音楽てんかん、トランペット恐怖症のどちらかが疑われるが、幼いころにサイレンや航空機などの大きな音を出すものを嫌う子どもは珍しくない。モーツァルトの文献を探しても、既往症であるてんかんの疑惑に対する言及や暗示は見つかっていないため、彼には持続的な恐怖心があり、それが恐怖症へ発展したと考えるのが妥当である。

姉・ナンネル（マリア・アンナ）がウォルフガングのことをよく知っていた人から回想文を集めて出版された本には、次のような証言がある。
彼は最も複雑な音楽の中でさえ最小の不協和音を指摘し、ただちにどの楽器がしくじったかとか、どんなキーで演奏すべきだったかというようなことまで口にした。演奏中の彼は最小の夾雑音にさえいらだった。要するに音楽が続く限りは彼は音楽そのものであり、音楽が止むとすぐに元の子どもに戻るのだった。[35]

1763年5月19日付の「アウクスブルガー・インテリゲンツ・ツェッテル」紙にも、ウォルフガングについての記事が載せられている。
…私は同じく、ある時は鍵盤の低音で、またあるときは高音で、そして可能なすべての楽器で演奏される音を別の部屋で聞かされて、たちどころに演奏された音符名を伝える彼を見聞きした。その通り、彼は鐘や大時計の音を聞き、懐中時計の音さえ聞きながら、聞き取った音をただちに口にすることができたのである…[35]

こういった彼の異常な感覚能力についての話はほかにも数多く伝えられており、たとえばデインズ・バリントンというイギリスの法律家は「あるロンドン王立協会への手紙」にて、モーツァルトが大バッハの未完のフーガの主題と展開を完全に記憶しており、いかに即座に再現し弾き終えたかを語っている。#巡業と音楽教育の項で触れた、システィーナ礼拝堂での一件はモーツァルトの逸話として非常に有名であるが、それと併せてこういった証言の数々は彼の才能を示すひとつの証左となっている。

協奏曲などを手掛けていたにもかかわらず、フルートを嫌っていた[36]。ドゥジャンという資産家から200フローリンで「小さくて軽く短い協奏曲を3曲と四重奏曲を何曲か、フルートのために作って」くれるように注文を受けたが、結局出来上がったのは協奏曲2曲（しかも1曲は旧作のオーボエ協奏曲からの編曲）と3曲のフルート四重奏曲のみであった。これにドゥジャンが怒り、報酬は半分以下の96フローリンしか支払われなかった。この仕事中、モーツァルトは父レオポルドに宛てた手紙で「我慢できない楽器のために、作曲を続けるのはうんざり」と書いている。モーツァルトがフルートを嫌っていた理由としては、当時のフルートはまだテオバルト・ベームによる改良以前で楽器としての性能が低かったため、とする説が有力である。

モーツァルトを扱った作品

モーツァルトとサリエリ - 1830年、プーシキンの戯曲。

1897年、リムスキー＝コルサコフがオペラ化（『モーツァルトとサリエリ (オペラ)』）。


哀しみのシンフォニー - シルヴィ・ヴァルタンの1972年のシングル曲（事実上のフレンチ・ポップス）。交響曲第40番の第一楽章の有名なメロディにイタリア語の歌詞を乗せて歌唱。