1987年の『ルパン三世 風魔一族の陰謀』以来2年ぶりに製作された。テレビアニメ放送版での作品としては『ルパン三世 PARTIII』最終回以来3年半ぶりとなるが、本作中内で過去の3シリーズとの明確なつながりは描写されていない[注 1]。監督は、『ルパン三世 (TV第1シリーズ)』への参加経験を持つ出崎統。『風魔一族の陰謀』で一新されたキャストも本作で元に戻され、音楽担当も大野雄二が復帰しテレビアニメとしては『TV第2シリーズ』以来9年ぶりに「ルパン三世のテーマ」も使用された。

不定期ながら、現在も続くルパン三世テレビスペシャルシリーズの第1作であり、平成最初のルパン作品でもある。放送枠は、次作以降の『金曜ロードショー』ではなく『土曜スーパースペシャル』であった。放送時には、モンキー・パンチ書き下ろしイラストによる番組ポスターが製作された。

衣装は『TV第2シリーズ』に準じており（下記参照）、ルパンは再び赤色のジャケットを着用するが、ルパンのネクタイは黄色、五ェ門の白の着物・茶色の袴[注 2]に変更された部分もあり、以降のスペシャルではほぼ全作[注 3]で共通設定となった。キャラクターデザインは担当した古瀬登によると、初めて担当した仕事が『ルパン三世 ルパンVS複製人間』であったため、敬意を表して同作に似せたものにしたという[2]。このデザインはTVスペシャル第4作『ルパン三世 ロシアより愛をこめて』まで続いた。

1995年3月に長年ルパン三世を演じてきた山田康雄が死去した際、同年3月31日の『金曜ロードショー』にて「山田康雄追悼企画」と題して再放送がなされた（視聴率17.0%）。
制作

本作は、プロデューサーの武井英彦によると、放送前年の秋から久々に行われた『ルパン三世 (TV第2シリーズ)』の再放送が最高18%の高視聴率を記録するなど、反響が大きかったことを受け企画されたという。また、本放送終了から9年以上経ちファンの層も入れ変わっていることを意識し、新たに再放送でファンになった若い世代を主な対象にしている。

初めてのテレビスペシャルであるため、オリジナルプロットは原作者のモンキー・パンチに依頼。モンキーも丁度、当時最先端だったコンピュータウイルスに関するアイデアを持っていたため快諾、それを主題にしたプロットを基に柏原寛司が脚本を作成した。ゲストキャラクターのマイケルは、モンキーの「抜群に頭の切れる子供を出したい」という提案から誕生している。

完成作について、出崎の演出スタイルは大まかなあらすじを覚えると一気に勢いでカット割りを仕上げ、それに伴い様々な改変も行うというものだったため、当初の柏原が執筆した脚本から大幅にストーリーが変更されている。このことについて、後にシナリオディレクターの飯岡順一は、柏原の洒落た台詞が生かせずベタな人情芝居になったことに不満な思いがあったと語る一方で、当の柏原は「（改変されることは）よくあることだ」と気にしておらず、完成作にも納得していたという。
あらすじ

急激な情報技術の発達により、今やルパン三世の記録はネットワークを介して全世界の警察に共有される事態となっていた。盗みもしにくくなり、記録を盗んだり抹消しようとしても50年はかかると予測したルパンは引退を宣言し、最愛の女性ジュディとの甘い生活を夢見る。次元は旧友の泥棒ルースターの頼みを受け、彼がかつて盗み出し、自由の女神像に隠したという世界最大のダイヤモンド「スーパーエッグ」を手に入れようとする。当初、引退宣言したルパンは次元の誘いを断るものの、ジュディが3億ドルの借金を残して別の男と逃げてしまったため、泥棒稼業に復帰する。一方、アラスカで修行中の石川五ェ門は謎の襲撃者に狙われている美女イザベルを助け、彼女の護衛役となる。

ルースターと会うルパンらであったが、同じく「スーパーエッグ」を狙う謎の襲撃者の一団に襲われ、唯一詳細な隠し場所を知るルースターは殺されてしまう。そこでルパンは、探す時間を稼ぐため自由の女神像ごと盗んでしまう。像の中にはコンピュータの扱いに長けた天才少年マイケルが潜んでおり、コンピュータの演算結果によりルパンが女神像を盗むと予測していたという。マイケルの助言によって像をグランド・キャニオンに隠したルパンは、さらに彼より世界中のデータの消去や改竄ができる「ニューウイルス」と呼ばれるコンピュータウィルスの存在を教えられる。マイケルの狙いはこのウィルスの確保であり、ルパンもまた自分のデータを削除したいため、マイケルと手を組むことを決める。そしてルパンはついにスーパーエッグを手に入れる。

一方、スーパーエッグやイザベルを狙っていた謎の集団はスリーメイスンと呼ばれる世界的な秘密結社であった。実は彼らの狙いも「ニューウイルス」であり、スーパーエッグやイザベルはその鍵であった。総帥シルバーマン（No.1）は、後手に回っている幹部のジミー・カンツ（No.3）を叱咤し、謎の魔術でアジトに潜入してきた峰不二子を操り人形にしてしまう。