2013年8月20日の放送で5555回を迎え、その日の放送では番組史上初めて外国人ゲスト（トミー・リー・ジョーンズ、マシュー・フォックス、横綱・白鵬）に出張サイコロを行なった[13]。 2015年10月28日付スポーツニッポンにて、フジテレビが2016年4月度の改編で、平日昼の時間枠の大改編を進める計画があり、13時台に放送されてきた本番組と東海テレビ制作昼の帯ドラマを終了させることが決まったと報じられた[14][15]。同年11月17日に、フジテレビ側が本番組の終了、および2016年4月から小堺出演番組を別枠で放送開始することを正式発表した[16]。本番組および『昼の帯ドラマ』の後枠として、2016年4月4日より『バイキング』を11:55 - 13:45に50分後拡大および『直撃LIVE グッディ!』を番組全体で13:45からの10分前拡大（第1部は10分繰り上げ・5分拡大、第2部は5分前拡大）[17]で放送している。 これにより、本番組は25年3か月[注 8]の歴史に終止符を打ち、同時に連続ドラマ枠『ライオン奥様劇場』[注 9]から52年にわたる、平日お昼のライオン一社提供番組としては終止符を打った。本番組終了後はそれに伴い拡大された『バイキング』の13時またぎのコーナーをライオン提供枠で継続しているほか、ライオン一社提供番組は『ライオンのグータッチ』（土曜9:55 - 10:25、2016年4月2日放送開始）に移行されている。その後、『ライオンのグータッチ』は2022年3月まで6年間放送された後、2022年4月からは『ミライ☆モンスター』[注 10](日曜11:15-11:45)に移行されている[18]。また、フジテレビでの小堺出演番組自体は『かたらふ?ぼくたちのスタア?』（土曜17:00 - 17:30、2016年4月9日開始。ただしローカルセールス枠）が放送開始されている[注 11]。 最終回前日となった2016年3月30日（水曜日）の通常放送の最後のゲストは、小堺と親交が深く、番組にも『いただきます』時代から関連の深い明石家さんま、関根勤、中山秀征が出演した[19]。なお、同日夜にはスペシャル番組『ライオンのごきげんようゴールデン! 大物だらけのサイコロSP』が放送された（詳細はこちらを参照）。翌日の3月31日（木曜日）の放送をもって、番組は最終回を迎えた。当日は生放送で、台本がなく、ゲストも一切出演せず、司会の小堺1人だけでトークを行う[注 12]「独り舞台」として放送された[20]。エンディングでは「会場に来てくれている皆さん、スタッフの皆さんに支えられてやってきました。2万人近くの人にお会いして、毎回毎回、楽しい思いをさせていただきました」と述べ、「最初はドッキリと思って始まったこの番組が31年も続きました。きょうでその長いドッキリが終わります」と感慨深く挨拶し、約31年半の番組を締め括った[21][注 13]。『ライオンのいただきます』時代から31年6か月の総放送回数は7847回、出演者数は延べ1万9千人以上に及んだ（番組内では“大勢”と紹介していた）[21]。この回の平均視聴率は3.3%（ビデオリサーチ、関東地区・世帯。以下略）であった。 終了直後の4月19日に長年の裏番組であるNHK総合の『スタジオパークからこんにちは』に出演。司会者に突っ込まれたり、サイコロのBGMが流れるなど話題になった[22]。また9月5日には、それ以上に長寿であり、裏番組のテレビ朝日『徹子の部屋』[注 14]に出演した[23][注 15]。 2016年に、テレビ東京ドラマ「勇者ヨシヒコと導かれし七人」の第10話で、天空上の第一の扉で、ごきげんようが使われた。 2019年、スポンサーであったライオンが、本番組をモチーフにしたWEB公開用の商品PR動画をYouTubeで公開した。小堺と「ライオンちゃん」のほか、「バリィさん」など全国のゆるキャラが出演している[24][注 16]。
番組の終焉とライオン一社提供枠の移行
番組終了後