テレビシリーズの原画、動画やタイムシートを素材として再利用しているものの[6]、絵は全て新たに描き直され、そのままの絵は1枚たりとも使っていない[7]。また全編にわたってデジタル撮影や3DCGが使われて、映像の再構築が行われている。エヴァや使徒の形態、渚カヲルの早い段階での登場や、登場人物の立場や性格の描写など、設定や演出の変更もみられる。エンドクレジットの後には、テレビシリーズ予告パートを模した次作『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破』の予告編が上映されている。

庵野らスタッフは作品の舞台となる箱根で空撮ロケハンを行っている。また、ダムや変電所でもロケを行った[8]。パンフレットにはその時撮影された写真が使われている。
スタッフ

総監督・原作・脚本・音響監督：庵野秀明

監督：摩砂雪（Aパート）、鶴巻和哉（Bパート）

主・キャラクターデザイン：貞本義行

主・メカニックデザイン：山下いくと

新作画コンテ：樋口真嗣（ヤシマ作戦の兵器・使徒部分）、京田知己（ヤシマ作戦の人間描写部分等）

画コンテ：鶴巻和哉、庵野秀明

総作画監督：鈴木俊二

作画監督：松原秀典、黄瀬和哉（プロダクションI.G）、奥田淳、もりやまゆうじ、貞本義行

作画監督補佐：大塚八愛、田代雅子、高山朋浩

メカニック作画監督：本田雄

特技監督：増尾昭一

演出：原口浩（動画工房）

デザインワークス：高倉武史（機器類全般）、okama（レベルEEE・リリス）、渡部隆（第6の使徒）、海老川兼武、佐藤道明、鷲尾直広、石垣純哉、柳瀬敬之、黄瀬和哉、小松田大全、小林浩康、松原秀典、本田雄、庵野秀明、あさりよしとお、きお誠児、出渕裕（新SEELEマーク）

原画：橋本敬史、合田浩章、高山朋造、田中達也、高倉武史、朝来昭子、佐々木敦子、杉浦幸次、池島麻智、内田シンヤ、大塚健、狩野正志、菅沼栄治、高橋英樹、竹内志保、田代雅子、寺岡巌、村木靖、阿部邦宏、阿部美佐緒、猪狩崇、大梶博之、熊善貴志、小森秀人、佐々かなこ、田中誠輝、津熊建徳、仲盛文、中西麻実子、野崎温子、松田宗一郎、もりやまゆうじ、吉成鋼、板垣敦、猪俣雅美、上村雅晴、奥村幸子、小磯沙矢香、小松田大全、コヤマシゲト、澤良輔、すしお、長野伸明、成田耳助、濃尾、服部聰志、向田隆、CHOI BYUNG-HEE、 KIM CHAN-HEE、KIM JUNG-CHUL、LEE BOO-HEE (以上4名 GK Entertainment)、庵野秀明、鶴巻和哉、摩砂雪、増尾昭一、鈴木俊二、松原秀典、黄瀬和哉、奥田淳、本田雄、貞本義行

原画・動画協力：プロダクションリード、XEBEC、GoHands、GAINAX、feel.、スタジオたくらんけ、タツノコプロ

美術監督：加藤浩（ととにゃん）、串田達也（美峰）

色彩設計：菊地和子（Wish）

撮影監督：福士享（T2スタジオ）

CGI監督：鬼塚大輔・小林浩康（スタジオカラーデジタル部）

編集：奥田浩史

効果：野口透（アニメサウンド）

音楽：鷺巣詩郎

音響制作：楽音舎

総監督助手：轟木一騎

原作協力：GAINAX

脚本協力：薩川昭夫、榎戸洋司、吉川良太郎、櫻井圭記

演出協力：静野孔文

原画協力：平松禎史

アニメーション制作：スタジオカラー

協力：日本テレビ、ローソン、UCC上島珈琲株式会社、ジャパンフリトレー株式会社、ピザハット 他

配給：クロックワークス、株式会社カラー