この結果、『サタニック・マジェスティーズ』はストーンズが自らプロデュースした最初のアルバムとなった。そのサイケデリックなサウンドはカバーアートで補完され、マイケル・クーパー（英語版）による3D写真が貼り付けられた。クーパーは『サージェント・ペパー』のカバー写真も担当していた。ワイマンの「イン・アナザー・ランド」はシングルカットもされたが、これはジャガーがリードを歌わなかった初の曲となった[86]。キース・リチャーズ、1972年

バンドは1968年前半の数ヶ月間、次のアルバムの素材に取り組んだ。このセッションから5月にシングルとして「ジャンピン・ジャック・フラッシュ」が発売された。この曲とアルバム『ベガーズ・バンケット』（イギリス3位；アメリカ5位）は、カントリーミュージックとブルースに影響された曲を網羅し、バンドの音楽的起源への回帰を示した。本作からバンドはプロデューサーのジミー・ミラーを迎えた。本作には「ストリート・ファイティング・マン」（1968年5月の政治的な騒乱に影響を受けた）と「悪魔を憐れむ歌（Sympathy for the Devil）」も収められた[87][88]。「悪魔を憐れむ歌」に対しては、歌詞が神を冒涜しているとして宗教団体からの抗議が起こり、レコードが大量に燃やされるという事件があった。この曲の録音風景は、ジャン＝リュック・ゴダール監督による音楽映画『ワン・プラス・ワン』として記録されている。

『ベガーズ・バンケット』は発売直後から好意的に評価された。ジャガーはこの頃からリズムパート（しばしばカポと一緒に）にオープン・チューニングを使い始めた。1968年にはオープンEまたはオープンDチューニングが最も顕著だった。1969年になるとしばしば5弦のオープンGチューニング（6弦は取り外した）を使うようになり、1969年のシングル「ホンキー・トンク・ウィメン」、 「ブラウン・シュガー」（『スティッキー・フィンガーズ』1971年）、 「ダイスを転がせ（Tumbling Dice)」（カポIV）、「ハッピー」（カポIV）（『メインストリートのならず者(Exile on Main St.)』1972年）、「スタート・ミー・アップ」（『刺青の男（Tattoo You）』1981年）などで聴かれるようになった[89]。

1968年末には『ロックンロール・サーカス』の撮影が行われた。同作にはジョン・レノン、オノ・ヨーコ、ザ・ダーティ・マック、ザ・フー、ジェスロ・タル、マリアンヌ・フェイスフル、タジ・マハールらが出演した。映像は28年間にわたって公開されなかったが、最終的に1996年に正式に発売された[90]。2004年10月にはDVD版がリリースされた[91]。

『ベガーズ・バンケット』の発売後、その問題行動を更に悪化させたジョーンズのバンドへの貢献は散発的なものとなっていた。ジャガーはジョーンズが「この生き方には心理的に適していない」と述べている[92]。薬物中毒を患ったジョーンズはアメリカ合衆国のビザを取得する資格を失った。ジョーンズは6月に行われたジャガー、リチャーズ、ワッツによる会議で、再びツアーに出ることができないと認めた。「俺は辞める。そしてもし俺がそうしたければ俺は戻ってくることができる」と言ってバンドを脱退した、と伝える[93]。脱退から1ヶ月足らずの1969年7月3日、ジョーンズはハートフィールドにあるコットフォード・ファームの自宅のプールで、不思議な状況の下に溺死しているところを発見された[94][95]。ちなみにジョーンズ邸は、以前『クマのプーさん』の作者として有名なA・A・ミルンが住んでいた家でもある。

ストーンズはジョーンズの死から2日後となる7月5日、ロンドンのハイド・パークにあるブラックヒル・エンタープライズで無料公演を行う予定だったが、急遽ジョーンズ追悼公演の開催を決めた。