この間、2001年3月には日本たばこ産業の子会社で同月に事業撤退したバーガーキングジャパンの店舗を譲り受け、ロッテリアに転換している。
リヴァンプによる経営再建「バーガーキング_(日本)#ロッテ・韓国ロッテリア運営期（2007年-2019年）」も参照

2005年11月末日、元ユニクロ幹部2人が設立した企業再生会社リヴァンプと資本提携し、経営再建に乗り出す[4]。リヴァンプから33.4%（推定）の出資と役員を受け入れる方向で調整に入った。ロッテリアの株式は当時ロッテ本体とグループ企業が100%保有していた。リヴァンプを引受先とする第三者割当増資を実施。リヴァンプの持ち株比率は重要事項の拒否権を持てる33.4%以上となる見通しとなっている。

2006年1月、リヴァンプ代表取締役玉塚元一が会長兼最高経営責任者（CEO）に就任した。篠崎真吾（元マイクロソフト社、現公認会計士）が代表取締役社長に就任した。

2006年には従業員に対して「お年玉」と称して無料券を配ったほか、グループ会社であるロッテのアイス「クーリッシュ」を配布するなどしている。また、「スタンダード50」と呼ばれる従業員向けの重点項目をカラー印刷した冊子を配布するなど、品質面などでの向上をめざしている。そして、「Straight Burger LOTTERIA」を新スローガンに掲げ、ロゴマークも一新した。メイトの制服を従来の赤を基調としたものから、茶・白を基調としたものに随時変更したがその後、新生ロッテリアに統一するため再び黒のパンツ・Tシャツおよび赤・黒のベスト・帽子など新しい制服に変更している。

2006年11月にはリヴァンプと共同で『バーガーキング・ジャパン』を設立し、2007年6月に1号店がオープンした[5]。以前のロッテリアは「顧客よりもライバルのマクドナルドを意識していたため、戦略に一貫性がなく迷走し、利益率も低かった」状態から[6]、「顧客の声を聞く」状態への変更を図り、業績を回復している[6]。

2010年4月リヴァンプが経営から離脱し、ロッテホールディングスの佃孝之社長が社長に就任する。2010年度は13億円の黒字。@media screen{.mw-parser-output .fix-domain{border-bottom:dashed 1px}}この数字は、利益率も改善してきたこと、給与体系の変更や経費削減が主な理由だと考えられる。給与体系については家族手当、住宅手当、退職金制度の廃止。店長職の給与体系は、「基本給＋店長手当（役職手当）＋残業代」が基本の構成だが、現在は、「基本給＋店長手当（役職手当）に残業代30時間分が含まれている形になっている。つまり残業代は30時間以上の残業をしないと支払われないと言う、実質賃金の値下げになっている[要出典]。2014年度までの売上高は年々緩やかに減少している[7]。
ゼンショーへ売却

2023年4月1日付けでロッテリアの全株式をゼンショーに売却することを同年2月16日に発表した。ゼンショーHDはかつて「ウェンディーズ」をダイエーからの事業譲渡の上で運営したが撤退しており[注 2]、それ以来のハンバーガーチェーン店への参入となる[8]。譲渡後もロッテリアの店名は当面残す意向（広義のライセンス契約と同義）としている[9]。
ゼッテリアのオープンゼッテリア田町芝浦店。同店は森永LOVE→バーガーキング→ロッテリア→ゼッテリアと変遷している。

2023年9月20日、ロッテリアブランドの新業態として「ゼッテリア」がオープンした[10]。メイン商品である「絶品バーガー」と、気軽に楽しめるお店という意味を込めた「カフェテリア」を組み合わせたブランドとしている。1号店は、臨時休業していたロッテリアワンランクアップ店舗の田町芝浦店をリニューアルする形で開店した。メニューはロッテリアと大きく異なっており、絶品バーガー系統が横長の形状である、えびバーガーがキャベツではなくレタスであるなど、同名のハンバーガーでも内容が変更されている。また、コーヒーも異なり、ゼンショーのフェアトレードコーヒーのブランドを冠している[11]。

2024年3月現在、6店舗存在[12]。
メニュー
新メニューの投入

独自メニューとして、小エビをコロッケ状にしたパティをバンズに挟んだ「エビバーガー」が有名である。1977年にロッテリアによって独自に開発され、当初の名称は「エビハンバーガー」といった。その後、競争相手のモスバーガーやマクドナルドも類似のメニューを発売した。

他にも、シェーキ類で様々な変り種のソース、特に全般的に甘酸っぱいソース類を各種発売するなど、他社チェーンとの差別化に余念が無く、一風変わった味覚を提供していて、店舗限定でキムチシェーキも発売された。しかし、しばしばその傾向が先鋭化し過ぎて、予想だにしないような季節限定メニューを発売する事もある。1987年には、マクドナルドの「サンキューセット」に対抗して「サンパチトリオ」をメニューに追加し低価格競争を行った。

ロッテリアのコーヒーはこだわりの抽出方法が「コーヒー専門店と同等」と評価されている。雑味の原因となる渋皮を取り除いたコーヒー豆を使用していることと、きめ細かなマシンメンテナンスを絶えず行っていることがその秘訣と言われる。実際、一部店舗を除いて、コーヒー豆を注文を受けてから専用のマシンで挽いて出している。
近年のマクドナルドとの重複

2005年秋、マクドナルドがロッテリアのエビバーガーとほぼ同じえびフィレオを商品化。この時期は千葉ロッテマリーンズの優勝記念キャンペーンとしてエビバーガーなどを最大半額など大幅値下げしたこともあった。2006年以降、マクドナルドと類似メニューを同期間にキャンペーンすることが多い。

宇治抹茶シェーキ・抹茶なでしこ（マックシェイク）

ピタサンド・ピタマック

エビバーガー・えびフィレオ

下記は、一部類似。

チリストレートバーガー・えびチリフィレオ

ハラペーニョソース（L：バーガーやサイドメニューのソース、M：バーガーの味付け）