彼らを見送ったローハン軍は、いよいよゴンドール王国を襲うサウロン軍との戦いに向かう。ローハンの騎士となったメリーは戦闘に参加したいと申し出るが、セオデン王も勇敢な騎士である彼の甥エオメルも、メリーの誠心は信じているが身体の大きさが足りないからと城に残るよう勧める。が、メリーの不満は、女性だからといつも留守居役を命じられているエオメルの妹エオウィン姫の不満でもあった。彼女は「友のために戦うことは、誰にも止められない」と密かに男装し、メリーを連れて兵士として出陣していく。
使命

ゴンドールの都ミナス・ティリスはオークの軍勢に取り巻かれていた。執政デネソールは息子ファラミアが瀕死の重傷を負い意識不明で戻ったのを見て死んだと思い込み、「執政の血筋は絶えた」と精神錯乱に陥る。そこでガンダルフがデネソールに代わってゴンドール軍の指揮を執り、自らも戦闘に加わっていく。デネソールはピピンの説得にも耳を貸さず、ファラミアを道連れに焼身自殺しようとする。ピピンと駆けつけたガンダルフはファラミアを救うが、自ら放った火が着衣に燃え移ったデネソールは、乱心のまま塔から身を投げて果てる。

同じ頃、ローハン軍はゴンドールのペレンノール野に達し、死を合言葉に突撃を始め、闇の軍勢を背後から攻撃する。サウロンの勢力に参加しているのはゴスモグ が指揮するオーク軍だけではない。近接戦では無類の強さを誇る武装したトロルの上位種「オログ＝ハイ 」、南方人ハラドリムたちが乗る巨大な獣「オリファント(ムマキル)」、空には“おぞましい獣”フェルビーストに乗って勢力を統率する「ナズグル」もいる。その上、黒船船団のウンバールの海賊たちまでもが参戦せんと、戦場に向かって来ているという。激しい戦乱の中、ナズグルの首領「アングマールの魔王」が、ローハンのセオデン王に襲いかかる。倒れた王を守ろうと魔王に相まみえたエオウィンは、「人間の男に我を殺すことは不可能」とせせら笑う魔王の猛攻に圧倒される。その時、人間ではないホビットであるメリーが魔王の脚に刃を突き立てた。エオウィンは戦士の兜を脱ぎ、長い金髪をなびかせて「私は“男”ではない！」と言い放ち、剣で魔王の顔面を突き刺して倒す。その後、セオデン王は彼女に微笑み、「これで恥じることなく父祖の仲間入りができる」と息を引き取るのだった。

魔王を討っても闇の勢力の勢いはなお衰えず、ペレンノール野でもミナス・ティリスでも人間勢の苦戦は変わらず続き、もはや敗北は目前かと思われた時、ペレンノールの港に黒き船団が着く。オークたちは味方の海賊たちがやってきたと思って喜ぶが、船から現れたのはアラゴルンと彼が率いる死者の軍勢だった。永き呪縛からの解放を約束に、騎士としての誇りを取り戻すため、一度だけの条件でアラゴルンの召集に応じたのだ。アラゴルン、レゴラス、ギムリら三人と死者の軍勢は瞬く間に攻め上がり、それを機に軍は息を吹き返し形勢逆転、戦いはゴンドールとローハン連合軍の勝利に終わる。

だがその頃、フロドは危機に陥っていた。ゴラムの策略で大蜘蛛シェロブの棲処に導かれ その毒針に倒れたのだ。フロドの後を追ってきたサムがシェロブを撃退。フロドを連れ去ったオークをも倒してフロドを救出するが、フロドは指輪の魔力による衰弱のあまり歩けなくなる。するとサムは「あなたの重荷は担えませんが、あなたを背負うことならできます」と、フロドを背負って歩き出す。

アラゴルンら旅の仲間とゴンドールとローハンの連合軍は、フロドが滅びの山に辿り着き、“一つの指輪”を破壊する使命を成し遂げるまではサウロンの目をそらし続けるため、敵の本拠地モルドールに公然と最終決戦を挑むことを決意する。彼の地にそびえ立つ冥王サウロンの居城バラド＝ドゥーアからは、倒しても倒しても無尽蔵と思えるほどの軍勢がサウロンによって送り出される。闇の勢力の力の源泉であるサウロンが滅びぬ限りは、敵の本拠地での戦いに勝ち目はない。だが、アラゴルンらはフロドが使命を必ず成し遂げ、“一つの指輪”を破壊しサウロンを完全に滅ぼすことだけを信じて覚悟を決める。アラゴルンが「フロドのために」とモルドールの黒門に挑むと、すべての兵士が彼の覚悟の後に続き、敵の大群へと突撃するのだった。

