後に自伝でヴィットーリオ・エマヌエーレ3世は、内戦の危機を避けるにはファシスト党を用いるより仕方無かったと釈明したが、実際にはサランドラ元首相やアルマンド・ディアズ元帥ら軍・政府の保守派からの助言に基づいて、積極的にファシスト党の政策を後押ししていたと言われている。動機や状況がどうであれ、国王の行動はイタリアの民主制を決定的に否定する結末を生んだ。政治的指導の成否以前に、民主主義を冒涜したと後世で批判される所以でもある。一方で、ファシスト党は王が望んだように政治的安定と革命勢力の退潮をもたらしたのも事実である。無政府主義・共産主義革命が導く恐ろしい末路は、既にロシア革命と第一次世界大戦で示されていた。貴族や資本家にとって支援にたる政治的成果を挙げられる存在は、ファシスト政権のみであったのである。

1929年、ムッソリーニは国王代理としてラテラノ条約に署名した。これにより、教皇庁とサヴォイア家との長年の対立に終止符が打たれた。
第二次世界大戦

1938年3月30日、イタリア議会はムッソリーニとヴィットーリオ・エマヌエーレ3世の双方に第一元帥の称号を授与した。これは形式上、軍の最高指揮権を意味した。国王の後ろ盾で軍を指導下に置いたムッソリーニは、経済政策の破綻もあって侵略戦争に突き進み、アルバニア・エチオピアを併合した。両国の王位・帝位（アルバニア王、エチオピア皇帝）はヴィットーリオ・エマヌエーレ3世に委ねられ、それぞれの戴冠式が執り行われた。国王でありながら皇帝という地位は、イギリス王がインド皇帝を兼位していた事例を除けば珍しかった。華やかな称号の反面、ファシスト党の侵略政策がイタリア王家に支持されているという側面が強く打ち出された。人種法などナチスと同じく人種主義が政策に反映されても、国王のファシスト政権への支持は変わらなかった。

ムッソリーニの侵略政策は、第二次世界大戦にいまだ軍備が整わない状況下で参戦するという最悪の選択肢に至った。無策な戦争指導の結果としてリビアや東アフリカを失い、遂にはシチリア島にまで連合軍が迫る状態に追い込まれた。日に日に悪化する戦局にファシスト政権はもちろん、国王に対する反感も高まっていった。民衆の間では「質素な珈琲は香り高かった。しかし皇帝になって香りは薄れ、アルバニアを欲した時には香りは消えた」と国王を揶揄する歌が流行した。1943年、首都ローマへの爆撃が開始された。
クーデターと引退「イタリアの降伏」も参照

1943年7月24日、ディーノ・グランディ伯爵がムッソリーニの解任決議を提出すると、王国大評議会（国会）は圧倒的多数でこれを可決した。謁見に訪れたムッソリーニにヴィットーリオ・エマヌエーレ3世は冷淡な態度で接し、クーデター派による彼の解任と軟禁を後押しした。また新たな首相にバドリオ元帥を指名すると共に、アルバニア王とエチオピア皇帝の地位からの退位を宣言した。

とはいえ依然として国王とバドリオは戦争継続の意思は残し、前線で戦闘を続けさせながら水面下で連合国と休戦交渉に入った。しかし、1943年9月8日に双方の手違いから、アメリカ政府は一方的にイタリアが無条件降伏したと宣言、同時に国王は南部のブリンディシに国民を見捨てて逃亡してしまったため、軍の指揮系統は完全に麻痺してしまった。兵士は連合軍やドイツ軍に武装解除されるか、義勇兵として自主的に戦争を継続する道をそれぞれ選んだ。

ヴィットーリオ・エマヌエーレ3世が国民を見捨ててブリンディシに逃走したことは、戦後の反王党派運動を決定付けたが、止むを得ない行為だったとする意見も少なくない。事実、ドイツはムッソリーニがクーデターで失脚した直後から、国王の軟禁とムッソリーニの復権を検討していた。

