1939年、ポーランド分割によりナチス・ドイツの支配下に入ると、ナチスはポーランド国内の全ての高等教育機関の閉鎖を命じ、ワルシャワ大学の研究設備はドイツの大学に分配され、大学施設はドイツ軍の兵舎として接収された。この閉鎖はポーランド人に高等教育は不要であるというナチスの差別思想に基づくものである。大学を閉鎖するだけに止まらず、ナチス軍政はポーランド国内における高等教育そのものを禁止し、これに反する者は死刑に処せられた。このような厳しい規制の下でも元教授らの多くはTajny Uniwersytet Warszawski(ワルシャワ秘密大学)と呼ばれる地下組織を結成し死の危険を覚悟でアパートの一室などに少人数で集まり講義を行った。この地下組織は急速に広がり秘密大学における講義は300講座、学生数は3500人にものぼった。学生の多くは国内軍等の組織の一員としてワルシャワ蜂起に参加した。

大学のキャンパスではワルシャワ蜂起の初日から激しい戦闘が繰り広げられたが、ドイツ軍のワルシャワ駐屯地が大学の付近にあったこともあり大学のキャンパスは機関銃等で重武装されていたため結局大学の敷地は終戦まで奪還できなかった。ワルシャワ蜂起または教育禁止令により63人の教授が犠牲となった。1944年の戦闘で大学施設の60%が損壊し、大学が所蔵していた資料の80%が破壊もしくはドイツへ持ち去られ戻ってくることはなかった。
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