本作品は、近年のアニメ製作に多い製作委員会方式ではなく、スタジオカラーが資金を直接調達する自社製作を行っている。また配給はこれまで劇場版を配給していた東映のような大手映画会社ではなく、海外映画を中心に取り扱う独立系のクロックワークスに、宣伝もテレビシリーズに関与していたADKのような大手広告代理店ではなく、インデックス傘下のメディア・スーツ（公開前の2007年2月1日に同じインデックス傘下の日活に吸収合併[25]）と、小規模な会社と組んだ上でこれも自社で行っている。このため、作品の知名度に比べると公開前の宣伝は小規模であり、公開館も封切り段階では85[26]に留まった。しかし、前売り券の売れ行きなどから、公開前に東京・新宿でのメイン上映館が224席のミニシアター「シネマスクウェアとうきゅう」から、日本最大級である1024席のロードショー館「新宿ミラノ1」に変更されている[27]。

公開前日の2007年8月31日にお台場映画王で本映画の先行上映会が行われた。

公開日の2007年9月1日は、新宿ミラノ1をはじめとして最終上映まで満席となる映画館も多く、公開後2日間の週末興行で観客動員数23万6158人、興行収入2億8000万円を記録し、初登場1位となった。この公開規模の映画が週間興行収入成績で1位を獲得するのは本作品が初で[28]、最終的には公開105館で観客動員150万人、興行収入20.0億円をあげ[29]、パンフレットも25万部の売上を記録した[30]。これは2007年に公開された邦画中、15位の興行成績にあたる[29]。
前売券
第一弾前売券
「新ネルフマーク」ストラップ付き前売り鑑賞券。2007年4月28日より全国の公開劇場窓口で販売された[31][32]。
第二弾前売券
「EVA初号機」3Dカードチケット前売り鑑賞券。6月9日より全国の公開劇場窓口で販売された[33]。
第三弾前売券
「綾波レイ」イラストチケット前売り鑑賞券。「綾波レイマウスパッド」付き。7月7日より全国の公開劇場窓口で販売された[34]。
アニメイト限定前売券
クリアファイルセット付き前売り鑑賞券。6月15日より全国アニメイト各店舗で販売された[35]。トートバッグ付き前売り鑑賞券。7月12日より全国アニメイト各店舗で販売された[36]。
ローソン限定前売券
「ぷちえう゛ぁ 綾波レイ」フィギュア付き前売り鑑賞券。7月1日よりローソンホームページで販売された[37]。「ぷちえう゛ぁ ペンペン」ストラップ付き前売り鑑賞券。7月1日よりローソンホームページで販売された[37]。
通常前売券
6月9日より全国の公開劇場窓口にて販売された[38]。
その他

映画公開前にはピザハット[39]、UCC上島珈琲[40]、ジャパンフリトレー[41]において公開記念キャンペーンが展開された。また劇中にもプロダクトプレイスメントの一環として同製品が描かれている。この他に、プロダクトプレイスメント契約の有無は不明ながら、ミサトが愛飲するビールとしてヱビスビールとキリン・クラシックラガー、日本酒として「獺祭」が登場している。

シンジのネルフIDカードの番号には、スタートレックシリーズに登場する航宙艦エンタープライズ号の登録番号「NCC-1701」が使われている。

ミサトの部屋に安野モヨコの漫画・『働きマン』に登場する雑誌「週刊JIDAI」が置かれている。

日本国内でのリリース
DVD・BD

『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序 EVANGELION:1.01 YOU ARE (NOT) ALONE.』特装版DVD - 2008年4月25日