1990年近くになると、ソ連国内においてはミハイル・ゴルバチョフ指導による民主化が進み、ベルリンの壁崩壊やルーマニアにおけるニコラエ・チャウシェスク処刑（ルーマニア革命）に代表される東欧民主化で東側諸国に民主化が広がり、社会主義政権が相次ぎ崩壊した。ユーゴにおいてもユーゴスラビア共産党による一党独裁を廃止して自由選挙を行うことを決定し、ユーゴを構成する各国ではチトー時代の体制からの脱却を開始する。また、各国ではスロボダン・ミロシェヴィッチ（セルビア）やフラニョ・トゥジマン（クロアチア）に代表されるような民族主義者が政権を握り始めていた。ユーゴの中心であるセルビア共和国では大セルビア主義を掲げたスロボダン・ミロシェヴィッチが大統領となり、アルバニア系住民の多いコソボ社会主義自治州の併合を強行しようとすると、コソボは反発して1990年7月に独立を宣言。これをきっかけにユーゴスラビア国内は内戦状態となった。

1991年6月に文化的・宗教的に西欧・中欧に近いスロベニアが10日間の戦闘により短期間で独立を達成し（十日間戦争）、次いでマケドニアが独立。ついで歴史を通じてセルビアと最も対立していたクロアチアが激しい戦争を経て独立した（クロアチア紛争）。ボスニア・ヘルツェゴビナは1992年に独立したが、国内のセルビア人がボスニアからの独立を目指して戦争を繰り返した（ボスニア・ヘルツェゴビナ紛争）。セルビア国内でもコソボ自治州が独立を目指したが、セルビアの軍事侵攻によって戦争となった（コソボ紛争）。その後、コソボ地域のアルバニア系住民がマケドニア国内に難民として大量に押し寄せていたことから、マケドニアにも飛び火した（マケドニア紛争）。

スロベニアやマケドニアが比較的スムーズに独立を達成した一方で、ボスニア・ヘルツェゴビナやクロアチア東部、コソボでは、スレブレニツァの虐殺のような凄惨なジェノサイド、レイプ、追放による民族浄化が起きた。こうした戦争犯罪の一部は、旧ユーゴスラビア国際戦犯法廷で裁かれた。

ユーゴスラビアは建国時から各民族が入り混じって暮らし、第二次世界大戦後に平和裏の移住や民族間の結婚が進んだ。こうした状況下で、セルビア人やクロアチア人などが同じ民族を集めた民族国家を形成しようとすれば、「虐殺と同化あるいは住民の大規模な強制移住なしには不可能である」[2]にもかかわらず、それを実行しようとしたため、上記のような深刻な人道的危機がもたらされた。また、ユーゴスラビアは国土防衛ドクトリンとしてトータル・ナショナル・ディフェンスを採用しており、平時から武器類が自主管理組織によって管理されていたことや、市民がそれらの扱いを知っていたことが紛争激化の要因の一つとなった。

紛争は各国・勢力間の軍事的勝敗（嵐作戦）や交渉・合意のほか、北大西洋条約機構（NATO）や国際連合の介入により収束した。
主な紛争

スロベニア紛争（十日間戦争）（1991年）

スロベニアがユーゴスラビアからの離脱・独立を目指した戦争。規模は拡大せずに10日で解決した。十日戦争、あるいは独立戦争。


クロアチア紛争（1991年 ? 1995年）

クロアチアがユーゴスラビアからの離脱・独立を目指した戦争。ボスニア紛争と絡んで戦争は泥沼の様相を呈したが、4年の戦争の末に独立を獲得した。


ボスニア・ヘルツェゴビナ紛争（ボスニア紛争）（1992年 ? 1995年）

コソボ紛争（1996年 - 1999年）

マケドニア紛争（2001年）

関連作品
小説

楠見朋彦 『零歳の詩人』 集英社、1999年。ISBN 4-087-74448-5。

米澤穂信 『さよなら妖精』 東京創元社〈ミステリ・フロンティア〉、2004年。ISBN 4-488-01703-7。 ※舞台は日本である。崩壊前のユーゴから来日した少女の出身国を巡る謎解き。

島田荘司 『リベルタスの寓話』 講談社、2007年。ISBN 4-062-14276-7。

映画

ブコバルに手紙は届かない（ボーロ・ドラシュコビッチ監督、1994年 出演：ミリャナ・ヤコヴィッチほか）

ビフォア・ザ・レイン（ミルチョ・マンチェフスキ監督、1994年 出演：グレゴワール・コランほか）

アンダーグラウンド（エミール・クストリッツァ監督、1995年 出演：ミキ・マノイロヴィッチほか）

ユリシーズの瞳（テオ・アンゲロプロス監督、1996年 出演：ハーヴェイ・カイテルほか）

ウェルカム・トゥ・サラエボ（マイケル・ウィンターボトム監督、1997年 出演：スティーヴン・ディレインほか）

戦場のジャーナリスト（エリ・シュラキ監督、2001年 出演：アンディ・マクダウェルほか）

ノー・マンズ・ランド（ダニス・タノヴィッチ監督、2001年 出演：ブランコ・ジュリッチほか）

サラエボの花（ヤスミラ・ジュバニッチ監督、2006年 出演：ミリャナ・カラノヴィッチほか）

灼熱（ダリボル・マタニッチ監督、2015年 出演:ティハナ・ラゾヴィッチ、ゴーラン・マルコヴィッチほか）

バルカン・クライシス（アンドレイ・ヴォールギン監督、2019年 出演：アントン・パンプーシュニーほか）

アイダよ、何処へ?（ヤスミラ・ジュバニッチ監督、2020年 出演：ヤスナ・ジュリチッチほか）

音楽

ユーゴスラビア(ru)（作詞：О. ジュラヴリョーワ、作曲：А. ヴォイチンスキー(ru)、唄：t.A.T.u　※但し、発表当時はユーリャ・ヴォルコヴァはまだ加入しておらず、リェーナ・カーチナのソロである。）

鳥のために（混声合唱組曲。作詩：山崎佳代子、作曲：松下 耕 1999年）

脚注[脚注の使い方]^ “Mine kills Serb police”. BBC NEWS. (2000年10月14日). ⇒オリジナルの2014年8月10日時点におけるアーカイブ。