い範囲に集中することにより、輸送費や通信費が少なくて済み、企業間の取引が低コストになることなどである。しかしながら、過度の集中は鉄道や道路などのインフラ整備に莫大な投資が必要であり、財政を圧迫する原因となる。また、ITの発達により、輸送費や通信費の集中によるメリットは20世紀の頃よりも減っている。

文化面でも、三大都市圏には出版・放送などのマスコミ各社や、商業施設・イベント施設が多く集中し、また著名人も多い。このため、流行や新語も三大都市圏から発生することが多い。

旅客鉄道会社であるJR東海は三大都市圏全てに路線があり、在来線でも関東地方と近畿地方に自社管轄の駅がある。
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