次の日、インディとサラーはエジプト人採掘者に紛れて遺跡の発掘現場へと潜入し、本物の杖飾りを用いて「魂の井戸」の場所を突き止め、さらに生きたまま捕えられているマリオンを発見する。そして密かに発掘を行い、ついに「魂の井戸」と聖櫃を発見するも、明け方になってベロックらに現場を見つかってしまう。インディは聖櫃を奪われた上、マリオンと共に「魂の井戸」に閉じ込められてしまう。

「魂の井戸」からインディとマリオンは脱出して、脱出した先の飛行場で、聖櫃をベルリンへ空輸する準備に取り掛かっているところを目撃し、輸送機に紛れ込もうとするが、整備士に見つかり乱闘になる。マリオンはパイロットを気絶させるが、輸送機に閉じ込められてしまい、さらに輸送機が動き出し、その場で回り始めてしまう。インディが屈強な兵士と争っている所にドイツ軍の援軍がやって来て、マリオンが輸送機の機銃で応戦するが、その際燃料の保管場所にも命中して爆発、さらに輸送機の翼に当たって給油車から漏れたガソリンに引火してしまう。激闘の末、インディと格闘した兵士は輸送機のプロペラに引き裂かれ、インディは輸送機の扉を銃撃してマリオンを救出し輸送機が爆発する前に脱出、タニスから聖櫃の空輸を阻止することに成功する。

ベロックらは計画を変更し、カイロから聖櫃を空輸することに変更し、テントに隠れていたインディとマリオンを発見したサラーは、それをインディに伝える。ベロックらは聖櫃を積んだトラックと共にカイロへと向かうが、馬で追跡してきたインディはトラックごと奪い、カイロでサラーの用意したガレージに身を隠す。インディとマリオンは聖櫃と共にイギリス行き貨物船「バンツー・ウィンド号」に乗り込みエジプトを脱出した。しかし翌朝にはUボートが現れ、ディートリッヒ率いるドイツ兵の臨検を受けて再び聖櫃は奪還され、マリオンも捕えられてしまう。一方のインディは、船長が「海に始末した」と偽ってドイツの目を欺いてくれた隙に、Uボートの外側に何とかしがみ付いていた。

聖櫃を積んだUボートはギリシャ・クレタ島の秘密基地に到着し、陸に上がったインディは警備兵の制服を奪う。ベロックが儀式の再現を提案すると、当初ディートリッヒはユダヤの儀式だとして反対したものの、空の箱を総統に届ける訳にはいかず、事前確認が必要だと説得され、渋々ながらこれを認める。儀式を行うべく聖櫃を運搬している最中、再びインディは襲撃をしかける。ロケットランチャーを手にしたインディは、マリオンを返さなければ聖櫃を破壊すると脅迫するものの、考古学を愛するインディが聖櫃を攻撃できるはずがないと踏んだベロックは、交渉を拒否。攻撃を断念して捕えられたインディはマリオンと共に柱に縛り付けられ、彼らの目前でついに儀式が開始された。

ところが、ベロックが聖櫃のフタを開くと、中には砂が入っているばかりであった。ディートリッヒは激怒し、トートは嘲笑したが、直後に発電機や電球がひとりでに破損し、聖櫃の中で光が発すると精霊が飛び出してドイツ兵たちの間を飛び回る。異変を察したインディはすぐさまマリオンに目を閉じるように言って自らも目を閉じる。やがて美しい精霊は恐ろしい姿に豹変し、聖櫃から飛び出した雷撃がドイツ兵たちを串刺にした。そして、聖櫃から上がる炎でディートリッヒは干からび、トートはドロドロに溶け、べロックの頭は破裂した。天まで届いた聖櫃からの炎が収まり、インディとマリオンがようやく目を開けると、もはや人の気配はなく、聖櫃だけが残されていた。

その後、インディはワシントンにて陸軍情報部への報告を終えるが、担当者たちが聖櫃の真価を理解しなかったことに失望を憶える。そんなインディを慰めるため、マリオンは共に街へと向かう。そして聖櫃は、極秘・開封禁止の焼き印を押された木箱の中に鍵をかけた上で厳重に保管され、「安全な場所」、すなわち無数の木箱が山積みにされた政府機関の秘密の地下倉庫に隠された。
登場人物

インディアナ・ジョーンズ（インディ）（Indiana Jones）
演 - ハリソン・フォード主人公。有名な考古学者にして冒険家。生まれつき蛇が大嫌い（本作時点での設定。後にインディ・ジョーンズ/最後の聖戦にて若いころは蛇嫌いではなかったと判明する）。美術品は美術館に収められるべきというポリシーを持つ。

