2023年（令和5年）

10月1日 - Z Entertainment、Zデータと共に、Zホールディングスに吸収合併され、解散。統合新会社、LINEヤフー株式会社発足[12][13]。

事件・不祥事
Yahoo! BB顧客情報漏洩事件

2004年（平成16年）、Yahoo! BBの顧客情報が漏洩した事件。逮捕された元社員の中に創価学会幹部が2名含まれていたことが明らかとなる。また逮捕された創価学会幹部の一人は以前宮本顕治宅盗聴事件でも逮捕・起訴されていた。個人情報が漏洩した原因として、ソフトバンク社員であれば誰でも閲覧し入手できるような状況であったことを改めて発表。後日、社内における個人情報の管理を厳守するように徹底されることになった。詳細は「Yahoo! BB顧客情報漏洩事件」を参照
国民生活センターADRに協力拒否

2009年（平成21年）8月 - 当初年会費無料だった「Yahoo! JAPAN ETCカード」を一方的に有料化したことから消費者紛争が発生、カード会員の一人が国民生活センターにADRを申請したがヤフーがセンター側の出頭要請に応じなかった（手続を拒否した）ため、国民生活センターに公表された[14]。
ステルスマーケティング

100%子会社のTRILL株式会社が運営する女性向けファッション情報のキュレーションサイト「TRILL（トリル）」で、2014年11月?2015年5月までの期間、「広告表記のない記事広告」を掲載しており、外部メディアに配信されていたことが発覚した[15]。これは広告を編集コンテンツと誤認させて届ける行為である。

この問題を受け、ヤフー株式会社が自社およびグループ会社を調査したところ、Yahoo!ロコ、carview!、みんカラ、Yahoo!映像トピックス、TRILL、Yahoo! BEAUTY、スポーツナビなどで同様に「広告表記のない記事広告」を掲載しており、Yahoo!ロコ、TRILL、スポーツナビでは記事広告が外部メディアに配信されていた[16]。
TRILLにおける著作権侵害「まとめサイト#キュレーションサイトにおける情報の信頼性と著作権侵害」も参照

2016年秋に、DeNAのヘルスケア情報キュレーションサイト（まとめサイト）「WELQ」が、不適切な内容や不適切な引用で問題になり、他社のキュレーションサイトにも厳しい目が向けられるようになった。ヤフーは10月、「TRILL（トリル）」で記事の画像が他サイトから無断で転用されていたとして、外部ライターに外注した記事を全て削除した[17]。
Yahoo!ショッピングにおける不正表示

2017年6月28日付の朝日新聞朝刊は、 通販サイト「Yahoo!ショッピング」が、出店者が広告料を多く払う商品を商品検索結果の一つ「売れている順」の最上部にくるように優遇しながら、「広告」と表示していないと報じた[18]。この問題で消費者庁から「広告の表記としては不十分」と指摘されたことも判明している[19]。
偽Yahoo! JAPAN事件

2005年（平成17年）6月、Yahoo! JAPANを装った偽の検索サイトを作成し、利用者のパスワードなどを盗み取るフィッシング詐欺行為を行ったとして、警視庁などは著作権法違反と不正アクセス禁止法の疑いで大阪市平野区在住の当時42歳の会社員の男を逮捕した。このフィッシング行為での摘発は日本初の事だった。男は「Yahoo!」のスペルを「Yafoo!」に変えたサイトをYahoo! JAPANに無断で作成した著作権侵害行為に加え、利用者の本家・Yahoo![疑問点 – ノート]のパスワードを不正に入手し個人情報を盗み取った上で利用者の電子メールを覗き見した。

2005年10月18日、Yahoo! JAPANが行っているYahoo!ニュースを装った偽のニュースサイトが作成され、偽のニュースを流したページが公開されYahoo! JAPANがこのサイトについて警告を出した。これは、共同通信社発信で、「アメリカ国防総省は10月18日未明に、中国軍が、沖縄に侵攻したことを発表した」とするもので、あくる10月19日に長崎市内在住の男から共同通信長崎支局に「9月中旬、ネットの掲示板に同じ内容の虚偽のニュースを書いたが満足が出来ず、Yahoo! JAPANに似せたページに書き込むことを考えた」「Yahoo! JAPANのページをパソコンに取り込んで改ざんした内容でネット上に公開した」との説明があった。男はその後、11月28日に著作権法違反で逮捕されている。
グループ企業「LINEヤフー#グループ企業」を参照
命名権（ネーミングライツ）

神戸総合運動公園野球場（2004年度まで Yahoo!BBスタジアム の命名権を所有[20]）

福岡ドーム（2005年度から命名権を取得。