ヨハネ・パウロ2世は同年2月23日のローマ教皇として初の来日時には広島市と長崎市を訪れ、日本語で「戦争は人間のしわざです」「戦争は死です」と演説し、核兵器の廃絶を訴えた[5]。

またヨハネ・パウロ2世は、キリスト教の平和と非暴力の教義と、第二次世界大戦中にドイツとソ連の侵攻により、故国ポーランドが焦土と化した実体験から、戦争に対しては一貫して反対の姿勢を取っていた。ポーランド人としてナチスと共産主義の脅威を体験しながらカトリックの信仰を守り抜いたことが、教皇就任後も反戦平和主義を貫く大きな動機となった。

イラク戦争中に2003年、アメリカのジョージ・W・ブッシュ大統領が「神の加護を」「神の祝福あれ」と「神」を引用して戦争を正当化していたのに対し、ヨハネ・パウロ2世は「神の名を用いて殺すな」と不快感を示し、「イラクでのこの戦争に正義はなく、罪である」と批判していた。
民主化運動への影響

さらに1980年代後半以降の東欧の民主化運動において、精神的支柱の役割を果たしたともいわれている。特に、冷戦下で独裁政権下に置かれていた母国ポーランドの民主化運動には大きな影響を与えている。

ポーランドは国民の98%がカトリック信者であり、教皇が着任8ヶ月後に初めての故国訪問をしたが、熱狂的歓迎をもって迎えられた。ヨハネ・パウロ2世はワルシャワのユゼフ・ピウスツキ元帥広場に集まった人々に「恐れるな」と訴えた。その4ヶ月後の「独立自主管理労働組合「連帯」」が率いたストライキなどを経て政権は妥協路線を走り始め、1980年代後半の冷戦終結時には民意に押されて政権が民主路線へ転換している。

なお、このような民主化運動への後援の姿勢がソ連を始めとする東側諸国の政府に脅威を感じさせ、後の暗殺未遂事件（後述）につながったという指摘があった。また貧困問題・難民や移住者の問題などの社会問題にも真摯な取り組みを見せた。
他宗教への姿勢

ヨハネ・パウロ2世は他宗教や他文化との交流にも非常に積極的で、プロテスタント諸派との会合や東方正教会や英国国教会との和解への努力を行い、エキュメニズムの推進に大きな成果を上げた。カトリックの教皇としては初めてのモスク[6]、シナゴーグ[7][8]、ルーテル教会への訪問[9]、東西教会の分裂以来のギリシャ訪問[10]、イギリス訪問を成し遂げた。また天台宗の大阿闍梨である酒井雄哉とも会見している。

1980年5月21日、パウロ6世の遺志を引き継ぎ[注釈 4]ヨハネ・パウロ2世が、A級・BC級戦犯として処刑された人々へのミサをサン・ピエトロ大聖堂で執り行った。1618柱の位牌が納められた五重塔はヨハネ・パウロ2世に奉呈された[11]。

1982年5月28日には歴代ローマ教皇史上初めてイギリスを訪問、バッキンガム宮殿にエリザベス2世を訪ね、1534年のイングランド国王ヘンリー8世の離婚問題以来448年にわたり断絶状態にあった英国国教会とローマ・カトリックの和解の挨拶をした。翌29日にはカンタベリー大聖堂にロバート・ランシーカンタベリー大主教を訪問した[12]。

1986年には教皇として初めてローマのシナゴーグを訪れるなど、ユダヤ人への親近感を示し続けたことなどでも知られる。

キリスト教がなした過去の罪について、歴史的謝罪を活発に行っており、キリスト教の歴史におけるユダヤ人への対応や十字軍の正教会やムスリムへの行為への反省と謝罪、異端として火あぶりにされたヤン・フスやガリレオ・ガリレイの地動説裁判における名誉回復などを公式に発表している。
保守的姿勢

社会問題や他宗教との対話に注力した一方で、従来同様にカトリック教会において女性の聖職者を認めないなど、教義的には伝統を逸脱せず保守的なことで知られる。1979年の最初の回勅「レデンプトーリス・オミニス」（『人間のあがない主』）から2003年の「エクレシア・デ・エウカリスティア」（『教会にいのちを与える聖体』）まで、多くの回勅や使徒的書簡を精力的に発表している。

特に議論を呼んだ1995年の回勅「エヴァンジェリウム・ヴィテ」（『いのちの福音』）では、プロライフの立場から妊娠中絶や安楽死を「死の文化」であると非難し、「いのちの文化」の必要性を訴えた。

ヨハネ・パウロ2世にとって、内部的には常にカトリック教会において存在する、保守派と改革派の対立構造の間のバランスをどのように取っていくか、また対外的には、複雑化する現代社会の諸問題の要請に、カトリック教会としてどう答えてゆくか、ということが常に課題であった。

また1980年代前半には、宗教事業協会（バチカン銀行）の主力取引行であったアンブロシアーノ銀行の破綻やロベルト・カルヴィ暗殺事件、極右秘密結社に高位聖職者が関与したP2事件などの、バチカンを揺るがすスキャンダルにも関わることを余儀なくされた。晩年の病気などにより、前教皇が進めようとした宗教事業協会を中心としたバチカンの構造改革については積極的に関与せず、次代教皇への積み残し課題となった。
暗殺未遂事件
1981年5月13日の事件「ヨハネ・パウロ2世暗殺未遂事件（英語版）」を参照

1981年5月13日、ヨハネ・パウロ2世はバチカンのサン・ピエトロ広場にて、トルコ人マフィアのメフメト・アリ・アジャから銃撃された。銃弾は2発命中し教皇は重傷を負ったが、奇跡的に内臓の損傷を免れ一命を取り留めた。アジャは逮捕され終身刑が宣告された（その後恩赦され、送還先のトルコで以前に犯した罪により服役）。

1983年のクリスマスの2日後、ヨハネ・パウロ2世は狙撃犯人のアジャが収監されている刑務所を訪れた。2人は面会し、短時間の会話を行った。教皇は「私たちが話したものは、彼と私の間の秘密のままでなければならないでしょう。私は彼を許し、完全に信頼できる兄弟として話しました」と語った。2005年4月にヨハネ・パウロ2世の訃報を聞いたアジャは深い悲しみを覚え、喪に服したことが家族により伝えられている。

2005年2月にヨハネ・パウロ2世自身が著書で「犯行は共産主義者によるもの」と発表し、2005年3月には前月に証拠書類が東ドイツで発見されていたとドイツ紙が報道した[13]。