マリオン・レイヴンウッド（英語版）（Marion Ravenwood）
演 - カレン・アレンインディの恩師であり、かつてシカゴ大学で教鞭を執っていたアブナー・レイヴンウッド教授の娘。またインディのかつての恋人でもあった。ネパールで酒場を営んでいるが焼かれてしまう。アークを見つける鍵となる「ラーの杖飾り」を父から譲り受けており、インディと共にエジプトへ向かう事となる。酒に極めて強い。インディ・ジョーンズ/クリスタル・スカルの王国でも事実上のヒロインとして再登場する。

サラー（英語版）（Sallah Mohammed Faisel el-Kahir）
演 - ジョン・リス＝デイヴィスインディの友人で、エジプトの発掘屋。ディートリッヒ率いるドイツ国防軍聖櫃発掘部隊によって発掘作業に徴用されているが、インディに採掘に関する情報を与えるなど、その活動を支援する。ファヤー（Fayah）という妻がおり、9人の子供を授かっている。家族は劇中にも登場している。

マーカス・ブロディ（Marcus Brody）
演 - デンホルム・エリオットインディの務める大学の副学部長で、友人であり上司でもある。

ルネ・ベロック（Rene Emile Belloq）
演 - ポール・フリーマンフランスの考古学者で、インディのライバル。インディとは違って狡猾な現実主義者で、インディが苦労して手に入れた宝を横から奪っていく、ハイエナのような男でもある。聖櫃を求めナチスと組んではいるものの、内心では考古学に無知なディートリッヒやトートを軽蔑しており、同じ理由からアドルフ・ヒトラーも見下している。マリオンに好意を抱いており、しばしばディートリッヒやトートの手からマリオンを遠ざけようとする。

アーノルド・エルンスト・トート[注釈 2]（Arnold Ernst Toht）
演 - ロナルド・レイシーゲシュタポのエージェント。常に黒いレインコート姿で薄笑いを浮かべており、手荒な拷問を得意とする。ナチスの古参党員らしく、襟には黄金ナチ党員バッジがある。ラーの杖飾りを手に入れるべく、マリオンの酒場に現われるが、火事の火によって高温になった杖飾りをつかんだため右掌に火傷を負い、紋章の跡が刻まれる。

ヘルマン・ディートリッヒ（Herman Dietrich）
演 - ヴォルフ・カーラーナチス・ドイツ聖櫃捜索隊の司令官。所属・階級はドイツ国防軍大佐。ベロックと手を結び、卑怯な手段も使う。ベロックとは対照的で、考古学には一切の興味も敬意もなく、ユダヤ教の信仰である聖櫃に対しては嫌悪感すら抱いているなど、ヒトラーからの任務を完遂する事が関心事の全てである。小説版では親衛隊将校アイデル（映画では未登場）の横暴な態度や大物ぶる姿勢を指して「黒い制服に身を包んだ道化」と評するなど、ヒトラーに忠誠を誓いながらも、親衛隊や党の上層部を嫌悪する描写がある。
サティポ
演 - アルフレッド・モリーナ現地人でインディと一緒にチャチャポーヤの遺跡に入った男。インディを裏切り、脱出しようとするが罠にかかり、大釘を沢山打たれて死亡する。
キャスト

役名俳優日本語吹き替え
日本テレビ版ソフト版1ソフト版2
インディ・ジョーンズハリソン・フォード村井国夫内田直哉
マリオン・レイヴンウッドカレン・アレン戸田恵子土井美加
ルネ・ベロックポール・フリーマン田口計石田太郎石田圭祐
トートロナルド・レイシー内海賢二樋浦勉横島亘
サラージョン・リス＝デイヴィス小林修遠藤純一
ヘルマン・ディートリッヒヴォルフ・カーラー阪脩千田光男高越昭紀
マーカス・ブロディデンホルム・エリオット宮川洋一中村正有本欽隆
イートンウィリアム・フットキンス今西正男池田勝島香裕
マスグローブドン・フェローズ北村弘一嶋俊介をはり万造
サティポアルフレッド・モリーナ野島昭生秋元羊介河野裕
バランカビック・タブリアン平林尚三千田光男白熊寛嗣
サイモン・カタンガジョージ・ハリス天地麦人大塚明夫下山吉光
ゴブラーアンソニー・ヒギンズ藤城裕士津田英三樋渡宏嗣