前身は、1981年3月にパイオニア（ホームAV機器事業部。現在のオンキヨーテクノロジー〈開発・製造元〉/ティアック〈発売・販売元〉）がレーザーディスク（LD）の製作を目的として設立したレーザーディスク株式会社。パイオニアがワーナー・パイオニア（現：ワーナーミュージック・ジャパン）から資本を引き上げて（同社との販売元としての契約はその後も継続）自前で音楽製作にも乗り出す方針に転換したことから、1989年にパイオニア エル・ディー・シー株式会社（パイオニアLDC）に商号変更し、音楽事業や映画配給事業、アニメ作品の製作も手がけるようになる。

その後、親会社パイオニアはプラズマディスプレイ事業に社運を賭ける方針に傾いたことにより[注 1]、2003年10月に子会社パイオニアLDCの全株式を電通（現：電通グループ）に譲渡し、ジェネオン エンタテインメント株式会社（ジェネオン）に商号変更した。本レーベル名での初陣の作品が『ナースウィッチ小麦ちゃんマジカルて』であり、『ジェネオン』の商号は公式サイト『小麦っ子くらぶ』中のインターネットラジオ内で初公開されている。

その当時の商号の「ジェネオン」は、"generate"（創造）と"eon"（永遠）を組み合わせた造語。

次世代ディスクについてはブルーレイディスクとHD DVDの両方に参入し、ワーナー・ホーム・ビデオ向けに先行供給していた。ブルーレイ3Dもワーナー向けから先行供給を開始されており、シャープの液晶テレビ「AQUOSクアトロン3D」やブルーレイ3D再生対応の「AQUOSブルーレイ」の購入者限定キャンペーンとして「タイタンの戦い3D」も含まれる。

同社の米国本社が「次世代ディスクについて、今後はブルーレイのみの供給とする」と発表されたため、ワーナー向けのHD DVDの供給はストップされた。なお、自社向けについては両規格とも供給する予定があったものの、東芝によるHD DVD事業の終息に伴いブルーレイのみの供給となった。

制作部門は2つに分かれており、制作本部第1制作部は邦画・テレビドラマ作品、第2制作部はアニメーション・楽曲（RONDO ROBE・SISTUS RECORDS・I've作品）とA&R・販売受託商品を担当している。販売受託商品の中には『カードキャプターさくら』など、以前別会社・別レーベルで販売されていた作品のDVD･BOXがある。

2008年11月12日、電通は米国NBCユニバーサル傘下のユニバーサル・ピクチャーズ・インターナショナル・エンターテインメント（UPIE）に株式の大部分を譲渡する契約を締結、同年12月までにUPIEが大半の株式を取得した。ただし、この時点で電通の連結子会社では無くなるが、2013年12月9日まで、支配株主として残っており、電通のその他関連会社扱いである。

2009年2月1日にUPIEの日本法人であるユニバーサル・ピクチャーズ・ジャパン合同会社（設立時は株式会社、合併発表時は有限会社）と合併、商号もジェネオン・ユニバーサル・エンターテイメントジャパン合同会社に変更された。NBCユニバーサル傘下に入る前の2008年3月からユニバーサルの新作映画のDVDソフトはジェネオンからリリースされていた。それ以前の発売元についてはユニバーサル・ピクチャーズ#日本での配給・ビデオソフト販売参照。

2013年12月9日に社名をNBCユニバーサル・エンターテイメントジャパン合同会社に変更。2016年1月1日にジェネオン音楽出版合同会社は、NBCユニバーサル・エンターテイメントジャパン合同会社を存続会社として合併した。これに伴い13年間用いられてきた「ジェネオン」ブランドは完全消滅した[注 2]。

通常"entertainment"を日本語表記する際には「エンタ（ー）テインメント」が用いられ、ジェネオン エンタテインメント時代はこれに倣っていたが、合併後は「ン」を入れない「エンターテイメント」が正しい社名の表記である。

ジェネオンは米国に「Geneon Entertainment USA」（米国ジェネオン エンタテインメント、ジェネオンUSA/米（国）ジェネオン/ジェネオンアメリカ）という子会社を持っていた。