DVD化においては、総監督の庵野によってDVDとして鑑賞する上で最適化した映像・音声の微調整が加えられており、『EVANGELION:1.01』とバージョンが変更されているが、ストーリーや設定での追加変更はない。また特装版には解説テロップ付きバージョン『Explanation of EVANGELION:1.01』とヤシマ作戦場面BGM『Angel of Doom』PVを収めた特典ディスク、解説ブックレットと劇場上映生フィルムコマが封入されており、一部の生フィルムがネットオークションで高値で取引されて話題となった[42][43][44]。『1.01』の特装版DVDはオリコン調べで発売第1週で21.9万枚を売り上げ[45][46]、オリコン2008年年間総合DVDランキングでは29.7万枚で3位となった[47]。

『破』の公式サイトによる発表では国内DVDセールスは60万枚以上[48]で、ジーエフケーマーケティングサービスジャパン（GfKジャパン）による調査において、2008年に販売されたDVDソフトの最高販売枚数を記録した[49]。

2009年、続編『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破』の公開日発表と同時に、新作カットを含むデジタルマスター版『EVANGELION:1.11』の発売が発表された[50]。こちらはBDとDVDの両メディアで発売され、BDはソニーが開発した映像用階調補完技術「Super Bit Mapping for Video（SBMV）」の採用事例第一弾ソフトとなる[51]。『1.11』では新作カットが追加されたことで、本編時間も101分（『1.0』『1.01』は98分）に増えており、映像特典として『1.01』の特装版に加え『破』の特報が収められている[52]。

『1.11』のBDはオリコン調べで発売第1週で4.9万枚を売り上げ、それまでBDの国内最多セールスであった『ダークナイト』の初週2.9万枚という記録を塗り替えたほか[53]、3週目には合計6.3万枚を販売しこちらも『ダークナイト』の5.6万枚の記録を塗り替えて国内史上最高を記録した[54]。