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出典検索?: "ワタリ" 漫画 ? ニュース ・ 書籍 ・ スカラー ・ CiNii ・ J-STAGE ・ NDL ・ dlib.jp ・ ジャパンサーチ ・ TWL（2018年6月）

第一部・第三の忍者

時は天正年間、百地党と藤林党の争いが続く伊賀の里。そこでは下忍たちの命は使い捨ての駒として軽く扱われ、「死の掟」と呼ばれる意図不明な粛清に怯える日々を送っていた。そこへ突如、伊賀の里に現れた謎の忍者、ワタリとじい（四貫目）。彼らは伊賀、甲賀、いずれにも属さない「ワタリ一族」と呼ばれていた。百地党と藤林党の争いの最中、下忍たちは「死の掟」をはじめとする圧政を打倒するために「赤目党」を結成。一旦は首領を倒したが、最終的には壊滅に追い込まれ、さらなる圧政が敷かれることになる。そしてワタリとじいに藤林党首領直属の暗殺部隊「伊賀崎六人衆」が迫る。
第二部・0の忍者

「死の掟」の謎が明らかにされたことで、既存の支配体型が崩壊し、代わりに百地党と藤林党の主だった下忍たちで結成された「赤目党」による統治が始まった。かつての伊賀の支配者であった音羽の城戸は、自身はあくまでも真の支配者の命に従っただけだと弁明するも「百地赤目党」のリーダー石川のオビトは一笑に付し、聞き入れることはなかった。その後伊賀の真の支配者を名乗る「0の忍者」が現れ、人知を超えた忍術により次々に倒される赤目党の忍者たち、そしてワタリと心通わせた少女アテカも0の忍者に殺される。復讐を誓ったワタリはオビト達赤目党と共に0の忍者に戦いを挑むも敗れ、オビトは伊賀の人々の手にかかり、ワタリも0の忍者の脅迫に屈し伊賀を去った。その後、0の忍者を後ろ盾に復権した城戸による伊賀支配がはじまるが、その時、流行病で死んだはずの伊賀の少年カズラが墓より蘇り、ワタリと同じ術を用いて音羽の城戸と0の忍者に相対していく。
第三部・ワタリ一族

天正伊賀の乱、本能寺の変と時代は大きく移り変わっていく中、どこの誰にも仕えない事を理念としていたワタリ一族もまた時代と共に変化を遂げつつあった。そんな中、ワタリとじいはワタリ一族を取り巻く陰謀に巻き込まれていくことになる。
登場人物
ワタリ
ワタリ一族の少年忍者。じいこと四貫目と共に、伊賀の忍を脅かす死の掟の謎を解くために旅を続け、強敵たちと戦う。
じい（四貫目）
ワタリ一族の老忍者。ワタリと共に旅をしている。同作者の複数の作品に同名の同じ姿をした忍者が登場している他、司馬遼太郎の小説にも登場する等、猿飛佐助と同様の架空の忍者の1人。
月影
ワタリやじいが飼っている忍び馬。
第一部
百地党
百地三太夫
百地党頭領。映画では爺に掟の秘密の正体を看破され、「命令された」と口滑らせたため城戸に口を封じられた。
音羽の城戸
百地党大頭。
新堂の小次郎
カズラの旧友、変装の名人で、ワタリの無角投げや道順の血引きを退けるなど凄腕の忍者。ツユキを殺した忍者が百地のものではない事を看破したことで、道順より「死の掟」の抵触したことを告げられ殺される。

四方カタビラ千本打ち
筒に仕込まれた鎖帷子を風呂敷のように広げることで敵の攻撃を防ぐ。
ツユキ
カズラの姉。三太夫の命令で五月雨城に忍び込むも、素性が明かされたことで同じ伊賀物により抹殺される。映画版では伊賀崎六人衆の奇襲を受け、小次郎が消息を絶ち追い詰められた末に自決した。
ドンコ

赤目党

「死の掟」など首領の圧政に対からの解放を目論む下忍たちで構成されたレジスタンス。最終的に城戸や首領によって壊滅するが、花組や土組などが後に赤目党を再興し、ワタリと共闘することになる。
カズラ
下忍養成所の責任者。自身もかつて拉致され、下忍になった経緯がある。ワタリとは当初対立していたが、ほどなく友人となった。小次郎とツユキの死をきっかけに「死の掟」に疑念を持ち、赤目党に参加するも、赤目党内部にスパイがいることを看破し単独で首領を暗殺すべく姿を消す。最終的に自らの命と引き換えに首領を暗殺することに成功し下忍たちや城戸からも称賛されるが、ワタリからは犬死でしかないと云われる。

タンジンの術
タンジン、いわゆる炭の粉を散布し炭塵爆発を起こす術。太陽光を利用した時限式など、非常に応用が利く。また秘密裏に導火線を敷くことで遠距離から爆破することも可能。
黒川のヤマケ

ムクラのナバリ

柘植の百貫

岩城のカブロ

下水のセセラギ

雲組
小頭
映画では三太夫の命令で五月雨城に忍び込むも、伊賀崎六人衆の忍術によって組の忍者たちともども倒されてしまう。
シブタレ

カンネ

カンパチ

藤林党
藤林長門
藤林党頭領。映画ではカズラの命をも賭けた忍術で屋敷ごと吹っ飛ばされた。
楯岡の道順
藤林党大頭。その正体は城戸の変装。
アテカ
藤林長門の娘。初出の時点で変装したワタリと入れ替わっていた。その後も度々ワタリと入れ替わりつつ一方でワタリと心を通わせていた。自分に変装していたワタリと出会っていたところを目撃していた0の忍者にワタリ本人と誤解され、命を奪われる。
伊賀崎六人衆

道順直属の暗殺部隊。当初は赤目党参加者の暗殺を行っていたが、赤目党壊滅後はワタリと四貫目を標的に行動を開始する。
トリコ
虫や蛇などの小動物を操る老忍者。

カカつつみ
対象にフェロモンをつけ、蛾の大群に襲わせる
ハンザキ
ランスと盾を装備した忍者というには不釣り合いな巨漢。見た目によらず狡猾な一面も。

ギバチ
人間刺しの異名を持つ。ありとあらゆるもので人間を突き刺す。
シジマ
浪人風の剣士。敵を傷つけることなく倒す「シジマの術」を使う。

気砲
刀の柄に仕込まれた空気銃。
ツブキ
水中戦を得意とする。水中における身体能力が高いが、河川に様々なトラップを仕掛けるなど多彩な戦術をとる。

ウロコガエシ
背後を付いた相手を岩盤に叩きつける。

昇竜
鋭い棘が付いた浮き。水底に設置し対象の真下から切り放つ。

人食い魚
文字通り人間を食べつくす魚。
ヨサメ
黒装束の忍者。名前に違わず、夜間や暗闇にて威力を発する術を使う。

黒塗りの太刀
光沢や光の反射を排した黒塗りの刀。爆薬が仕込まれており、投擲爆弾としても使われる。

夜の間切り
黒塗りの太刀を用いた斬撃。

乱心法・暗夜の法
対象の周辺に漆黒の煙幕を張り、爆薬が仕込まれた黒塗りの太刀を投擲する。
クグツメ
人形や死体をあたかも生きた人間のように操る。クグツメ本人も女性型の人形の中に潜んでいるが、その容姿は禿でチビ。

浮き人形
四肢の先端に磁石が仕込まれて、周辺の岩の磁力により本当に浮いている。

毒針あらし
猫を模した人形より発射される毒針。この人形は傀儡ではなく、自律的に動くからくり人形。