電池の種類によって厚さが違うのは、本機は比較的薄型に設計されており、単3電池使用時は背面に飛び出す形の電池カバーを装着するためである。

電池の持ちのよさは本機の大きな特長で、競合他機種と異なり単3電池を1本しか使用しないにもかかわらず、それらをしのぐ使用時間の長さを誇っている（これは当初の設計思想でバッテリーの持ちを優先させたためで、その結果モノクロ液晶の採用となった）[2]。

STN液晶は画面が暗く残像が激しいという欠点があったため、この欠点を省みてスワンクリスタルが開発されることとなった[2]。
カラーバリエーション

型番はSW-001。

オリジナルカラー

シルバーメタリック（1999年3月4日-）

ブルーメタリック（1999年3月4日-）

パールホワイト（1999年3月4日-）

スケルトンピンク（1999年3月4日-）

スケルトンブルー（1999年3月4日-）

スケルトングリーン（1999年3月4日-）

スケルトンブラック（1999年3月4日-）


サマーバージョン：ツートンカラー。累計販売台数100万台突破を記念して発売された。[8]

ソーダブルー（1999年7月22日-）

フローズンミント（1999年7月22日-）

シャーベットメロン（1999年7月22日-）


同梱版限定カラー

デジモンオレンジ

デジモンブルー

たれぱんだホワイト

チョコボイエロー

MSVS連邦軍カラー （スカイブルー）

MSVSジオン軍カラー （オリーブ）


その他

コロコロコミックプレゼント用 迷彩カラー

ジャスコ限定販売 パープル

イベントプレゼント用 ゴールド



ソーダブルー

周辺機器
バンダイ発売

ワンダーウェーブ
ワンダーウェーブワンダーウェーブとPocketStation赤外線通信アダプタ。プレイステーションにとりつけたPocketStationとの通信も可能（両機種版の『デジモン』でデータの連携が可能、など）。
ワンダーボーグ
完全自律型昆虫ロボット。対応ソフト（ROBOT WORKS）内蔵の赤外線LEDを通じ制御する。各種センサー等による行動パターンをプログラミングすることができた）[9]。なおPC版が内田洋行から出ている。
ワンダーウィッチ
C言語による開発環境。CD-ROM、開発説明書、ケーブル、専用カートリッジのセット。
モバイルワンダーゲート
NTTドコモの携帯電話と接続するモデムケーブルとmopera接続用カセットで構成されている。付属のカートリッジにブラウザ、メーラー、ミニゲームダウンロードツール（配信されたミニゲームは15パズルのみ）が収録されている。他の対応ソフトでは追加データをダウンロードしたり、全国ランキングに登録できた）ダウンロードしたミニゲームはカセット(32KB)に保存される。ダウンロードする際には通信料がかかる。[10][11][12]。(メールの送信は約1000文字、受信は約4000文字まで可能、受信メールは128件(32KB)までの保存。アドレス帳として最大20件までの登録が可能) moperaPOPメールは月額500円(税別)[10]。
サミー発売

通信ケーブル
対戦用。
専用充電式電池、充電器
単三電池ケースの代わりに使用することで、裏面をフラットな状態にできる。
ヘッドホンアダプタ
ステレオサウンド対応。旧型と新型がある。旧型はケーブル（ドングル）状で、しかも本体横置き時に前方に伸びる格好になるため、取り回しがしづらかった。新型は改善されてコンパクトになっている。
ワンダーコイン
コイン状のプラスチックの板。X/Yボタン群に貼り付けることで操作性の向上を図ったものだが、中央の支点が存在しないため、十字キーのような使用感は得られない。格闘ゲーム『GUILTY GEAR PETIT』には標準添付されている。一部純正オプションはサミーより発売されていた。
KARAT（カラット）発売

WS用　ACアダプタセット（WSカラー対応）

従来のものと異なり透明、白ではなく透明な青色の単三電池ケースの形をしている。専用ACアダプタが接続可能でアダプタを使用することにより電池が入ってなくてもプレイが可能。電池を入れて普通のケースと同様に使うこともできる[13]。
ソフトウェア詳細は「ワンダースワンのゲームタイトル一覧」を参照

ローンチタイトルは『GUNPEY』、『チョコボの不思議なダンジョン』、『電車でGO!』、『新日本プロレスリング闘魂烈伝』の4タイトル[注釈 2]。他の主なタイトルとして『風のクロノア ムーンライトミュージアム』、『カードキャプターさくら さくらとふしぎなクロウカード』、『はたらくチョコボ』（ワンダースワンカラーと兼用）、『デジモン（ワンダースワン版）』などがある。