南イタリアでヴィットーリオ・エマヌエーレ3世は、バドリオ元帥を首班に王国亡命政府を設立した。同国は9月12日にオーク作戦で救出されたムッソリーニの元、北部に成立したイタリア社会共和国と激しい戦いを繰り広げた。内戦の最中、全ての原因が自らの政治指導の結果にあると理解していたヴィットーリオ・エマヌエーレ3世は、政務を息子のウンベルト王太子に委ねて隠棲した。1944年6月4日のローマ解放をもって正式にウンベルトは摂政として実権を掌握した。

アレクサンドリア港攻撃における戦功によって、捕虜になったルイージ・ドゥランド・デ・ラ・ペンネは少佐へ昇進するとともに、ヴィットーリオ・エマヌエーレ3世から軍事上の勇敢さに対して授与されるイタリア最高の軍事勲章である武勇黄金勲章（イタリア語版）を授与された。大戦末期の1945年3月にターラントで授与式が行われたが、その際デ・ラ・ペンネに武勇黄金勲章を渡したのは、ウンベルト王太子の招待により出席した元「ヴァリアント」艦長モーガン中将であった[2]。
退位後の余生

悲惨な大戦の後、戦後政権は国民に王政の是非を問う国民投票を開始した。選挙中の1946年5月9日、ヴィットーリオ・エマヌエーレ3世は正式に退位し、ウンベルト王太子が第4代イタリア王ウンベルト2世として即位した。ファシスト政権を支援した過去の清算を意図した行為であったが、王政廃止の潮流を止めるに至らなかった。

6月2日に行われた国民投票の結果、賛成54%・反対46%で王政廃止が決定され、6月13日にウンベルト2世は退位、サヴォイア朝イタリア王国は崩壊した。国民投票はかなりの僅差であり、票操作の疑いがあるとして王党派から投票結果に異議を申し立てられたりしたが、結局国王一族は政府によって強制的に国外へ追放された。サヴォイア家はエジプト王国に亡命した。

結果的に祖父の王国を滅亡へと導いてしまったヴィットーリオ・エマヌエーレ3世は、1947年12月28日、失意の中アレクサンドリアで病没した。遺骸は同地の聖カタリナ大聖堂（イタリア語版、アラビア語版、英語版）に葬られた。
死後

2017年12月17日、ヴィットーリオ・エマヌエーレ3世の遺骸はアレクサンドリアからトリノ近郊のヴィコフォルテ教会に移すためにイタリア空軍の軍用機で正式に送還され、2日早くフランスのモンペリエから移送されていた王妃エレナの側に改葬された[3]。
家族1915年の国王一家

父：ウンベルト1世 - 第2代イタリア王

母：マルゲリータ - ジェノヴァ公女

妻：イェレナ - モンテネグロ王女

長女：ヨランダ・マルゲリータ（1901年 - 1986年） - ジョルジョ・カルロ・カルヴィ・ディ・ベールゴロ伯爵夫人

次女：マファルダ（1902年 - 1944年） - ヘッセン＝カッセル方伯フィリップ夫人

長男：ウンベルト2世（1904年 - 1983年） - 第4代イタリア王

三女：ジョヴァンナ（1907年 - 2000年） - ブルガリア王ボリス3世妃

四女：マリーア・フランチェスカ（1914年 - 2001年） - パルマ公子ルイジ夫人


称号
騎士団

団長

聖ラザロ・モーリス騎士団総長（聖ラザロ騎士団、聖モーリス騎士団の後身）

聖アンヌンツィアータ（聖なる受胎告知）騎士団総長

サヴォイア民衆騎士団総長

サヴォイア老兵騎士団総長

イタリア王立騎士団総長

イタリア植民者騎士団総長

ローマ騎士団総長

スカンデルベグ騎士団総長（アルバニア国王時代）

ベサ騎士団総長（アルバニア国王時代）


団員

金羊毛騎士団団員

マルタ騎士団団員

ガーター騎士団団員

聖ペーター騎士団団員（モンテネグロ）

黒鷹騎士団団員（プロシア）

白鷹騎士団団員（ポーランド）

聖キリル・聖メトディウス騎士団団員


騎士団勲章

マルタ騎士団勲章

ラーチュプレーシス騎士団勲章（ラトビア）

塔と剣の騎士団勲章 (ポルトガル)

勲章

ポーランド名誉国防勲章

グエッラ・メリト十字勲章

マウリッツ・メダル