11世紀末頃にはすでにユダヤ人は「高利貸し」の代名詞になっていた。被差別民でありながら裕福になったユダヤ人は妬まれ、ユダヤ人迫害はますます強まっていった[28]。
セルジューク朝が西方に領土を拡大し、東ローマ帝国領のアナトリア半島を占領すると、アレクシオス1世コムネノスはローマ教皇ウルバヌス2世に救援を求めた。1095年11月にクレルモン公会議が開催され、翌年に民衆十字軍と第1回十字軍が開始され、エルサレム王国が設立された。これ以後、約200年にわたって、十字軍は7回の遠征を行った。
1150年ごろ、フランクフルトにユダヤ人が居住した記録が残っている[29]。13世紀になってキリスト教徒とユダヤ教徒との交際が禁止されるなど、ユダヤ人は迫害を受けるようになり、社会不安が高まるごとにユダヤ人は迫害の対象とされていき、職の追放なども行われた。神聖ローマ帝国のユダヤ人は、神聖ローマ帝国一般臣民とは区別される存在で、「王庫の従属民」と呼ばれる法的地位を与えられて皇帝の保護を受け、皇帝にユダヤ人税（ドイツ語版）（ユーデンシュトイアー）の納税義務を負っていた。のちのオスマン帝国においてもジズヤ（人頭税）の納税義務を負っていたが、ほぼ同じ制度である。
東方植民時代（12世紀 - 14世紀）にはモンゴルのポーランド侵攻で人口が減少したポーランド王国へ進出し、イディッシュ語を話すアシュケナジムが定住を始めた。1264年のカリシュの法令によって権利および安全をポーランド王およびシュラフタ（ポーランドの貴族共和政を担った階級）の庇護のもとに保障され、1290年にエドワード1世による追放布告（英語版）でイングランドを追放されると、ユダヤ人はポーランドに集まり生活し、ユダヤ人社会「シュテットル」を形成した。
14世紀のペスト大流行（en）のころから弾圧として、ヨーロッパ中で隔離政策が取られるようになっていき、市街地中心から離れた場所に設けられたゲットーと呼ばれる居住区に強制隔離されることが一般化した。
1462年にフランクフルトのユダヤ人はフランクフルト・ゲットーに居住するようになった。1467年、ポーランド王国とドイツ騎士団の間で司祭戦争（英語版）が勃発し、1479年にピョートルクフの講和（英語: Treaty of Piotrkow）が結ばれると、カジミェシュ4世の治めるピョートルクフに神聖ローマ帝国を追放されたドイツ人とユダヤ人が移住した。1488年、イタリアのソンチーノに逃れたユダヤ人によって "Casa degli Stampatori"（it:Soncino#Musei）でヘブライ語聖書（タナハ、旧約聖書）が印刷され、印刷技術が世界中に広がるきっかけとなった。16世紀にはヴィリニュスにも居住するようになった。
1492年にイベリア半島でレコンキスタが完了し、フェリペ2世の治世に異端審問制度によるスペイン異端審問が始まると、モリスコ追放によってセファルディムの多くが北アフリカに追放され、ポルトガルに逃れたユダヤ人もカトリックへの改宗を迫られ、新キリスト教徒と呼ばれるユダヤ人が誕生した。
セファルディムのフェルナン・デ・ロローニャ（英語版）（葡: Fernao de Loronha）は、赤い染料「ブラジリン」を抽出できるパウ・ブラジルの専売権を得て、ブラジルの植民地開拓期に活躍した。 1600年にイギリスの作家ウィリアム・シェイクスピアが発表した戯曲『ヴェニスの商人』では、主人公の友人を借金の形としたユダヤ人高利貸という設定のシャイロックという人物が登場した。
初期近代
近代ユダヤ教徒居住区（英語版）およびロシア帝国領ポーランド内のユダヤ人分布図（数値は百分率（%）、1905年）
啓蒙時代（17世紀 - 18世紀）になると、スピノザらによる宗教を超えた汎神論論争をレッシングが肯定すると、メンデルスゾーン（『賢者ナータン』のモデルとして知られる）もこれを擁護してハスカーラーと呼ばれる啓蒙運動がユダヤ人の間で開始された。ハスカーラーに抵抗のあった人たちの中から1740年ごろ、ガリチアでバアル・シェム・トーブがハシディズムを開始した。1786年、ロシアがユダヤ教徒居住区（英語版）（露: Черта? осе?длости、イディッシュ語: ??? ?????-??????）を設置。1795年にポーランド分割（1772年・1793年・1795年）が実施され、ポーランド・リトアニア共和国が消滅して東部（旧リトアニア公国領）がロシアに併合された。ポーランドが消滅してその庇護を失ったユダヤ人は、ハプスブルク家へ庇護を求めたが、ウクライナ人・ベラルーシ人から裏切り行為と受け取られた。1806年7月、神聖ローマ帝国が解体され、1811年にカール・テオドール・フォン・ダールベルクがナポレオン法典をもとにフランクフルトのユダヤ人に市民権を認めた。
しかし、ナポレオンが敗退すると、1814年にはユダヤ人の市民権と選挙権が再び剥奪された。1819年、ドイツのヴュルツブルクでポグロムが発生し、瞬く間にドイツ文化圏全域でヘプヘプ・ポグロム（英語版）が起こった。1821年にはウクライナでオデッサ・ポグロム（英語版）が起こった。
1848年、ハンガリー革命に参加したハンガリー系ユダヤ人（英語版）が弾圧された。これをきっかけにアルブレヒト・フォン・エスターライヒ＝テシェンによってハンガリーも1851年から1860年にかけてドイツ化が進行した。
