以下に脊索動物内での系統関係の概略を示す。

ただし、特に"無顎類"や祖先的顎口類の絶滅群（コノドント、甲皮類、翼甲類など）に関しては、系統関係について現在も論争が続いており、下に示した例はその中の一説にすぎない。.mw-parser-output table.clade{border-spacing:0;margin:0;font-size:100%;line-height:100%;border-collapse:separate;width:auto}.mw-parser-output table.clade table.clade{width:100%}.mw-parser-output table.clade td.clade-label{width:0.7em;padding:0 0.15em;vertical-align:bottom;text-align:center;border-left:1px solid;border-bottom:1px solid;white-space:nowrap}.mw-parser-output table.clade td.clade-fixed-width{overflow:hidden;text-overflow:ellipsis}.mw-parser-output table.clade td.clade-fixed-width:hover{overflow:visible}.mw-parser-output table.clade td.clade-label.first{border-left:none;border-right:none}.mw-parser-output table.clade td.clade-label.reverse{border-left:none;border-right:1px solid}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel{padding:0 0.15em;vertical-align:top;text-align:center;border-left:1px solid;white-space:nowrap}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel:hover{overflow:visible}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel.last{border-left:none;border-right:none}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel.reverse{border-left:none;border-right:1px solid}.mw-parser-output table.clade td.clade-bar{vertical-align:middle;text-align:left;padding:0 0.5em;position:relative}.mw-parser-output table.clade td.clade-bar.reverse{text-align:right;position:relative}.mw-parser-output table.clade td.clade-leaf{border:0;padding:0;text-align:left}.mw-parser-output table.clade td.clade-leafR{border:0;padding:0;text-align:right}.mw-parser-output table.clade td.clade-leaf.reverse{text-align:right}.mw-parser-output table.clade:hover span.linkA{background-color:yellow}.mw-parser-output table.clade:hover span.linkB{background-color:green}

脊索動物 

 頭索動物

 ナメクジウオ
 

 
 

尾索動物 

 オタマボヤ類 
 
 

 タリア類 
 
 

 ホヤ類 
 

 
 脊椎動物 

 円口類 

 ヌタウナギ類 
 
 

 ヤツメウナギ類 
 

 
 

 コノドント†
 
 

 翼甲類†
 
 

 甲皮類†
 
 顎口類 

 板皮類†
 
 

 軟骨魚類（サメエイ）
 
 真口類 

 棘魚類†
 
 硬骨魚類 

 条鰭類 

 分岐鰭類 （ポリプテルス、アミメウナギ）
 
 

 軟質類 （チョウザメ）
 
 

 新鰭類 （ウナギなど、いわゆる魚のなかまの大部分はここに含まれる）
 

 

 
 肉鰭類 

 四肢動物 

 両生類
 
 羊膜類 

 単弓類 

 哺乳類（ヒト）
 

 

 
 竜弓類 

 双弓類 

 鱗竜類（トカゲ、ヘビ）
 
 

 主竜形類（ワニ、恐竜(鳥)）
 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

人間との関係
食文化カワヤツメの串焼き（蒲焼き）。ヤツメウナギの肉は鰻のそれと異なり、硬くて弾力に富むため、一口大に切られて供される事が多い。

現代の日本で全国的に流通する食材ではないが、洋の東西を問わず様々な文化圏に普通に登場する。また滋養強壮や夜盲症（鳥目）の薬としても古くから用いられてきた。実際に脂肪に富み、ビタミンAの一種であるレチノールを8200μg/100g以上含むなど、栄養価は高い[14]。
日本

日本国内の場合、食用とされるのはほとんど日本産カワヤツメである。約50-60cm。背側は黒青色で腹側は淡色。春に川を遡上し、5-6月に産卵する。日本海側では島根県以北、太平洋側では茨城県以北に分布している。北海道、新潟県、山形県、秋田県などの日本海に注ぐ河川で多く獲れる。産地である北海道江別市では、2001年までは毎年ヤツメウナギ祭りが開催されていた[15]。

主に初春の寒い時に川で獲れる。東北、北海道などの東日本・日本海側が本場。肉が固くてモツのような弾力と歯応えがあり、牛脂と魚油とヤツメの匂いが混じった独特の風味を持つ。最近は漁獲量が減り、大きさも一般に小さくなって来ている。現在でも産地以外では鮮魚としてカワヤツメを得ることはほとんど不可能で、乾物か冷凍品ということになる。

産地のひとつである秋田県では、カワヤツメをぶつ切りにして醤油と出汁の濃い目のツユですき焼き風に煮込むかやきが冬の味覚となっている。関東では蒲焼きを売り物にする料理店もある。また、縁日の屋台でもカワヤツメの蒲焼きが売られることがある。肝は特に栄養分が多いため、これを軟骨と共にミンチにして「肝焼き」として供することもある。ただし、クセが強いので好き嫌いは普通の蒲焼以上にはっきりとする。乾物は丸ごと白焼きにしたものを油が漏れ出さないように切り分け、佃煮風に甘辛く煮て食べる。2012年現在での都心では、台東区浅草で八ッ目鰻専門店、巣鴨でヤツメウナギを扱う飲食店が営業を続けている。このほかに季節限定でヤツメウナギ料理を出すウナギ料理店、珍味やスタミナ料理として出す居酒屋なども存在する。

近年は環境の変化から国産のカワヤツメが入手困難になりつつある。このため、2015年からアメリカ合衆国アラスカ州産のヤツメウナギも輸入されている[16]。

一般的にはその風味や食感が馴染まれず漁獲地域も限られる事から、薬品やサプリメントの原料となることが多い。乾燥品を粉砕して飲用したり、身や肝から魚油を抽出してカプセルやドロップの形にして服用する。現在でも伝統薬・八ッ目鰻のキモの油などに代表される医薬品が夜盲症・疲れ目の適応として販売されている。日本では食や薬品の原料となるのはカワヤツメであるが、終戦直後の頃にはスナヤツメも魚油の原料として用いられたこともある。[要出典]
ヨーロッパヤツメウナギのボルドー風ヤツメウナギのリゾット（ポルトガル）

ヨーロッパではローマ帝国の頃から食されており、時代によって高級食材となったり、貧しい人々の食料となったりした。

食感や風味が肉類や内臓類に近いこともあって、現在でもフランス、ポルトガル、スペインなどではパイやシチュー、リゾットの材料として盛んに用いられている。フランスにはヤツメウナギの赤ワイン煮込みである「ヤツメウナギのボルドー風 (fr:Lamproie a la bordelaise)」と呼ばれる料理がある。これはボルドー地方の名物料理であり、現地では缶詰にされたものも売られている。