アラゴルンらが満身創痍で戦い続ける頃、遂にフロドとサムは滅びの山の火口の淵まで辿り着く。だが、滅びを目前とした“一つの指輪”の魔力の最後の抵抗にフロドは屈し、「指輪は僕のものだ」と口にして指輪の破壊を放棄し、指輪を指にはめる。その瞬間、冥王は指輪の所持を宣言したフロドの存在に初めて気付き、黒の乗り手たちを滅びの山へ急行させる。姿を隠したフロドに襲い掛かったゴラムが“いとしいしと”を奪い取ろうと、指輪をはめたフロドの指を噛みちぎる。遂に念願の指輪を取り返し狂喜するゴラム。フロドは立ち上がりゴラムへ飛びかかると、二人で崖の縁から落ちてしまう。駆け寄ったサムが火口を覗くと、フロドは火口に落ちていく指輪を追わずに何とか一命を取り留め、指輪を追って火口の中へ落ちたゴラムは喜びながらも指輪を抱いて溶岩の中へと消えた。

そして、火口へ落ちた“一つの指輪”も滅びの時を迎え、遂に冥王サウロンは完全に消滅するのだった。
新たなる旅立ちと帰還

力の源泉であったサウロンが滅びたことで共に闇の勢力は滅び、フロドたちもガンダルフと鷲の王グワイヒアによって救出された。その後、アラゴルンはゴンドールの王として即位し、ミナス・ティリスに王が帰還した。その戴冠式を祝おうと、式に出席したフロドら4人のホビットであったが、アラゴルンは「礼を言うべきは我らの方」と、その場にいたすべての人間が頭を垂れ、4人の“勇者たち”に感謝の意を示した。そして式典には、生気を取り戻したアルウェンも駆け付けたのだった。そして旅の一行は解散となり、フロドたちは故郷のホビット庄に帰還し、旅立つ前の平穏な生活を取り戻したかに見えた。

だが、すべてが以前のままではなかった。サウロンとの戦いからしばらくの時が流れ、サムは結婚し、メリーやピピンも平穏な生活を取り戻した。しかし指輪の運び手であったフロドについては、アングマールの魔王から受けた肩の傷跡は、中つ国では完全には癒えることはなかった。変わってしまったものは元に戻ることはなかった。ビルボがかつての旅を記した『ホビットの冒険』と、それを引き継ぎ自らの旅を書き上げた『ロード・オブ・ザ・リング』を書き終え、全ての使命を終えたフロドは、ビルボ、ガンダルフ、そしてエルロンドとガラドリエル夫妻らエルフたちと共に、神の国・ヴァリノールへと船出し、この中つ国を（つまりは現世を）去ることにしたのだった。ガラドリエルは言う、「これからは人間の時代です」と。

ヴァリノールから、中つ国へ戻ってくることはできない。「ありがとう、サム。今までよく仕えてくれた。これからは家族に仕えてくれ」それが、旅立つフロドのサムへの別れの言葉だった。

そして、サムが妻子の待つ我が家へと帰還し、映画は幕を閉じる。
登場人物・種族「ロード・オブ・ザ・リング (2001年の映画)#登場人物・種族」も参照
旅の仲間
フロド・バギンズ (Frodo Baggins) / ホビット
繊細で素直な性格のホビット。“一つの指輪”を破壊する使命を背負ったこの物語の主人公。
サム / サムワイズ・ギャムジー (Sam) / ホビット
バギンズ家に仕える庭師で、フロドの親友でもある。フロドへの忠誠心から危険な旅へ同行する。フロドが大蜘蛛に麻痺させられた際、指輪を一時的に預かった。そのため原作では、フロドたちが大海の彼方へ去った後、サムが中つ国最後の指輪所持者となったと記述されている。
ピピン / ペレグリン・トゥック (Pippin) / ホビット
年若く愛敬があり、イタズラ好きな性格。フロドの親戚であり友人でもある。
メリー / メリアドク・ブランディバック (Merry) / ホビット
フロドの親戚であり友人として、ピピン、サムとともにホビット庄を後にして旅に出る。
ガンダルフ (Gandalf) / 魔法使い（イスタリ）
指輪の魔力を知り、フロドに助言を与える“旅の仲間”の指導者。賢いだけでなく、剣術と魔法を使った戦闘にも長けた頼りになる魔法使い。
アラゴルン (Aragorn) / 人間