1945年5月31日[注 2]、バイエルン自由州のバート・ヴェリスホーフェンで医者の父ヘルムート・ファスビンダー[注 3]と翻訳家の母リーゼロッテ[注 4]の家庭に生まれた。1951年、両親が離婚すると母親の手で一人息子として育てられた。ルドルフ・シュタイナー学校を卒業後[4] [注 5]、16歳で高校を中退した後はケルンの父親の元に身を寄せた[4]。
早くから映画への関心を募らせていたが、映画学校で製作を学ぶという志望は叶わず、南ドイツ新聞の資料室の事務助手[8]やバイエルン国立歌劇場でのエキストラなどのアルバイトなどをしながら、1964年から二年間ミュンヘンの私立の俳優養成学校に通った[5][4]。1996年9月に新設された映画大学「ドイツ映画・テレビ大学ベルリン(DFFB)」
に入学願書を提出したが、不合格となっている[4][9]。1966年に初めて2本の短編映画を製作し、翌年には初めての35ミリ短編映画『小カオス』を製作した[5][注 6]。また、1967年から俳優として他の監督の作品への出演も始めている[5][11][12]。1967年に、演出家兼俳優としてミュンヘンの小劇場(劇団)「アクツィオン・テアーター(行動劇場, Aktion-Theater)」に参加した[13][5][注 7]。