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歴

ホメイニーは、1902年、イラン中部の人口1万に満たない小さな町・ホメインに、シーア派第7代イマーム、ムーサーの子孫を称するサイイド（預言者ムハンマドの直系子孫）の家系として生まれ、出生名をルーホッラー・ムーサーヴィーといった。当時イランには近代化政策に伴う創姓法によりすでに家姓が存在したため、ムーサヴィーが本名の姓にあたる。のちに「ホメイン出身の者」を意味するニスバより、ホメイニーを名乗る。なお、シーア派では法学者が出身地などを冠したニスバで呼ばれるのは極めて一般的である。

ホメイニーが生後5ヶ月の時に法学者であった父親が地元の人間により殺害され、母親とおば達によって教育を受ける。16歳の時に二人とも亡くなり、その後は兄に教育を受けた。幼い頃に亡くなった父にならい、アラークで学んだ後に彼もイランのシーア派の聖地ゴムでイスラム法学を修め、シーア派の上級法学者を意味するアーヤトッラーの称号を得た。これらの教育や研究の中で「生きることの本義は簡素、自由、公共善にあり」という信念を確かなものとし、自分の人生においてもこれを実践するとともに人々に呼びかけた。
皇帝の政策への批判と反帝制運動

そして第二次世界大戦中の1941年頃から、モハンマド・レザー・パフラヴィー皇帝の独裁的な西欧化政策に対する不満を表明する。その後1963年に、皇帝が宣言した「白色革命」の諸改革に潜むイラン皇帝の独裁的な性格を非難、抵抗運動を呼びかけて逮捕される。この時は釈放されるものの政府批判を続け、翌年1964年、ついにホメイニーの国民への影響力を恐れたパフラヴィー皇帝に拉致され、国外追放を受け亡命した。

この「白色革命」を含む皇帝の政策は、石油のアメリカ合衆国やイギリス、日本などへの輸出による豊富な外貨収入を背景にした工業化と西欧化を中心に据えたものであるものの、西欧的で世俗的なだけでなく、多分に独裁的な性格が強く、さらにイランの内情や国民の生活を省みない急激な改革を行ったために貧富の格差が増大した。これらのことに国民は反発して抵抗運動が起きた。ホメイニーはこの運動のシンボル的な存在だった。

その後、トルコに滞在した後に、イラクのシーア派の聖地ナジャフに移ったホメイニーは、イラン国民に改革の呼びかけを行う一方、ここでシーア派のイスラム法学者がお隠れ（ガイバ）中のイマームに代わって信徒の統治を行わなければならないとするホメイニ以前からあったシーア派の理論をさらに発展させた「イスラム法学者による統治論（英語版）（ヴェラヤティ・ファキーフ）」を唱えた。

このイラク滞在時に長男が突然死しているが、パフラヴィー皇帝の「サヴァク」による暗殺とみられている。1978年にイラクを離れ、フランスに亡命してからも、一貫して国外からイラン国民へ皇帝への抵抗を呼びかけ続けた。
革命の成功

1979年1月16日、フランスから糸を引いた反体制運動の高まりに耐えかね、皇帝とその家族がエジプトに亡命。これを受けて、ホメイニーは2月1日に亡命先のフランスから15年ぶりの帰国を果たし、ただちにイスラーム革命評議会を組織した。

2月11日、評議会はパーレヴィー皇帝時代の政府から強制的に権力を奪取し唯一の公式政府となると、「イスラム共和国」への移行の是非を問う国民投票を行い、98%の賛意を得た。4月1日、ホメイニーは「イラン・イスラム共和国」の樹立を宣言し、「法学者の統治論」に基づいて、終身任期の最高指導者（国家元首）となり、任期4年の大統領（行政府の長）をも指導しうる、文字通り同国の最高指導者となった。この一連の動きをイラン革命と呼ぶ。
国家元首として

新政権は、その発足直後からイランアメリカ大使館人質事件やイラン・イラク戦争などの外交危機や戦争、バニーサドル大統領と議会多数党のイスラム共和党の対立など、さまざまな危機的状況にもまれたが、革命イランの最高指導者としてホメイニーは、諸政策に強い影響力をもった。ホメイニーは政治・司法・文化をイスラムに基づいて構築し直すことを目指したが、当初はある程度は現実にあわせたイスラムを考えて改革的な政策も施行していた。

ホメイニーは、革命中はかつてのシーア派イマームたちの殉教を「被抑圧者（モスタズアフィーン）」の抵抗の象徴とし、皇帝の独裁に対抗するシーア派社会主義の理念を取り入れ、この革命を「イスラームに基づく被抑圧者解放」と主張した。この主張によってホメイニーは、元来社会主義の支持者だった貧困層や世俗的中産階級からも支持を取り付け、革命を達成した。

しかし革命達成後は一転して、世俗主義者や社会主義者を「イスラームの敵（カーフィル）」として弾圧するなど、事実上の宗教独裁体制を敷いた[2]。さらに1988年に発表された、イギリスの作家サルマン・ラシュディがムハンマドの生涯を題材に書いた小説『悪魔の詩』を「冒涜的」だとして、1989年2月14日に著者のラシュディ、及び発行に関わった者などに対して死刑を宣言するなど、強権的な姿勢をさらに強め、イスラム教国を含む世界各国から強い反発を招いた（日本語訳者の五十嵐一が殺害されたが未解決）。
死去

1989年6月3日死去。86歳だった。最期の言葉は「灯りを消してくれ、私はもう眠い」だった。イラン最高指導者の職はアリー・ハーメネイーが継承した。葬儀の際には、棺を移送中に取り扱いの不手際で棺の蓋が開いて遺体が落下、これを見た一部の参会者がショックで卒倒する一方で、多くの参会者はその衣服や体の一部を「聖遺物」として持ち帰ろうとその遺体に殺到、これが暴徒化して大騒動になった。現在はテヘラン南部のホメイニー廟に祀られている。
主義と主張について
統治形態について

ホメイニーの著書『イスラム統治体制』（法学者の統治論）はイスラムに基づく国家と社会のあり方について述べているが、本書の理念はイラン・イスラム共和国憲法の基本原理として盛り込まれた[3] 。